Locus 1872

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 7,042,310 – 7,042,430
Length 120
Max. P 0.500000
window3104

overview

Window 4

Location 7,042,310 – 7,042,430
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.63
Mean single sequence MFE -53.65
Consensus MFE -35.30
Energy contribution -35.80
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.66
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 7042310 120 + 20766785
GCCACAUCUCGUUCUUGCCGCCCUCUGUGGUGGUGGAUCCCGUCUCGGAACGCGUGUCAUCCGAGGACUCCAUUCCGGAAUCUCGGCUAACGGCGGAUGGCGGCGGGAUUGGCUGCGGCU
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>DroVir_CAF1 88099 115 + 1
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>DroGri_CAF1 98792 115 + 1
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>DroWil_CAF1 103395 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 101978 115 + 1
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>DroAna_CAF1 71154 120 + 1
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>consensus
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alignment

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