Locus 2539

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 9,033,159 – 9,033,269
Length 110
Max. P 0.991360
window4179 window4180

overview

Window 9

Location 9,033,159 – 9,033,269
Length 110
Sequences 4
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.09
Mean single sequence MFE -41.23
Consensus MFE -39.39
Energy contribution -39.70
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -5.69
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 1.85
SVM RNA-class probability 0.979941
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9033159 110 + 20766785
UGGGGGAUUAUAUGUGUGAUUUUUGGAACAGAUCAUCUCUAGAAUAUAGAGCUAAGCUGUUCCAGAAGACGCUCAUAUACUCCCCUAACUUUUCUAUAUUAGAAUAGCGC
(((((((.((((((.(((.((((((((((((.....(((((.....))))).....)))))))))))).))).)))))).))))))).((.(((((...))))).))... ( -46.50)
>DroSec_CAF1 9445 110 + 1
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(((((...((((((.(((.(((((((.((((.....(((((.....))))).....)))).))))))).))).))))))))))).......(((((...)))))...... ( -30.70)
>DroSim_CAF1 8834 110 + 1
UGGGGGAUUAUAUGUGCGAUUUUUGGAACAGAUCAUCUCUAGAAUAUAGAGUUAGCCUGUUCCAGAAGAUGCCCAUAUAUUCCUCUAACUUUUCUAUAUUAGAAUAGCGC
(((((((.((((((.(((.((((((((((((.....(((((.....))))).....)))))))))))).))).)))))).))))))).((.(((((...))))).))... ( -43.10)
>DroYak_CAF1 9472 110 + 1
UGGGGGAUUAUAUGCGUGAUUUUUGGGACAGAUCAUCUCUAGAAAAUAGGGUUAGGAUGUCCCAGAAGCCGCACAUAUGCUCCCCUAACUUCUCUAUAUUAGACUAGCCC
(((((((.((((((.(((..((((((((((......(((((.....)))))......))))))))))..))).)))))).))))))).((..((((...))))..))... ( -44.60)
>consensus
UGGGGGAUUAUAUGUGUGAUUUUUGGAACAGAUCAUCUCUAGAAUAUAGAGUUAAGCUGUCCCAGAAGACGCCCAUAUACUCCCCUAACUUUUCUAUAUUAGAAUAGCGC
(((((((.((((((.(((.((((((((((((.....(((((.....))))).....)))))))))))).))).)))))).))))))).((.(((((...))))).))... (-39.39 = -39.70 +   0.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 9,033,159 – 9,033,269
Length 110
Sequences 4
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.09
Mean single sequence MFE -33.10
Consensus MFE -27.44
Energy contribution -29.12
Covariance contribution 1.69
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.80
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 2.26
SVM RNA-class probability 0.991360
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 9033159 110 - 20766785
GCGCUAUUCUAAUAUAGAAAAGUUAGGGGAGUAUAUGAGCGUCUUCUGGAACAGCUUAGCUCUAUAUUCUAGAGAUGAUCUGUUCCAAAAAUCACACAUAUAAUCCCCCA
..(((.(((((...))))).)))..(((((.((((((.(.(..((.((((((((.(((.(((((.....))))).))).)))))))).))..).).)))))).))))).. ( -37.80)
>DroSec_CAF1 9445 110 - 1
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..(((...(((((........)))))...)))(((((.(.(..((.((((((((.(((.(((((.....))))).))).)))))))).))..).).)))))......... ( -26.50)
>DroSim_CAF1 8834 110 - 1
GCGCUAUUCUAAUAUAGAAAAGUUAGAGGAAUAUAUGGGCAUCUUCUGGAACAGGCUAACUCUAUAUUCUAGAGAUGAUCUGUUCCAAAAAUCGCACAUAUAAUCCCCCA
.......((((((........))))))(((.((((((.((......((((((((..((.(((((.....))))).))..))))))))......)).)))))).))).... ( -33.40)
>DroYak_CAF1 9472 110 - 1
GGGCUAGUCUAAUAUAGAGAAGUUAGGGGAGCAUAUGUGCGGCUUCUGGGACAUCCUAACCCUAUUUUCUAGAGAUGAUCUGUCCCAAAAAUCACGCAUAUAAUCCCCCA
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>consensus
GCGCUAUUCUAAUAUAGAAAAGUUAGGGGAGCAUAUGGGCGUCUUCUGGAACAGCCUAACUCUAUAUUCUAGAGAUGAUCUGUUCCAAAAAUCACACAUAUAAUCCCCCA
..(((.(((((...))))).)))..(((((.((((((.(.(..((.((((((((.(((.(((((.....))))).))).)))))))).))..).).)))))).))))).. (-27.44 = -29.12 +   1.69)

alignment

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secondary structure

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