Locus 1917

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,205,355 – 7,205,475
Length 120
Max. P 0.601288
window3172

overview

Window 2

Location 7,205,355 – 7,205,475
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.72
Mean single sequence MFE -48.32
Consensus MFE -31.91
Energy contribution -31.53
Covariance contribution -0.38
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -1.29
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.601288
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7205355 120 + 20766785
UCGGACUUGGUCAGCUCCUGGGAUACAAAUUCGGACAGGCUGCUGGCGAAGUCACCAGCUGGUGCCUGCUCCACGGCUCCACUUCCACCGCUGGUGGCUGCCGGUGGGAAAUUGGUGCUC
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>DroVir_CAF1 373 120 + 1
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>DroGri_CAF1 371 120 + 1
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>DroWil_CAF1 2017 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 371 120 + 1
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>DroAna_CAF1 371 120 + 1
UCGGACUUGGUCAGCUCCUGGGAAACGAACUCCGACAGACUGCUGGCGUAAUCUCCAGCGGGAGCCUGCUCCACAGCUCCACUUCCGCCGCUGGCAGCUGCAGGCGGGAAGUUGGUGCCG
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>consensus
UCGGACUUGGUCAGCUCCUGGGAAACAAAUUCAGACAGGCUGCUGGCAUAGUCACCAGCUGGUGCCUGCUCCACAGCUCCACUGCCGCCACUGGUGGCUGCAGGUGGGAAAUUUGUGCCA
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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