Locus 158

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,421,253 – 1,421,450
Length	197
Max. P	0.949859

overview

Window 9

Location	1,421,253 – 1,421,373
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.17
Mean single sequence MFE	-40.92
Consensus MFE	-39.72
Energy contribution	-39.16
Covariance contribution	-0.56
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.36
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	1.40
SVM RNA-class probability	0.949859
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1421253 120 - 20766785
GGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGAAACUGGCGUUUUGACCGCGCAGGGCUUAAAUAUUUCCGCC
.(((((((((.((....))))))))..(((((((.(((((((...))))).....)).)))))))...((((((.(((....((((((.......))).))))))......))))))))) ( -39.50)
>DroSec_CAF1 39698 120 - 1
GGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGAAACUGGCGUUCUGACCGCACAGGGCUUAAAUACUUCCGCC
.(((((((((.((....))))))))..(((((((.(((((((...))))).....)).)))))))...((((((.((((....))))((((((......))))))......))))))))) ( -43.90)
>DroSim_CAF1 44750 120 - 1
GGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGAAACUGGCGUUCUGACCGCACAGGGCUUAAAUACUUCCGCC
.(((((((((.((....))))))))..(((((((.(((((((...))))).....)).)))))))...((((((.((((....))))((((((......))))))......))))))))) ( -43.90)
>DroEre_CAF1 38042 119 - 1
G-GCUGACUGCUGUUGACGCAGUUAAACGCCGGCCCACUUGCUAUGCGAAUUUAUUGCGCCGGCGACAGGAAGUUGCCGAAACUGGCGUUCUGACCGCACAGGGCUUAAAUAUUUCCGCC
(-(((((((((.......)))))))..(((((((.((.((((...))))......)).)))))))...((((((.((((....))))((((((......))))))......))))))))) ( -43.20)
>DroYak_CAF1 39075 120 - 1
GGGCUGACUGCUGUUGACAUAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGAAACUGGUGUUCUGACCGCAAAGGACUUAAAUAUUUCCGCG
..((((((((.((....))))))))..(((((((.(((((((...))))).....)).)))))))...((((((.((((....))))(((((........)))))......)))))))). ( -34.10)
>consensus
GGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGAAACUGGCGUUCUGACCGCACAGGGCUUAAAUAUUUCCGCC
.(((((((((.((....))))))))..(((((((.(((((((...))))).....)).)))))))...((((((.((((....))))((((((......))))))......))))))))) (-39.72 = -39.16 +  -0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	1,421,293 – 1,421,413
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.98
Mean single sequence MFE	-42.10
Consensus MFE	-36.74
Energy contribution	-36.54
Covariance contribution	-0.20
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.52
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.860291
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1421293 120 - 20766785
GUCAAGUCCGGGCUUGUUUACUCUUCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGA
((((.((((((.(((((...(((.....)))..))))))))))))))).(((((....)))))....(((((((.(((((((...))))).....)).)))))))...((......)).. ( -42.50)
>DroSec_CAF1 39738 119 - 1
GUCAAGUC-GGGCUUGUUUACUCUCCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGA
((((.(((-.(((((((...(((.....)))..))))))).))))))).(((((....)))))....(((((((.(((((((...))))).....)).)))))))...((......)).. ( -42.00)
>DroSim_CAF1 44790 119 - 1
GUCAAGUC-GGGCUUGUUUACUCUCCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGA
((((.(((-.(((((((...(((.....)))..))))))).))))))).(((((....)))))....(((((((.(((((((...))))).....)).)))))))...((......)).. ( -42.00)
>DroEre_CAF1 38082 118 - 1
GUCAAGUC-GGGCGUGUUUACUCUGCUUGAGAUGCGAGUCG-GCUGACUGCUGUUGACGCAGUUAAACGCCGGCCCACUUGCUAUGCGAAUUUAUUGCGCCGGCGACAGGAAGUUGCCGA
(.(((((.-((((......((((.((.......))))))((-(((((((((.......)))))))...))))))))))))))...((((.....))))..(((((((.....))))))). ( -46.30)
>DroYak_CAF1 39115 119 - 1
GUCAAGUC-GGGUUUGUUUACUCUUCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACAUAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGA
.(((((..-((((......))))..)))))........(((((((..(((.(((((.((((((....(((((((......)))).))).....)))))).))))).)))..)))..)))) ( -37.70)
>consensus
GUCAAGUC_GGGCUUGUUUACUCUCCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUUGCUAUGCGAAUUUAUUGUGCCAGCGACAGGAAGUUGCCGA
..........(((((((...(((.....)))..)))))))(((((..(((.(((((.((((((....(((((((......)))).))).....)))))).))))).)))..)))..)).. (-36.74 = -36.54 +  -0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	1,421,333 – 1,421,450
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.08
Mean single sequence MFE	-47.10
Consensus MFE	-37.24
Energy contribution	-37.44
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.60
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.671874
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1421333 117 - 20766785
UGGCCGGAGUAG---CAGGUGCUCCGCUCUGACCGGGCUCGUCAAGUCCGGGCUUGUUUACUCUUCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUU
.((.((((((((---(....)))..)))))).))(((((.((((.((((((.(((((...(((.....)))..))))))))))))))).(((((....)))))........))))).... ( -47.80)
>DroSec_CAF1 39778 119 - 1
UGGCCGGAGUAGCAGCAGGUGCUCCGCUCUGACCGGGCUCGUCAAGUC-GGGCUUGUUUACUCUCCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUU
.((.(((((..(.(((....))))..))))).))(((((.((((.(((-.(((((((...(((.....)))..))))))).))))))).(((((....)))))........))))).... ( -49.10)
>DroSim_CAF1 44830 119 - 1
UGGCCGGAGUAGCAGCAGGUGCUCCGCUCUGACCGGGCUCGUCAAGUC-GGGCUUGUUUACUCUCCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUU
.((.(((((..(.(((....))))..))))).))(((((.((((.(((-.(((((((...(((.....)))..))))))).))))))).(((((....)))))........))))).... ( -49.10)
>DroEre_CAF1 38122 115 - 1
UGCCCGGAGUAG---CAGGUGCUCCGCCCUGACCGGGCUCGUCAAGUC-GGGCGUGUUUACUCUGCUUGAGAUGCGAGUCG-GCUGACUGCUGUUGACGCAGUUAAACGCCGGCCCACUU
.((((((.....---((((.((...)))))).)))))).....((((.-((((......((((.((.......))))))((-(((((((((.......)))))))...)))))))))))) ( -48.10)
>DroYak_CAF1 39155 116 - 1
UAGUCGGGGUAG---CAGGUGCUCCGCUCUGACCGUGCUCGUCAAGUC-GGGUUUGUUUACUCUUCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACAUAGUUAAACGCUGGCCCAUUU
.....(((.(((---(.((....))((.(((((((((.((.(((((..-((((......))))..))))))))))).)))))))((((((.((....))))))))...)))).))).... ( -41.40)
>consensus
UGGCCGGAGUAG___CAGGUGCUCCGCUCUGACCGGGCUCGUCAAGUC_GGGCUUGUUUACUCUCCUUGAGAUGCGAGUCGGGCUGACUGCUGUUGACACAGUUAAACGCUGGCCCAUUU
.((((((((((........))))))((.....((.((((((((((((....)))))....(((.....)))..))))))).)).((((((.((....))))))))...)).))))..... (-37.24 = -37.44 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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