Locus 157

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,420,987 – 1,421,133
Length	146
Max. P	0.999858

overview

Window 5

Location	1,420,987 – 1,421,101
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.61
Mean single sequence MFE	-37.90
Consensus MFE	-30.10
Energy contribution	-31.50
Covariance contribution	1.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	1.83
SVM RNA-class probability	0.979316
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1420987 114 + 20766785
GCCACGCC------CACGCCCAAACGCAUACGCACAUGCUGGGACGAACACACACACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUU
..(((((.------..((((((...((((......)))))))).)).............(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))).))))).. ( -40.00)
>DroSec_CAF1 39430 116 + 1
GCCACGCCCACGCCCACGCCCAAACGCAUACGCACAUGCUGGGACGAACAC----ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUU
....((((((.((....))......((((......)))))))).))(((((----.((.(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).))))) ( -40.40)
>DroSim_CAF1 44488 110 + 1
GCCACACC------CACGCCCAAACGCAUACGCACAUGCUAGGACGAACAC----ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUU
........------..((.((....((((......))))..)).))(((((----.((.(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).))))) ( -35.20)
>DroEre_CAF1 37781 109 + 1
-CCACGCC------CACACCCACACACAUACGCAUACGCAGGGACGAGCAC----ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUU
-...((((------(.........................))).))(((((----.((.(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).))))) ( -34.01)
>DroYak_CAF1 38806 109 + 1
-UCACUCC------CAAAGCCACACGCAUACGCACAUGCUGGGGCGAGCAC----ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUU
-.......------....(((.((.((((......)))))).))).(((((----.((.(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).))))) ( -39.90)
>consensus
GCCACGCC______CACGCCCAAACGCAUACGCACAUGCUGGGACGAACAC____ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUU
..(((((...........((((...((((......))))))))................(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))).))))).. (-30.10 = -31.50 +   1.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	1,420,987 – 1,421,101
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.61
Mean single sequence MFE	-44.84
Consensus MFE	-37.50
Energy contribution	-37.26
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-3.06
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	3.45
SVM RNA-class probability	0.999225
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1420987 114 - 20766785
AACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGUGUGUGUGUUCGUCCCAGCAUGUGCGUAUGCGUUUGGGCGUG------GGCGUGGC
.((((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))))))((.(.(((((..(((((....)))))....))))).)------.))..... ( -45.10)
>DroSec_CAF1 39430 116 - 1
AACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU----GUGUUCGUCCCAGCAUGUGCGUAUGCGUUUGGGCGUGGGCGUGGGCGUGGC
(((((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))----)))))((.((((.....(((.(((((......))))).))))))))).... ( -47.00)
>DroSim_CAF1 44488 110 - 1
AACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU----GUGUUCGUCCUAGCAUGUGCGUAUGCGUUUGGGCGUG------GGUGUGGC
(((((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))----)))))(((((..(((((....)))))....)))))..------........ ( -43.00)
>DroEre_CAF1 37781 109 - 1
AACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU----GUGCUCGUCCCUGCGUAUGCGUAUGUGUGUGGGUGUG------GGCGUGG-
..(((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))----)))(.(((((.(((.((((((....)))))).))).)------)))).).- ( -44.00)
>DroYak_CAF1 38806 109 - 1
AACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU----GUGCUCGCCCCAGCAUGUGCGUAUGCGUGUGGCUUUG------GGAGUGA-
..(((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))----))).(((((((((((..(((....)))..))...)))------)).))))- ( -45.10)
>consensus
AACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU____GUGUUCGUCCCAGCAUGUGCGUAUGCGUUUGGGCGUG______GGCGUGGC
..(((((.(((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).............(((((..(((((....)))))....))))).........))))).. (-37.50 = -37.26 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,421,021 – 1,421,133
