Locus 1891

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	7,124,996 – 7,125,275
Length	279
Max. P	0.977554

overview

Window 8

Location	7,124,996 – 7,125,088
Length	92
Sequences	6
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.10
Mean single sequence MFE	-37.07
Consensus MFE	-30.23
Energy contribution	-30.65
Covariance contribution	0.42
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-4.71
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.79
SVM RNA-class probability	0.977554
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7124996 92 - 20766785
CAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGUAUCUA--UGCUAGGUGCGUGGGCGUGGCACUCCGCCGCUGCUCAUUAGAUUU----ACUUGAGAUACUUUCCA
.((((((((.((((((.(((((.(((((((--...)))))))(((((((((((.....))))).))))))))))).)----))))))))))))).... ( -40.30)
>DroSec_CAF1 152568 92 - 1
CAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGCAUCUA--UGCUAGGUGCGUGGGCGUGGCACACCGUCGCUGCUCAUUAGAUUU----ACUUGAGAUACUUUCCA
.((((((((.((((((.(((((.(((((((--...)))))))(((((((((((.....))))).))))))))))).)----))))))))))))).... ( -39.60)
>DroSim_CAF1 151028 92 - 1
CAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGCAUCUA--UGCUAGGUGCGUGGGCGUGGCACACCGUCGCUGCUCAUUAGAUUC----ACUUGAGAUACUUUCCA
.((((((((.((((((.(((((.(((((((--...)))))))(((((((((((.....))))).))))))))))).)----))))))))))))).... ( -41.30)
>DroEre_CAF1 158259 90 - 1
CAAGUAUUUGCGAGUGUAUCUAUGUAUC----UGCUAGAUGCGUGGGCGUGGCAGCCCGCCGCUGCUCAUUAGAUUU----ACUUGAGAUACUUUCCA
.((((((((.((((((.(((((.(((((----.....)))))(((((((((((.....))))).))))))))))).)----))))))))))))).... ( -37.20)
>DroYak_CAF1 162257 90 - 1
CAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGUAUC----UGCUAGAUGCGUGGGCGUGGCACCCCGCCACUGCUCAUUAGAUUU----ACUUGAGAUACUUUCCA
.((((((((.((((((.(((((.(((((----.....)))))(((((((((((.....))))).))))))))))).)----))))))))))))).... ( -40.20)
>DroAna_CAF1 154648 85 - 1
AAUGUAUCUC----UGUAUCUGUAAAUGUAUGUGGCAGAUGUGUGGGCGCGGUUCC---GCGAUGCUCAUUAGAUUUUGAGACUUGAGAUAC------
...(((((((----..(((((((...........))))))).(((((((((....)---))...))))))...............)))))))------ ( -23.80)
>consensus
CAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGUAUCUA__UGCUAGAUGCGUGGGCGUGGCACCCCGCCGCUGCUCAUUAGAUUU____ACUUGAGAUACUUUCCA
.((((((((.((((((((((((.(((......))))))))))(((((((((((.....))))).))))))...........))))))))))))).... (-30.23 = -30.65 +   0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	7,125,016 – 7,125,113
Length	97
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.62
Mean single sequence MFE	-32.02
Consensus MFE	-22.94
Energy contribution	-23.33
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.13
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	-0.05
SVM RNA-class probability	0.510495
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7125016 97 - 20766785
