| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,851,365 – 5,851,479 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.848783 |
| Location | 5,851,365 – 5,851,479 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 90.29 |
| Mean single sequence MFE | -28.00 |
| Consensus MFE | -24.69 |
| Energy contribution | -24.88 |
| Covariance contribution | 0.20 |
| Combinations/Pair | 1.12 |
| Mean z-score | -1.70 |
| Structure conservation index | 0.88 |
| SVM decision value | 0.78 |
| SVM RNA-class probability | 0.848783 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5851365 114 - 20766785 GGCCUGCGCAUACGAAUCGCCGACUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUAAGUCCUG------UGA (((.(((((((((((......((((((.....))))))....)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....)))))))).)))...------... ( -27.40) >DroPse_CAF1 4268 114 - 1 GGCUUACGAAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUGUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAGAAUCCAACAUUUAUAACUUGGUGAGUACGA------AGC .((((.((....((......))...(((((.((((((((.(((((..(((............)))..)))))((((((....))))))......)))))))).))))))))------))) ( -25.10) >DroWil_CAF1 4912 114 - 1 GGCUUACGCAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUAAGAACAA------AUU ..(((((((((((((...(..((((((.....)))))).)..)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....)))))))))).....------... ( -25.80) >DroMoj_CAF1 6835 114 - 1 GGCUUACGCAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUAAGCCAGU------GGC (((((((((((((((...(..((((((.....)))))).)..)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....))))))))))))...------... ( -32.90) >DroAna_CAF1 3831 120 - 1 GGCUUACGCAUACGAAUCGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUGAGUCCAUACUCUAUAG (((((((((((((((......((((((.....))))))....)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....))))))))))))............ ( -29.30) >DroPer_CAF1 4205 114 - 1 GGCUUACGCAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUGUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAGAAUCCAACAUUUAUAACUUGGUGAGUACGG------AGC .((....((((((((...(..((((((.....)))))).)..))))))))(((((((.((.....(((((..((((((....))))))...)))))......)).))))))------))) ( -27.50) >consensus GGCUUACGCAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUAAGUACGA______AGC .((((((((((((((......((((((.....))))))....)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....)))))))))))............. (-24.69 = -24.88 + 0.20)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:07:16 2006