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.20
Mean single sequence MFE	-46.30
Consensus MFE	-40.40
Energy contribution	-40.24
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-4.51
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	4.28
SVM RNA-class probability	0.999858
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1421021 112 + 20766785
GGGACGAACACACACACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUUUGCCUAACAUGCAGUCCGUCCAUA--------UGACUGCG
(((.(((((((.((.....(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).)))))))))).....((((((........--------.)))))). ( -44.00)
>DroSec_CAF1 39470 108 + 1
GGGACGAACAC----ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUUUGCCUAACAUGCAGUCCGUCCAUA--------UGACUGCG
(((.(((((((----.((.(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).)))))))))).....((((((........--------.)))))). ( -46.10)
>DroSim_CAF1 44522 108 + 1
AGGACGAACAC----ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUUUGCCUAACAUGCAGUCCGUCCAUA--------UGACUGCG
(((.(((((((----.((.(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).)))))))))).....((((((........--------.)))))). ( -46.10)
>DroEre_CAF1 37814 108 + 1
GGGACGAGCAC----ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUUUGCCUAACAUGCAGUGCGUCCAUG--------UGACUGCA
(((.(((((((----.((.(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).))))))))))....(((((((((....))--------).)))))) ( -45.30)
>DroYak_CAF1 38839 116 + 1
GGGGCGAGCAC----ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUUUGCCUAACAUUCGGUCCGUACAUGACCGUAUAUGACUGCG
.((((((((((----.((.(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..))))))).))))))))))..(((.(((((.......)))))...)))...... ( -50.00)
>consensus
GGGACGAACAC____ACAUACGCAAAUUCGCACGUCGCUUAUUUGGUAAUUUGCGUGAGUGCGAAAAUGCGUUGCGUGUUUGCCUAACAUGCAGUCCGUCCAUA________UGACUGCG
.(((((.((..........(((((..(((((((..(((..(((....)))..)))...)))))))..)))))((((((((.....)))))))))).)))))................... (-40.40 = -40.24 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	1,421,021 – 1,421,133
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.20
Mean single sequence MFE	-43.22
Consensus MFE	-34.35
Energy contribution	-35.19
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-4.48
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	3.03
SVM RNA-class probability	0.998204
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1421021 112 - 20766785
CGCAGUCA--------UAUGGACGGACUGCAUGUUAGGCAAACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGUGUGUGUGUUCGUCCC
........--------...(((((((((((.......))).((((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))))))..)))))))). ( -45.50)
>DroSec_CAF1 39470 108 - 1
CGCAGUCA--------UAUGGACGGACUGCAUGUUAGGCAAACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU----GUGUUCGUCCC
.((((((.--------........))))))......(((.(((((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))----))))).))).. ( -44.90)
>DroSim_CAF1 44522 108 - 1
CGCAGUCA--------UAUGGACGGACUGCAUGUUAGGCAAACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU----GUGUUCGUCCU
.((((((.--------........))))))......(((.(((((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))----))))).))).. ( -44.90)
>DroEre_CAF1 37814 108 - 1
UGCAGUCA--------CAUGGACGCACUGCAUGUUAGGCAAACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU----GUGCUCGUCCC
........--------...((((((.(((.....)))))...(((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))----)))...)))). ( -38.30)
>DroYak_CAF1 38839 116 - 1
CGCAGUCAUAUACGGUCAUGUACGGACCGAAUGUUAGGCAAACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU----GUGCUCGCCCC
.......((((.(((((.......))))).))))..(((...(((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))----)))...))).. ( -42.50)
>consensus
CGCAGUCA________UAUGGACGGACUGCAUGUUAGGCAAACACGCAACGCAUUUUCGCACUCACGCAAAUUACCAAAUAAGCGACGUGCGAAUUUGCGUAUGU____GUGUUCGUCCC
.((((((.................))))))......(((.(((((((((((((..(((((((...(((..(((....)))..)))..)))))))..))))).)))....))))).))).. (-34.35 = -35.19 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

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