GCUGCUCU---------------UGCAUCCGCAAAAUGUACAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGUAUCUA--UGCUAGGUGCGUGGGCGUGGCACUCCGCCGCUGCUCAUUAGA
........---------------((((..((((....(((....))).))))..))))((((.(((((((--...)))))))(((((((((((.....))))).)))))))))) ( -30.40)
>DroSec_CAF1 152588 97 - 1
GCUGCUCU---------------UGCAUCCGCAAAGUGUACAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGCAUCUA--UGCUAGGUGCGUGGGCGUGGCACACCGUCGCUGCUCAUUAGA
((((((..---------------(((((.......)))))..))))...))((((....(((((((((((--...)))))))))))((((((....))).))).))))...... ( -29.90)
>DroSim_CAF1 151048 97 - 1
GCUGCUCU---------------UGCAUCCGCAAAGUGUACAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGCAUCUA--UGCUAGGUGCGUGGGCGUGGCACACCGUCGCUGCUCAUUAGA
((((((..---------------(((((.......)))))..))))...))((((....(((((((((((--...)))))))))))((((((....))).))).))))...... ( -29.90)
>DroEre_CAF1 158279 95 - 1
GCUGCUCU---------------UGCGUCCGCAAAAUGUACAAGUAUUUGCGAGUGUAUCUAUGUAUC----UGCUAGAUGCGUGGGCGUGGCAGCCCGCCGCUGCUCAUUAGA
((((((..---------------.((((((((....((((........))))...(((((((.((...----.)))))))))))))))))))))))..((....))........ ( -31.20)
>DroYak_CAF1 162277 94 - 1
GCUGCUCU---------------UGCAUCCGCA-AAUGUACAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGUAUC----UGCUAGAUGCGUGGGCGUGGCACCCCGCCACUGCUCAUUAGA
........---------------((((..((((-.(((......))).))))..))))((((.(((((----.....)))))(((((((((((.....))))).)))))))))) ( -31.80)
>DroAna_CAF1 154666 106 - 1
GCUGCUGUCACUGGCGCUGCCUGUGCAUCCGCAGA-UACAAAUGUAUCUC----UGUAUCUGUAAAUGUAUGUGGCAGAUGUGUGGGCGCGGUUCC---GCGAUGCUCAUUAGA
((.(((..(((.....((((((((((((..(((((-((((..........----)))))))))..))))))).)))))..)))..)))(((....)---))...))........ ( -38.90)
>consensus
GCUGCUCU_______________UGCAUCCGCAAAAUGUACAAGUAUCUGCGAGUGUAUCUAUGUAUCUA__UGCUAGAUGCGUGGGCGUGGCACCCCGCCGCUGCUCAUUAGA
...((((................(((....)))....(((........)))))))(((((((.(((......))))))))))(((((((((((.....))))).)))))).... (-22.94 = -23.33 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	7,125,088 – 7,125,178
Length	90
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.43
Mean single sequence MFE	-25.68
Consensus MFE	-20.00
Energy contribution	-20.36
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.00
SVM RNA-class probability	0.535793
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7125088 90 + 20766785
UACAUUUUGCGGAUGCA---------------AGAGCAGCGUCGGCGACAGCUCAUCCAAAGUUGAGCCAUGCAAAUUACAACAAUUUCC-CAUACGCCGCACAGA
.......(((((.(((.---------------...)))((((.(((..(((((.......))))).))))))).................-......))))).... ( -23.60)
>DroSec_CAF1 152660 90 + 1
UACACUUUGCGGAUGCA---------------AGAGCAGCGUCGGCGACAGCUCAUCCAAAGUUGAGCCAUGCAAAUUACAACAAUUUCC-CAUACGCCGCACAGA
....((.(((((.(((.---------------...)))((((.(((..(((((.......))))).))))))).................-......))))).)). ( -25.40)
