Locus 1396

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 5,400,264 – 5,400,368
Length 104
Max. P 0.698135
window2392

overview

Window 2

Location 5,400,264 – 5,400,368
Length 104
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 73.08
Mean single sequence MFE -35.77
Consensus MFE -20.07
Energy contribution -20.83
Covariance contribution 0.76
Combinations/Pair 1.53
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.698135
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5400264 104 + 20766785
A-ACAG----UGAGUUCGUCCUCUGGCUGGUUACACCCAGCGACGGACUGCAGUUGAACGUUACGCUCAGUCUCUAUGGAAGAGAUGUUGCACUAAGAACCAGCUGUGU
.-((((----(..((((((((..(.(((((......))))).).))))(((((.(((.((...)).)))((((((.....)))))).)))))....))))..))))).. ( -35.90)
>DroVir_CAF1 704 109 + 1
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..........((((((.(((.((((((.(....)))))))......((((((.(((....((((((.......))))))...)))))))))......))).)))))).. ( -44.00)
>DroGri_CAF1 716 109 + 1
CCACGGACCAGGUAUUUGUCAUCUGGCUGGUGACGCCGCACAAUGAACUGCAGCUGAAUGCCACGUUAUGUCUUUAUGGACGGGAUGCAGCCAUCAAGGCGAGCAGCAU
.......((.(((((((((((((.....))))))((.(((........))).)).))))))).......((((....))))))..(((.(((.....)))..))).... ( -33.90)
>DroSec_CAF1 1939 104 + 1
A-AGAG----CGAGUUCGUCCUCUGGCUGGUUACACCCAGCGAUGGACUGCAGUUGAACGUUACGCUUAGUCUCUAUGGAAGAGAUGUUGCACUAAAAACCAGCUGUGU
.-....----..((((((((..((((.((....)).)))).))))))))(((((((....(((.((...((((((.....))))))...))..)))....))))))).. ( -33.40)
>DroSim_CAF1 436 104 + 1
A-ACAG----CGAGUUCGUUUUUUGGCUGGUUACACCCAGCGACGGACUGCAGUUGAACGUUACGCUUAGUCUCUAUGGAAGAGAUGUUGCACUAAAAACCAGCUGUGU
.-....----..((((((((.....(((((......)))))))))))))(((((((....(((.((...((((((.....))))))...))..)))....))))))).. ( -33.00)
>DroYak_CAF1 747 104 + 1
A-ACAG----CGAGUUCGUGCUCUGGCUGGUCACACCCAGCGACGGAAUGCAGCUGAACGUUACGCUCAGUCUCUACGGAAGAGAUAUUGCAGUAAAAACCGGCUGUGU
.-((((----(..(((((((((((((((((......)))))..))))..)))..))))).((((((...((((((.....))))))...)).))))......))))).. ( -34.40)
>consensus
A_ACAG____CGAGUUCGUCCUCUGGCUGGUUACACCCAGCGACGGACUGCAGUUGAACGUUACGCUCAGUCUCUAUGGAAGAGAUGUUGCACUAAAAACCAGCUGUGU
............((((((((..((((.((....)).)))).))))))))(((((((...(((..((...((((((.....))))))...))......)))))))))).. (-20.07 = -20.83 +   0.76)

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