Locus 1421

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 5,483,629 – 5,483,733
Length 104
Max. P 0.706604
window2431

overview

Window 1

Location 5,483,629 – 5,483,733
Length 104
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.63
Mean single sequence MFE -45.03
Consensus MFE -27.30
Energy contribution -26.45
Covariance contribution -0.85
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.706604
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5483629 104 - 20766785
UGGGCACCGGAGGCA------CAUUAGGGUGCUGCGUGUACUUGAACCGCGCCUGUUCGCCUCUUAGCCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCGACC
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>DroPse_CAF1 3983 110 - 1
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>DroSim_CAF1 2326 104 - 1
UGGGCACCGGAGGCA------CAUUAGGGUGCUGCGUGUACUUGAACCGCGCCUGUUCGCCCCUUAGCCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCCACC
((((((((((.(((.------.....((((((.(.((........)))))))))....)))))...(((((.....)).(((((.......))).))))))))))))).. ( -41.70)
>DroEre_CAF1 2363 104 - 1
UGGGCACCGGAGGCA------CAUCCGGGUGCUGCGUGUACUUGAACCUGGCCUGUUCGCCCCUUAGCCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCCACC
(((((((((((....------..))).((((((((((((.(((.....((..((((..((......)).))))..))..)))..)))))))).))))...)))))))).. ( -45.30)
>DroYak_CAF1 2200 104 - 1
UGGGCACCGGAGGCA------CCUCAGGGUGCUGCGUGUAUUUGAACCUCGCCUGUUCGCCCCUAAGGCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCCACC
((((((((((((...------.)))..((((((((((((....((((.......))))(((.(((.((......)).))).))))))))))).))))..))))))))).. ( -46.50)
>DroPer_CAF1 3892 110 - 1
UGGGCACCUGUGGGAAUUGUGCCUCUGGAUCGCUUUUGUACUCGAAUCUGGCCUGCUCGCCUGAGGUGCGUAGGUCAAAGAGACGCACCAUUCCAUCAGUGGUGCCCACA
((((((((....(((((.((((((((.((..((....))..)).....((((((((.((((...)))).)))))))).))))..)))).)))))......)))))))).. ( -49.40)
>consensus
UGGGCACCGGAGGCA______CAUCAGGGUGCUGCGUGUACUUGAACCUCGCCUGUUCGCCCCUUAGCCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCCACC
(((((((((....).............((((((((((((.(((.........((((.............))))......)))..)))))))).))))...)))))))).. (-27.30 = -26.45 +  -0.85)

alignment

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secondary structure

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