>DroSim_CAF1 151120 82 + 1
UACACUUUGCGGAUGCA---------------AGAGCAGCGUCGGCGACAGCUCAUCCAAAGUUGAGCCAUGCAAAUUACAACAAUUA---------CCGCACAGA
....((.(((((.(((.---------------...)))((((.(((..(((((.......))))).)))))))...............---------))))).)). ( -25.70)
>DroEre_CAF1 158349 90 + 1
UACAUUUUGCGGACGCA---------------AGAGCAGCGUCGGCGACAGCUCAUCCAAAGUUGAGCCAUGCAAAUUACAACAAUUUCC-CAUACGCCGCACAGA
.......(((.(((((.---------------......)))))((((...(((((........))))).(((.(((((.....)))))..-))).))))))).... ( -24.30)
>DroYak_CAF1 162347 89 + 1
UACAUU-UGCGGAUGCA---------------AGAGCAGCGUCGGCGACAGCUCAUCCAAAGUUGAGCCAUGCAAAUUACAACAAUUUCC-CAUACGCCGCACAGA
......-(((((.(((.---------------...)))((((.(((..(((((.......))))).))))))).................-......))))).... ( -23.60)
>DroAna_CAF1 154733 105 + 1
UGUA-UCUGCGGAUGCACAGGCAGCGCCAGUGACAGCAGCGCCAGCUACAGCUCAUCCAGAGCUGAGCCAUGCAAAUUACAACAAUUUCCCCGUACGCCGCACAGA
....-..(((((.((((..(((.((((........)).))))).(((.((((((.....)))))))))..))))...(((............)))..))))).... ( -31.50)
>consensus
UACAUUUUGCGGAUGCA_______________AGAGCAGCGUCGGCGACAGCUCAUCCAAAGUUGAGCCAUGCAAAUUACAACAAUUUCC_CAUACGCCGCACAGA
.......(((((.(((...................)))((((.(((..(((((.......))))).)))))))........................))))).... (-20.00 = -20.36 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	7,125,113 – 7,125,215
Length	102
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.17
Mean single sequence MFE	-32.17
Consensus MFE	-25.48
Energy contribution	-24.73
Covariance contribution	-0.75
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.05
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.07
SVM RNA-class probability	0.570762
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7125113 102 - 20766785
UACAGCUGCAGAUG--CGGAUACACAUUCUGUAUCUAUUUCUGUGCGGCGUAUG-GGAAAUUGUUGUAAUUUGCAUGGCUCAACUUUGGAUGAGCUGUCGCCGAC
(((((..(.(((((--((((.......))))))))).)..)))))(((((....-(.((((((...)))))).)((((((((.(....).))))))))))))).. ( -33.20)
>DroPse_CAF1 158563 100 - 1
--CAGAUACAGAUA--CAGAUACACAUUCUGUAUCUAUUUCUGUGCGGUGUACG-GGAAAUUGUUGUAAUUUGCAUGGCUUAACGCUGGAUGAGCUGCCGCUGCC
--((((...(((((--((((.......)))))))))...)))).(((((.....-(.((((((...)))))).)..((((((.(....).))))))))))).... ( -30.50)
>DroSim_CAF1 151145 94 - 1
UACAGCUGCAGAUG--CGGAUACACAUUCUGUAUCUAUUUCUGUGCGG---------UAAUUGUUGUAAUUUGCAUGGCUCAACUUUGGAUGAGCUGUCGCCGAC
(((((..(.(((((--((((.......))))))))).)..)))))(((---------(...(((........))).((((((.(....).))))))...)))).. ( -27.90)
>DroYak_CAF1 162371 102 - 1
UACAGCUGCAGAUG--CGGAUACACAUUCUGUAUCUAUUUCUGUGCGGCGUAUG-GGAAAUUGUUGUAAUUUGCAUGGCUCAACUUUGGAUGAGCUGUCGCCGAC
(((((..(.(((((--((((.......))))))))).)..)))))(((((....-(.((((((...)))))).)((((((((.(....).))))))))))))).. ( -33.20)
>DroAna_CAF1 154772 105 - 1
UGCAUCUGCAGAUACACAGAUACACGUUCUGUAUCUAUUUCUGUGCGGCGUACGGGGAAAUUGUUGUAAUUUGCAUGGCUCAGCUCUGGAUGAGCUGUAGCUGGC
