Locus 2135

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,970,122 – 7,970,223
Length 101
Max. P 0.736873
window3538

overview

Window 8

Location 7,970,122 – 7,970,223
Length 101
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.41
Mean single sequence MFE -39.58
Consensus MFE -16.52
Energy contribution -17.17
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.42
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.736873
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7970122 101 + 20766785
UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUAGGUUUU-AGCUGGG-----AUGGCUGGGAAUGGGGGCUUUUA----ACUGGGCUC-GAUGCUCUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA
((((.((((((((((..(((.....)))..-))).)))-----)))).)))).((((..((((...----(((((((((-(......))))).)))))..))))..)))).. ( -43.20)
>DroSec_CAF1 6450 101 + 1
UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUAGGUUUU-AGCUGGG-----AUGGCUGGGAAUGGGGGCUUUUA----ACUGGGCUC-GGUGCUCUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA
((((.((((((((((..(((.....)))..-))).)))-----)))).)))).((((..((((...----(((((((((-((....)))))).)))))..))))..)))).. ( -46.10)
>DroSim_CAF1 6466 101 + 1
UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUAGGUUUU-AGCUGGG-----AUGGCUGGGAAUGGGGGCUUUUA----ACUGGGCUC-GGUGCUCUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA
((((.((((((((((..(((.....)))..-))).)))-----)))).)))).((((..((((...----(((((((((-((....)))))).)))))..))))..)))).. ( -46.10)
>DroEre_CAF1 6457 91 + 1
UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUUGGCUUU-AG--------------CUGGGAAUGGGGGCUU-UA----ACUGGGCUC-UGGGCUGUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA
........(((((((..(((.....)))..-))--------------).))))((((..((((-..----(((((((((-........)))).)))))..))))..)))).. ( -36.70)
>DroYak_CAF1 6437 86 + 1
UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCUUUUGG---------------------CUGGGAAUGGGGGCUC-UA----ACUGGUAUUGGGGGCUCUGGUCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA
....(((((((((((.........))---------------------).))).)))))((.((-..----(((..((((((((((....))))))))))..))))))).... ( -30.10)
>DroAna_CAF1 7686 109 + 1
UCAGUCCAUCCCGCUUUGGCCCCAGCUUAGGCGGUGGGAGUCUACGGCUCUGUAUGUAUGUAUUUGGUAUAUGGGGAUU-GGGGAUUGGGGUUC--GUGUGAGUGACCGUGA
(((.(((((...((((..((((((((((((((.......))))).)))(((.(((((((.......))))))).))).)-)))).)..))))..--))).)).)))...... ( -35.30)
>consensus
UCUGUCCGUCCCGCUUUGGCAUUAGGUUUU_AGCUGGG_____AUGGCUGGGAAUGGGGGCUUUUA____ACUGGGCUC_GGGGCUCUGGGCUCCAGUGUGAGUGACCGUGA
........((((((....))............((((........)))).))))((((..((((.......(((((((((.(.....).)))).)))))..))))..)))).. (-16.52 = -17.17 +   0.64)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:22:14 2006