Locus 1528

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 5,785,113 – 5,785,231
Length 118
Max. P 0.912643
window2581

overview

Window 1

Location 5,785,113 – 5,785,231
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.09
Mean single sequence MFE -29.16
Consensus MFE -25.66
Energy contribution -26.90
Covariance contribution 1.24
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.55
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 1.08
SVM RNA-class probability 0.912643
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5785113 118 + 20766785
UCUUUGUCCCAAGACUGACACUUGUGAUUUGUACCCAAUUUAACGAAACGAAAUUAUCAACAAAUUAUCAUCGGC--GGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU
((((((..((((((((.(((((((((((((((....(((((.........)))))....))))))))((((....--.))))......))))))))))).))))..))))))........ ( -29.80)
>DroSec_CAF1 76402 120 + 1
UCUUUGUCCCAAGACUGACACUUGUGAUUUGUACACAAUUUAACGAAACGAAAUUAUCAACAAAUUAUCAUCGGCGGGGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU
((((((..((((((((.(((((((((((((((....(((((.........)))))....))))))))........(((....)))...))))))))))).))))..))))))........ ( -32.90)
>DroSim_CAF1 76710 120 + 1
UCUUUGUCCCAAGACAGACACUUGUGAUUUGUACACAAUUUAACGAAACGAAAUUAUCAACAAAUUAUCAUCGGCAGGGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU
((((((..(((((((..(((((((((((((((....(((((.........)))))....))))))))(((((.....)))))......))))))).))).))))..))))))........ ( -30.30)
>DroEre_CAF1 78597 112 + 1
UCUUUGUCCCAAGAACGACACUUGUAAUUUGUACACAAUUUAACG-----AAAUUAUCGUCAAAUUUUCAUCG---CGGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU
((((((..((((..((.(((((((....(((.....(((((.(((-----(.....)))).))))).((((..---..))))..))).))))))).))..))))..))))))........ ( -29.60)
>DroYak_CAF1 76477 112 + 1
UCUUUGUCCCAAGACUGACACUUGUAAUUUGUACACAAUUUAACG-----AAAUAAUCUUCAAAUUCUCAUCG---CGGUGACUCAAUCAAGUGUGGCCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU
....((((((.......(((((((.((((((......((((....-----))))......)))))).((((..---..))))......)))))))((((...))))..))).)))..... ( -23.20)
>consensus
UCUUUGUCCCAAGACUGACACUUGUGAUUUGUACACAAUUUAACGAAACGAAAUUAUCAACAAAUUAUCAUCGGC_CGGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU
((((((..((((((((.(((((((((((((((....(((((.........)))))....))))))))(((((.....)))))......))))))))))).))))..))))))........ (-25.66 = -26.90 +   1.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:06:54 2006