Locus 1855

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	6,971,718 – 6,971,820
Length	102
Max. P	0.892490

overview

Window 1

Location	6,971,718 – 6,971,820
Length	102
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.01
Mean single sequence MFE	-42.80
Consensus MFE	-14.62
Energy contribution	-16.02
Covariance contribution	1.39
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.82
Structure conservation index	0.34
SVM decision value	0.97
SVM RNA-class probability	0.892490
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6971718 102 + 20766785
AUUUGCAGACCCGCGUAUAAUCCAUUGUAUACGAAUCAAUACUCACAAGGGGCGGCG---GCGGUGGGAA---C---GGCUGGUGCCAUUCUAGCCGCCCUGCCCACGGGU
........(((((((((((........))))))................((((((.(---(((((.((((---.---(((....))).)))).)))))))))))).))))) ( -47.00)
>DroPse_CAF1 1325 105 + 1
GCUUACAGACCCGCGUAUAAUUCAUUGUAUACGAAUCAAUACUCACAAGGGGCGGCGGCGGCGGUUGGAA---C---GGCUGGUGCCAUUCUGGCUGCCCUGCCCCCGGGU
........((((.((((((........))))))................(((.(((((.((((((..(((---.---(((....))).)))..)))))))))))))))))) ( -49.40)
>DroGri_CAF1 1276 102 + 1
UUUUGCAGACCCGUUUACAAUUCAUUGUAUACGAAUCAAUACUCACAAGGCGCAACG---GCAGCCGGAUCGAAUGCGACGGGUGCUCUGCUGACCGCC------GGCGGU
....(((((((((((....((((...((((........))))......(((((....---)).))).....))))..))))))...)))))..((((..------..)))) ( -30.20)
>DroMoj_CAF1 1624 99 + 1
GCUUUCAGACCCGUAUACAAUUCAUUGUAUACGAAUCAAUACUCACAAGGCGCACCG---GCGGCUGGCACAACAGCGAGUGGUGCUCUGCUAGCU---------GGUGGU
(((((..((..(((((((((....)))))))))..)).........))))).(((((---(((((.(((((.((.....)).)))))..))).)))---------)))).. ( -35.20)
>DroAna_CAF1 1290 102 + 1
AUUUGCAGACCCGCGUAUAAUCCAUUGUAUACGAAUCAAUACUCACAAGGGACAGCG---GCGGUGGGAA---C---GGCUGGUGCCAUUCUGGCCGCCCUGCCCACGGGU
........(((((((((((........))))))...............(((.(((.(---(((((.((((---.---(((....))).)))).)))))))))))).))))) ( -46.20)
>DroPer_CAF1 1317 105 + 1
GCUUACAGACCCGCGUAUAAUUCAUUGUAUACGAAUCAAUACUCACAAGGGGCGGCGGCGGCGGUUGGAA---C---GGCUGGCGCCAUUCUGGCUGCCCUGCCCCCGGGU
........((((.((((((........))))))................(((.(((((.((((((..(((---.---(((....))).)))..)))))))))))))))))) ( -48.80)
>consensus
GCUUGCAGACCCGCGUAUAAUUCAUUGUAUACGAAUCAAUACUCACAAGGGGCAGCG___GCGGUUGGAA___C___GGCUGGUGCCAUUCUGGCCGCCCUGCCCACGGGU
........((((((((((((....))))))...........(((....)))...))....((((((((((.......(((....))).)))))))))).........)))) (-14.62 = -16.02 +   1.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	6,971,718 – 6,971,820
Length	102
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.01
Mean single sequence MFE	-40.50
Consensus MFE	-14.73
Energy contribution	-15.52
Covariance contribution	0.78
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-2.30
Structure conservation index	0.36
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.546061
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6971718 102 - 20766785
ACCCGUGGGCAGGGCGGCUAGAAUGGCACCAGCC---G---UUCCCACCGC---CGCCGCCCCUUGUGAGUAUUGAUUCGUAUACAAUGGAUUAUACGCGGGUCUGCAAAU
((((((((((.((((((...(((((((....)))---)---)))...))))---).).)))).......((((.(((((((.....)))))))))))))))))........ ( -44.80)
>DroPse_CAF1 1325 105 - 1
ACCCGGGGGCAGGGCAGCCAGAAUGGCACCAGCC---G---UUCCAACCGCCGCCGCCGCCCCUUGUGAGUAUUGAUUCGUAUACAAUGAAUUAUACGCGGGUCUGUAAGC
((((((((((.((((.((..(((((((....)))---)---))).....)).))).).)))))......((((.(((((((.....))))))))))).)))))........ ( -43.10)
>DroGri_CAF1 1276 102 - 1
ACCGCC------GGCGGUCAGCAGAGCACCCGUCGCAUUCGAUCCGGCUGC---CGUUGCGCCUUGUGAGUAUUGAUUCGUAUACAAUGAAUUGUAAACGGGUCUGCAAAA
..(((.------((((..((((.(.(((.((((((....)))..))).)))---)))))))))..))).(((..(((((((.(((((....))))).)))))))))).... ( -31.20)
>DroMoj_CAF1 1624 99 - 1
ACCACC---------AGCUAGCAGAGCACCACUCGCUGUUGUGCCAGCCGC---CGGUGCGCCUUGUGAGUAUUGAUUCGUAUACAAUGAAUUGUAUACGGGUCUGAAAGC
......---------.(((.((((.(((((....((((......))))...---.)))))...)))).)))...(((((((((((((....)))))))))))))....... ( -33.40)
>DroAna_CAF1 1290 102 - 1
ACCCGUGGGCAGGGCGGCCAGAAUGGCACCAGCC---G---UUCCCACCGC---CGCUGUCCCUUGUGAGUAUUGAUUCGUAUACAAUGGAUUAUACGCGGGUCUGCAAAU
(((((((((((((((((...(((((((....)))---)---)))...))))---).)))))).......((((.(((((((.....)))))))))))))))))........ ( -46.70)
>DroPer_CAF1 1317 105 - 1
ACCCGGGGGCAGGGCAGCCAGAAUGGCGCCAGCC---G---UUCCAACCGCCGCCGCCGCCCCUUGUGAGUAUUGAUUCGUAUACAAUGAAUUAUACGCGGGUCUGUAAGC
((((((((((.((((.((..(((((((....)))---)---))).....)).))).).)))))......((((.(((((((.....))))))))))).)))))........ ( -43.80)
>consensus
ACCCGCGGGCAGGGCAGCCAGAAUGGCACCAGCC___G___UUCCAACCGC___CGCCGCCCCUUGUGAGUAUUGAUUCGUAUACAAUGAAUUAUACGCGGGUCUGCAAAC
(((((......((((.(((.....))).....................((....))..)))).......((((.(((((((.....))))))))))).)))))........ (-14.73 = -15.52 +   0.78)

alignment

secondary structure

dotplot

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