Locus 2238

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 8,274,466 – 8,274,586
Length 120
Max. P 0.564748
window3685

overview

Window 5

Location 8,274,466 – 8,274,586
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.56
Mean single sequence MFE -44.29
Consensus MFE -27.92
Energy contribution -27.06
Covariance contribution -0.86
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.564748
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 8274466 120 + 20766785
CCAGUCCUCGCCCGUGUCGCAUACUGGUGGCGGGCGGCGAUGGCACCAUCGGUUGGGUGCUCAAUACAAUCUAUACGCUGAAUAUCAAGCCCCAGCCCUCGGUGGCCAUCAUGCCGCUGG
(((((....((((((..(((......)))))))))((((((((((((...(((((((.(((..(((...((........)).)))..))))))))))...))).))))))..)))))))) ( -54.10)
>DroVir_CAF1 912 120 + 1
CCAGUCCACGCCCUUGUCGCAUACUAGUCGCGGGUGGCGAUGGAACGAUUGGCUGGGUGCUCAACACCAUCUAUACGCUAAACAUAAAGCCUCAACCGUCCGUGGCAAUUAUUCCACUGG
(((((...(((((((((.((......)).))))).))))..((((..((((.(((((((.....))))........(((........)))..........)).).))))..))))))))) ( -36.40)
>DroGri_CAF1 835 120 + 1
CGAGUCCUCGUCCUUGUCGCAUCCUGGUGGCUGGUGGAGAUGGCACAAUUGGUUGGGUGCUCAACACCAUCUACACACUCAAUAUAAAGCCACAGCCUGCCGUGGCCAUUAUGCCACUGG
(((....))).............(..(((((((((((..((((((.....(((((((((.....)))).........((........))...)))))))))))..)))))).)))))..) ( -38.20)
>DroWil_CAF1 882 120 + 1
CUAGUCCGCGUCCCUGUCGUAUACUAGUGGCCGGUGGCGAUGGUACCAUCGGUUGGGUAAUGAAUACAAUAUAUGCCCUGCAAAUCAAACCGCAACCAUCGGUGGCCAUCAUGCCGCUGG
(((((..(((.......)))..)))))...(((((((((((((..((((((((.(((((..............)))))(((..........)))...)))))))))))))..)))))))) ( -41.74)
>DroAna_CAF1 835 120 + 1
CCAGCCCGCGACCAUGUCGUAUACUAGUGGCCGGCGGCGAUGGAACCAUCGGCUGGGUGAUGAAUACCAUCUACGCAUUGAACAUAAAGCCCCAGCCCUCGGUGGCCAUCAUGCCGUUGG
(((((..(((((...)))))......(((((((.(((.((((....))))(((((((.((((.....))))...((.(((....))).))))))))).))).)))))))......))))) ( -46.50)
>DroPer_CAF1 913 120 + 1
CUAGUCCCCGCCCCUGUCGCAUACUGGUGGCCGGCGGAGAUGGGACCAUUGGUUGGGUGAUGAACACCAUCUACGCUUUGAAUAUAAAGCCCCAGCCCUCGGUAGCCAUCAUGCCGCUGG
.......(((((...((.....)).)))))(((((((.(((((.(((...(((((((.((((.....))))...((((((....)))))))))))))...)))..)))))...))))))) ( -48.80)
>consensus
CCAGUCCGCGCCCCUGUCGCAUACUAGUGGCCGGCGGCGAUGGAACCAUCGGUUGGGUGAUCAACACCAUCUACACACUGAAUAUAAAGCCCCAGCCCUCGGUGGCCAUCAUGCCGCUGG
(((((..........(((((......))))).((((..(((((.(((...((((((((..............................))).)))))...)))..))))).))))))))) (-27.92 = -27.06 +  -0.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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