Locus 1585

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	5,944,321 – 5,944,507
Length	186
Max. P	0.999993

overview

Window 6

Location	5,944,321 – 5,944,439
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	91.44
Mean single sequence MFE	-32.39
Consensus MFE	-25.78
Energy contribution	-25.98
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.37
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	-0.05
SVM RNA-class probability	0.510262
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5944321 118 + 20766785
GCUCUGGCACACACACGCAC--AGGGCACAGACAGGUGCUCUCAGCUGUGCACUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUAACCCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACA
((((((((........)).)--)))))...(((((((((.(......).)))).(((((.((.((.....)).)).)))))....((((((......)))))))))))............ ( -38.10)
>DroSec_CAF1 86111 120 + 1
GCUCUGACACACACACACACAUAGAGCAAUGACAGGUGCUCUCAGCUGUGCACUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUUACCCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACGGCUAACA
((((((...............))))))..((((((((((.(......).)))).(((((.(..((.....))..).)))))....((((((......))))))))))))........... ( -32.86)
>DroSim_CAF1 84021 120 + 1
GCUCUGACACACACACACACAUAGGGCACAGACAGGUGCUCUCAGCUGUGCACUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUUACCCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACA
((..(((((......(((((..(((((((......)))))))..).))))....(((((.(..((.....))..).)))))....((((((......)))))).)))))....))..... ( -31.10)
>DroEre_CAF1 71538 115 + 1
GCUCUGGAACACACACACAU-----GCACAGACAGGUGCUCUCAGCUGUGCGCUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUUACUCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAGCCGCUAACA
((..(((((.((((((.(((-----((((((...((....))...))))))).))))).....))).)))))...............((((......))))((((....))))))..... ( -29.20)
>DroYak_CAF1 89093 115 + 1
ACUCUGGCACACUCACACAU-----GCACAGACAGGUUCUCUCAGCUGUGCGCUGGUGGUUUUUGUUUUUCGUUACUCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAGCCGCUAACA
.....(((....((((.(((-----((((((...((....))...))))))).))))))..........................((((((......)))))).......)))....... ( -30.70)
>consensus
GCUCUGGCACACACACACAC__AG_GCACAGACAGGUGCUCUCAGCUGUGCACUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUUACCCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACA
.........................((((((...((....))...))))))..(((((((((.((.....)).............((((((......)))))).....)))))))))... (-25.78 = -25.98 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	5,944,359 – 5,944,477
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.95
Mean single sequence MFE	-37.50
Consensus MFE	-36.64
Energy contribution	-36.24
Covariance contribution	-0.40
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.33
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	5.74
SVM RNA-class probability	0.999993
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5944359 118 + 20766785
CUCAGCUGUGCACUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUAACCCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACAGCAACAGCUGGCUUACCAGUGCGACAUA--ACAUGUAAAA
......(((((((((((((((.(((((...................(((((......)))))(((((((......))))))))))))..))).))))))))).)))..--.......... ( -37.30)
>DroSec_CAF1 86151 118 + 1
CUCAGCUGUGCACUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUUACCCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACGGCUAACAGCAACAGCUGGCUUACCAGUGCGACAUA--ACAUGUAAAA
......(((((((((((((((.(((((...................(((((......)))))(((((((......))))))))))))..))).))))))))).)))..--.......... ( -37.30)
>DroSim_CAF1 84061 118 + 1
CUCAGCUGUGCACUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUUACCCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACAGCAACAGCUGGCCUACCAGUGCGACAUA--ACAUGUAAAA
......(((((((((((((((.(((((...................(((((......)))))(((((((......))))))))))))..)))).)))))))).)))..--.......... ( -39.60)
