Locus 2521

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 8,978,127 – 8,978,222
Length 95
Max. P 0.931481
window4158

overview

Window 8

Location 8,978,127 – 8,978,222
Length 95
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.70
Mean single sequence MFE -35.98
Consensus MFE -28.88
Energy contribution -29.24
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -3.11
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 1.21
SVM RNA-class probability 0.931481
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8978127 95 + 20766785
--GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGUUAAAUAGGCAGCCAGCAGAA--------UGGCAGAACAGUUCA
--(((((((((((((((((....)))))))))).......)))).....((((......)))).....))).((((......--------))))........... ( -33.51)
>DroVir_CAF1 8177 98 + 1
GCGUUGCGCCAGUUGCAACAGCAGUUGCAGCAUUUUAAAUGUGUUGAGGGC--UGGGUUAGCUAAAUAGGCAACCAGCCGGCAUU-----UGCAAGAGCAGGGAA
((.(((((((.((((((((....)))))))).................(((--(((....(((.....)))..)))))))))...-----.))))..))...... ( -36.40)
>DroSec_CAF1 8146 103 + 1
--GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCAGCAGAAUGGUAGAAUGGCAGAACAGUUCA
--(((((((((((((((((....)))))))))).......)))).....((((......)))).....))).((((......)))).(((((......)).))). ( -35.21)
>DroSim_CAF1 7726 103 + 1
--GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCAGCAGAAUGGCAGAAUGGCAGAACAGUUCA
--(((((((((((((((((....)))))))))).......)))).....((((......)))).....))).((((......)))).(((((......)).))). ( -37.51)
>DroEre_CAF1 8286 95 + 1
--GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCGGCAGAA--------UGGCAGAACAGUUCA
--(((((((((((((((((....)))))))))).......))))......(((.(((...(((.....))).))))))....--------.)))........... ( -36.61)
>DroYak_CAF1 8943 95 + 1
--GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCGGCAGAA--------UGGCAGAACAGUUCA
--(((((((((((((((((....)))))))))).......))))......(((.(((...(((.....))).))))))....--------.)))........... ( -36.61)
>consensus
__GCCGCACUAGUUGCAACGGAAGUUGCAGCUAUUUAAAUGUGUUGAAGAGCCUGGCCCGGCUAAAUAGGCAGCCAGCAGAA________UGGCAGAACAGUUCA
..(((((((((((((((((....)))))))))).......))))........(((((...(((.....))).)))))..............)))........... (-28.88 = -29.24 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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