Locus 1982

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,478,728 – 7,478,843
Length 115
Max. P 0.562789
window3278

overview

Window 8

Location 7,478,728 – 7,478,843
Length 115
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.09
Mean single sequence MFE -43.35
Consensus MFE -28.67
Energy contribution -28.68
Covariance contribution 0.01
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.562789
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7478728 115 - 20766785
UUUCGGAGGUUUCUCGCUGCGCUUGUGGGCCAGUUGUUGCGUCUGCAGCAGCAGCUGCUCCCGCGUGGCGGCCACAUGUCCUCCACCGUUGCCAUUG---AGAUGCUUGCCCAGCUGU--
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>DroVir_CAF1 104163 120 - 1
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>DroPse_CAF1 120093 115 - 1
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>DroGri_CAF1 97161 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 127700 120 - 1
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>DroAna_CAF1 91156 120 - 1
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>consensus
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....(((((((.......((...((((((.((((((((((.......))))))))))..))))))(((((((...............)))))))..........))......))))))). (-28.67 = -28.68 +   0.01)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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