| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,849,822 – 7,849,936 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.847890 |
| Location | 7,849,822 – 7,849,936 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.85 |
| Mean single sequence MFE | -39.03 |
| Consensus MFE | -31.39 |
| Energy contribution | -31.25 |
| Covariance contribution | -0.14 |
| Combinations/Pair | 1.04 |
| Mean z-score | -1.59 |
| Structure conservation index | 0.80 |
| SVM decision value | 0.78 |
| SVM RNA-class probability | 0.847890 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 7849822 114 + 20766785 AUUGCA----GCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGUCGGGUUGUUGGGUGGAG-CUUCCC-AAAU ......----.....((((((.(((((.......))))).....)))))).......(((((..((..(((((.(((((((.((((...))))))))))).)))))))-..))))-)... ( -43.30) >DroVir_CAF1 34396 114 + 1 --UACAU----CACUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGUCUGGCUGUUGAAACGCAUCGUCAAAAUAU --.....----....((((((.(((((.......))))).....))))))......((((........))))..((((((((((((((....)))))).)))......)))))....... ( -36.60) >DroGri_CAF1 24564 117 + 1 --UCCAG-CAAUAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUAUGCCUGGGCGAUGCAAGCCGACAUUCAAAGCU --...((-(..(((.((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))).)))....(((.......)))..........))) ( -39.10) >DroWil_CAF1 14846 116 + 1 AUUGCA----GCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGUCGGGUGCUUAAUAAACAGCGUCUAAGCAG ..(((.----.....((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..)))))))......((..(((........)))..))..))). ( -40.00) >DroMoj_CAF1 19306 106 + 1 --UCCUUUGGGCAUUGUCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGCCGGGUUAUUAA------------UAAUAU --.(((...(((...((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..)))))))...)))))).......------------...... ( -35.60) >DroAna_CAF1 7288 115 + 1 GUUUCA----ACAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGCCCGGCUGUUGAAAGAUGCCGUCUC-CGAA ..(((.----.....((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..)))))))......((((.(((....)))))))....-.))) ( -39.60) >consensus __UCCA____GCAUUGCCGUGACCAGGAUUCGAACCUGGGUUACCACGGCCACAACGUGGGGUCCUAACCACUAGACGAUCACGGCUACGCCGGGUUGUUGAAAGACG_CGUCCAAAGAU ...............((((((((((((.......)))))(((.(((((.......)))))(((....)))....)))..))))))).................................. (-31.39 = -31.25 + -0.14)
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