>DroEre_CAF1 71573 118 + 1
CUCAGCUGUGCGCUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUUACUCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAGCCGCUAACAGCAACAGCUGUAUUACCAGUGCAACAUA--ACAUGUAAAA
......((((((((((((((..(((((...................(((((......)))))(((((((......))))))))))))....))))))))))).)))..--.......... ( -36.60)
>DroYak_CAF1 89128 120 + 1
CUCAGCUGUGCGCUGGUGGUUUUUGUUUUUCGUUACUCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAGCCGCUAACAGCAACAGCUGGCUUACCAGUGCAAUAUAAAACAUGUAAAA
........(((((((((((((.(((((...................(((((......)))))(((((((......))))))))))))..))).))))))))))................. ( -36.70)
>consensus
CUCAGCUGUGCACUGGUGGUUUUUGUUUUUCAUUACCCACUUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACAGCAACAGCUGGCUUACCAGUGCGACAUA__ACAUGUAAAA
........(((((((((((((.(((((...................(((((......)))))(((((((......))))))))))))..)))).)))))))))((((.....)))).... (-36.64 = -36.24 +  -0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	5,944,359 – 5,944,477
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.95
Mean single sequence MFE	-37.94
Consensus MFE	-32.22
Energy contribution	-32.78
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.19
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	2.22
SVM RNA-class probability	0.990527
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5944359 118 - 20766785
UUUUACAUGU--UAUGUCGCACUGGUAAGCCAGCUGUUGCUGUUAGCGGUUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAAGUGGGUUAUGAAAAACAAAAACCACCAGUGCACAGCUGAG
.....((.((--..(((.((((((((..((((((....))))...))(((((.....((((((......)))))).........(((......)))..)))))))))))))))))))).. ( -39.50)
>DroSec_CAF1 86151 118 - 1
UUUUACAUGU--UAUGUCGCACUGGUAAGCCAGCUGUUGCUGUUAGCCGUUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAAGUGGGUAAUGAAAAACAAAAACCACCAGUGCACAGCUGAG
(((..(((((--(...((((.((((....))))..((.((((((((....)))))))).))))))...))))))..))).((((....((.....))....))))((((.....)))).. ( -38.10)
>DroSim_CAF1 84061 118 - 1
UUUUACAUGU--UAUGUCGCACUGGUAGGCCAGCUGUUGCUGUUAGCGGUUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAAGUGGGUAAUGAAAAACAAAAACCACCAGUGCACAGCUGAG
.....((.((--..(((.((((((((.(((((((((((((((....))))..))))))(((((......))))).......)))((........)).....))))))))))))))))).. ( -39.20)
>DroEre_CAF1 71573 118 - 1
UUUUACAUGU--UAUGUUGCACUGGUAAUACAGCUGUUGCUGUUAGCGGCUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAAGUGAGUAAUGAAAAACAAAAACCACCAGCGCACAGCUGAG
.(((((.(((--((.(((((.........(((((....)))))..))))).))))).((((((......)))))).....)))))....................((((.....)))).. ( -34.40)
>DroYak_CAF1 89128 120 - 1
UUUUACAUGUUUUAUAUUGCACUGGUAAGCCAGCUGUUGCUGUUAGCGGCUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAAGUGAGUAACGAAAAACAAAAACCACCAGCGCACAGCUGAG
.......((((((.(.((((.(((.((((((.((((.......)))))))))).)))((((((......)))))).........)))).).))))))........((((.....)))).. ( -38.50)
>consensus
UUUUACAUGU__UAUGUCGCACUGGUAAGCCAGCUGUUGCUGUUAGCGGUUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAAGUGGGUAAUGAAAAACAAAAACCACCAGUGCACAGCUGAG
..............(((.((((((((......((((((((((....))))..))))))(((((......))))).............................)))))))))))...... (-32.22 = -32.78 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	5,944,399 – 5,944,507
Length	108
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.54
Mean single sequence MFE	-29.87
Consensus MFE	-25.76
Energy contribution	-25.92
Covariance contribution	0.16
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.12
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.64
SVM RNA-class probability	0.969300
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5944399 108 + 20766785
UUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACAGCAACAGCUGGCUUACCAGUGCGACAUA--ACAUGUAAAAUGCGCGUAAAAUGUAUAA----------GUUAUUACGUAG
