Locus 2294

Window 3

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8457702 106 + 20766785
UCCAACCACAAGAGUGGCCACGGCCUGGAGCAUUGUGCCCACACGAGCUCCGGUUGCCUGGAAUAAGGAAAA----AGCGUUAGAUAUUUAAACAUAU----AUAGUAAAAAGC--
(((..((((....))))(((.((((((((((.(((((....))))))))))))..)))))).....)))...----.((.(((.((((........))----))..)))...))-- ( -33.10)
>DroSec_CAF1 1373 94 + 1
UCCAACCACAAGAGUGGCCACAGCCUGGAGCAUUGUGCCCACACGAGCUCCGGUAGCCUGGAAUAUGGAAAA----AACGUUAGAUAUUUAAACAAAU------------------
((((.((((....))))(((..(((((((((.(((((....))))))))))))..)).)))....))))...----......................------------------ ( -28.30)
>DroSim_CAF1 1370 106 + 1
UCCAACCACAAGAGUGGCCACGGCCUGGAGCAUUGUGCCCACACGAGCUCCGGUUGCCUGGAAUAUGGAGAC----AGCGUUAGAUAUUUAAACAAAU----AAAGCAAAAAGC--
((((.((((....))))(((.((((((((((.(((((....))))))))))))..))))))....))))...----.((.(((..............)----)).)).......-- ( -33.54)
>DroEre_CAF1 1393 111 + 1
UCCAACCACAAGAGUGGCCACGGCCUGGAGCAUGGUGCCCACACGAGCUCCGGUUGCCUGGAAUAUAGAAA-----AAUGUUAGAAAUUUAAAAACAUAUAUAUAGUCAAUAGUCA
((((.((((....))))....((((((((((.(.(((....))).))))))))..)))))))(((((....-----.(((((...........))))).)))))............ ( -28.70)
>DroYak_CAF1 1386 84 + 1
UCCAACCACCAGAGUGGCCACAGCCUGGAGCAUGGUGCCCACACGAGCUCCGGUGGCCUGGAAUAUGGAGA-----AACGUUAGUGAUU---------------------------
((((.(((((.....(((....))).(((((.(.(((....))).)))))))))))..)))).........-----.............--------------------------- ( -29.20)
>DroAna_CAF1 1368 89 + 1
GCCCACCACCAAAGUGGCCACGGCCUGCAACAUGGUUCCAACACGAGCUCCAGUGGCCUAAGAGAUAGAAUUCGUAAAUAG--GAGAUUCA-------------------------
........((.....((((((((..........(((((......))))))).)))))).....((......)).......)--).......------------------------- ( -17.30)
>consensus
UCCAACCACAAGAGUGGCCACGGCCUGGAGCAUGGUGCCCACACGAGCUCCGGUUGCCUGGAAUAUGGAAA_____AACGUUAGAUAUUUAAACA_AU__________________
(((..((((....))))(((.((((((((((.(.(((....))).))))))))..)))))).....)))............................................... (-19.84 = -21.37 +   1.53) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 4

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8457702 106 - 20766785
--GCUUUUUACUAU----AUAUGUUUAAAUAUCUAACGCU----UUUUCCUUAUUCCAGGCAACCGGAGCUCGUGUGGGCACAAUGCUCCAGGCCGUGGCCACUCUUGUGGUUGGA
--............----.............((((((...----...........((((((....(((((..(((....)))...)))))..))).))).(((....))))))))) ( -27.30)
>DroSec_CAF1 1373 94 - 1
------------------AUUUGUUUAAAUAUCUAACGUU----UUUUCCAUAUUCCAGGCUACCGGAGCUCGUGUGGGCACAAUGCUCCAGGCUGUGGCCACUCUUGUGGUUGGA
------------------......................----...(((......(((.((...(((((..(((....)))...))))))).))).((((((....))))))))) ( -26.00)
>DroSim_CAF1 1370 106 - 1
--GCUUUUUGCUUU----AUUUGUUUAAAUAUCUAACGCU----GUCUCCAUAUUCCAGGCAACCGGAGCUCGUGUGGGCACAAUGCUCCAGGCCGUGGCCACUCUUGUGGUUGGA
--.......((.((----(..(((....)))..))).)).----...((((....((((((....(((((..(((....)))...)))))..))).)))((((....)))).)))) ( -28.80)
>DroEre_CAF1 1393 111 - 1
UGACUAUUGACUAUAUAUAUGUUUUUAAAUUUCUAACAUU-----UUUCUAUAUUCCAGGCAACCGGAGCUCGUGUGGGCACCAUGCUCCAGGCCGUGGCCACUCUUGUGGUUGGA
...........((((...(((((...........))))).-----....)))).(((((((....(((((..(((....)))...)))))..)))...(((((....))))))))) ( -27.50)
>DroYak_CAF1 1386 84 - 1
---------------------------AAUCACUAACGUU-----UCUCCAUAUUCCAGGCCACCGGAGCUCGUGUGGGCACCAUGCUCCAGGCUGUGGCCACUCUGGUGGUUGGA
---------------------------.............-----.........(((((.(((((((((....((.((((.....))))))(((....))).)))))))))))))) ( -32.10)
>DroAna_CAF1 1368 89 - 1
-------------------------UGAAUCUC--CUAUUUACGAAUUCUAUCUCUUAGGCCACUGGAGCUCGUGUUGGAACCAUGUUGCAGGCCGUGGCCACUUUGGUGGUGGGC
-------------------------.......(--((...........(((.....)))(((((..((((.((((.......))))..)).(((....)))..))..)))))))). ( -23.30)
>consensus
__________________AU_UGUUUAAAUAUCUAACGUU_____UUUCCAUAUUCCAGGCAACCGGAGCUCGUGUGGGCACAAUGCUCCAGGCCGUGGCCACUCUUGUGGUUGGA
......................................................(((((((....(((((..(((....)))...)))))..)))...(((((....))))))))) (-22.20 = -22.23 +   0.03) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:26:00 2006