.((...((((((((((.(((((((.....))))))).(..((((((...))))))..)......))).))))))).((((((((((.....)))))).)))).)) ( -37.70)
>DroPer_CAF1 157884 100 - 1
--CAGAUACAGAUA--CAGAUACACAUUCUGUAUCUAUUUCUGUGCGGUGUACG-GGAAAUUGUUGUAAUUUGCAUGGCUUAACGCUGGAUGAGCUGCCGCUGCC
--((((...(((((--((((.......)))))))))...)))).(((((.....-(.((((((...)))))).)..((((((.(....).))))))))))).... ( -30.50)
>consensus
UACAGCUGCAGAUA__CAGAUACACAUUCUGUAUCUAUUUCUGUGCGGCGUACG_GGAAAUUGUUGUAAUUUGCAUGGCUCAACUCUGGAUGAGCUGUCGCCGAC
.......(((((.....(((((((.....)))))))...)))))(((((............(((........))).((((((.(....).))))))))))).... (-25.48 = -24.73 +  -0.75)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	7,125,178 – 7,125,275
Length	97
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.99
Mean single sequence MFE	-29.42
Consensus MFE	-18.67
Energy contribution	-19.23
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-2.93
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7125178 97 + 20766785
AAUAGAUACAGAAUGUGUAUCCG--CAUCUGCAGCUGUACCAGCAAAAUGUAUCUGCAUCUGCAAAUGUAUC------UGUAUCUGUAUUUGUAAAUGUGGCCGC
.((((((((((((((((....))--))).(((((.((((...((.....))...)))).)))))......))------))))))))).................. ( -26.90)
>DroSec_CAF1 152750 103 + 1
AAUAGAUACAGAAUGUGUAUCCG--CAUCUGCAGCUGUACCAGCAAAAUGUAUCUGCAUCUGCAAAUGUAUCCGUAUCUGUAUCUGUAUUUGUAAAUGUGGCCGC
.((((((((((((((..(....(--(((.(((((.((((...((.....))...)))).))))).)))))..))).))))))))))).................. ( -27.90)
>DroSim_CAF1 151202 103 + 1
AAUAGAUACAGAAUGUGUAUCCG--CAUCUGCAGCUGUACCAGCAAAAUGUAUCUGCAUCUGCAAAUGUAUCCGUAUCUGUAGCUGUAUUUGUAAAUGUGGCCGC
.((((((((.(((((((....))--))).(((((.((((...((.....))...)))).)))))......)).)))))))).((..((((....))))..))... ( -27.50)
>DroEre_CAF1 158439 97 + 1
AAUAGAUACAGAAUGUGUAUCCG--CAUCUGCAGCUGUACCAGCAAAAUGUAUCUGCAUCUGCAAAUGUAUC------UGCAUCUGUAUCUGUAAAUGUGGCCGC
.(((((((((((...((((...(--(((.(((((.((((...((.....))...)))).))))).))))...------)))))))))))))))............ ( -30.10)
>DroYak_CAF1 162436 97 + 1
AAUAGAUACAGAAUGUGUAUCCG--CAUCUGCAGCUGUACCAGCAAAAUGUAUCUGCAUCUGCAAAUGUAUC------UGCAUCUGUAUCUGUAAAUGUGGCCGC
.(((((((((((...((((...(--(((.(((((.((((...((.....))...)))).))))).))))...------)))))))))))))))............ ( -30.10)
>DroAna_CAF1 154838 92 + 1
AAUAGAUACAGAACGUGUAUCUGUGUAUCUGCAGAUGCAUC-------UGUAUCUGCAUCGUUAGUUGUAGU------UGCAGUUGUAGUUGUAUCUGUACUGGU
.((((((((((.((((((((((((......))))))))))(-------((((.(((((.(....).))))).------)))))..))..))))))))))...... ( -34.00)
>consensus
AAUAGAUACAGAAUGUGUAUCCG__CAUCUGCAGCUGUACCAGCAAAAUGUAUCUGCAUCUGCAAAUGUAUC______UGCAUCUGUAUUUGUAAAUGUGGCCGC
.(((((((((((.............(((.(((((.((((...((.....))...)))).))))).)))..............)))))))))))............ (-18.67 = -19.23 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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