Locus 213

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 1,522,258 – 1,522,378
Length 120
Max. P 0.500000
window480

overview

Window 0

Location 1,522,258 – 1,522,378
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.22
Mean single sequence MFE -39.57
Consensus MFE -30.30
Energy contribution -30.00
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.77
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1522258 120 - 20766785
CCAGGCGGUGCUUUCUCUCUACGCCUCCGGCCGUACCACAGGUAUCGUGUUGGACUCCGGCGACGGUGUCUCCCAUACUGUGCCCAUUUAUGAGGGCUACGCCCUGCCGCACGCCAUCCU
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>DroVir_CAF1 79976 120 - 1
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>DroGri_CAF1 90375 120 - 1
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>DroWil_CAF1 125068 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 85778 120 - 1
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>DroAna_CAF1 91531 120 - 1
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>consensus
CCAGGCUGUGCUGUCCCUGUACGCCUCCGGUCGUACCACUGGCAUCGUUUUGGAUUCUGGUGACGGUGUCUCCCACACCGUGCCCAUCUAUGAGGGCUACGCCCUGCCACACGCCAUUCU
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alignment

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