.......((((.((((.((((((((((((......)))))))....(((((....)))))........--.)))))..)))).))))...(((((...----------.....))))).. ( -30.50)
>DroSec_CAF1 86191 118 + 1
UUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACGGCUAACAGCAACAGCUGGCUUACCAGUGCGACAUA--ACAUGUAAAAUGCGCGUAAUAUGUAAAAAUUUAUAAAGGUUAUUACGUAG
.......((((.((((.((((((((((((......)))))))....(((((....)))))........--.)))))..)))).))))..(((((((.(((((....))))).))))))). ( -33.90)
>DroSim_CAF1 84101 118 + 1
UUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACAGCAACAGCUGGCCUACCAGUGCGACAUA--ACAUGUAAAAUUCGCGUAAUAUGUAAAAAUUUAUAAAGGUUAUUAUGUAG
......(((((......)))))(((((((......))))))).((.(((((....)))))((((....--...........))))))..(((((((.(((((....))))).))))))). ( -28.96)
>DroEre_CAF1 71613 106 + 1
UUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAGCCGCUAACAGCAACAGCUGUAUUACCAGUGCAACAUA--ACAUGUAAAAUGCGUGUAAAAUGUAUAGAUUUA---------UU---UAU
......(((((......((((((((....))))))..(((((....))))).........)).((((.--..)))).....))))).................---------..---... ( -26.00)
>DroYak_CAF1 89168 111 + 1
UUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAGCCGCUAACAGCAACAGCUGGCUUACCAGUGCAAUAUAAAACAUGUAAAAUGCGUGUAAAAUGUAUGGAUUUA---------UUGUGUAG
...((((((((......)))))(((((((......))))))).((((((((....)))))..........((((((.....))))))....)))..)))....---------........ ( -30.00)
>consensus
UUCUCCCACGCUCAUUCGCGUGGCUGUUAAACCGCUAACAGCAACAGCUGGCUUACCAGUGCGACAUA__ACAUGUAAAAUGCGCGUAAAAUGUAUAAAUUUA_____GUUAUUACGUAG
.......((((.((((.((((((((((((......)))))))....(((((....)))))...........)))))..)))).))))................................. (-25.76 = -25.92 +   0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,944,399 – 5,944,507
Length	108
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.54
Mean single sequence MFE	-30.67
Consensus MFE	-26.04
Energy contribution	-26.00
Covariance contribution	-0.04
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.804067
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5944399 108 - 20766785
CUACGUAAUAAC----------UUAUACAUUUUACGCGCAUUUUACAUGU--UAUGUCGCACUGGUAAGCCAGCUGUUGCUGUUAGCGGUUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAA
...(((((....----------.........)))))....(((..(((((--(...((((.((((....))))..((.((((((((....)))))))).))))))...))))))..))). ( -32.82)
>DroSec_CAF1 86191 118 - 1
CUACGUAAUAACCUUUAUAAAUUUUUACAUAUUACGCGCAUUUUACAUGU--UAUGUCGCACUGGUAAGCCAGCUGUUGCUGUUAGCCGUUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAA
...(((((((...................)))))))....(((..(((((--(...((((.((((....))))..((.((((((((....)))))))).))))))...))))))..))). ( -34.01)
>DroSim_CAF1 84101 118 - 1
CUACAUAAUAACCUUUAUAAAUUUUUACAUAUUACGCGAAUUUUACAUGU--UAUGUCGCACUGGUAGGCCAGCUGUUGCUGUUAGCGGUUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAA
........................................(((..(((((--(...((((.((((....))))..((.((((((((....)))))))).))))))...))))))..))). ( -30.80)
>DroEre_CAF1 71613 106 - 1
AUA---AA---------UAAAUCUAUACAUUUUACACGCAUUUUACAUGU--UAUGUUGCACUGGUAAUACAGCUGUUGCUGUUAGCGGCUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAA
...---..---------....(((.......................(((--((.(((((.........(((((....)))))..))))).))))).((((((......)))))).))). ( -27.20)
>DroYak_CAF1 89168 111 - 1
CUACACAA---------UAAAUCCAUACAUUUUACACGCAUUUUACAUGUUUUAUAUUGCACUGGUAAGCCAGCUGUUGCUGUUAGCGGCUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAA
........---------....................(((.................))).(((.((((((.((((.......)))))))))).)))((((((......))))))..... ( -28.53)
>consensus
CUACAUAAUAAC_____UAAAUUUAUACAUUUUACGCGCAUUUUACAUGU__UAUGUCGCACUGGUAAGCCAGCUGUUGCUGUUAGCGGUUUAACAGCCACGCGAAUGAGCGUGGGAGAA
........................................(((..(((((......((((.((((....))))..((.((((((((....)))))))).))))))....)))))..))). (-26.04 = -26.00 +  -0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

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