Locus 1388

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 5,360,823 – 5,360,943
Length 120
Max. P 0.624034
window2383

overview

Window 3

Location 5,360,823 – 5,360,943
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.22
Mean single sequence MFE -37.57
Consensus MFE -26.45
Energy contribution -26.48
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.624034
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5360823 120 - 20766785
UCUGUAGUGACCAGGGCCAGCUGUUUUAGCUCGCUGCAGUGCAGCAGUCUACUAAUUUGGAAAUCAGAUUGAGAAAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGAUUUAGGGUCGACCUGUUGCAGC
.((((((((((.(((((.....))))).).)))))))))((((((((((...(((((((.....)))))))...........(((((((((....))).))))))..)).)))))))).. ( -37.70)
>DroPse_CAF1 3354 120 - 1
UCUGUGGUGACCAAAGCCAAUUGUUUGAGGUCGCUGCAAUGUAGCAGACGACUGAUUUGAAAGUCCGACUGUGUCAAAAGGUUCUUUAUCUUCCAGGAUUCGGCAUCCACCUGCUGCAGA
..((..((((((.((((.....))))..))))))..)).((((((((..((((........)))).(.(((.(((..(((((.....)))))....))).))))......)))))))).. ( -38.70)
>DroSim_CAF1 3437 120 - 1
UCUGUAGUGACCAAGGCCAGCUGUUUUAGCUCGCUGCAGUGCAGCAGUCUACUGAUUUGGAAAUCAGAUUGAGAGAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGAUUUCGGGUCGACCUGUUGCAGC
.((((((((((.(((((.....))))).).)))))))))((((((((((..((((((((((((((((.................))))).)))))))...))))...)).)))))))).. ( -39.93)
>DroEre_CAF1 3417 120 - 1
UCUGUAGUGACCAGGGCCAGCUGUUUUAGCUCGGUGCAGUGCAGCAGUCUACUGAUUUGGAAAUCAGAUUGAGAGAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGAUUUACUAUCGACCUGUUGCAGC
.............(.((((((((...))))).))).)..((((((((((.......(((((((((((.................))))).))))))(((.....))))).)))))))).. ( -32.43)
>DroYak_CAF1 3635 120 - 1
UCUGUAGUGACUAGGGCCAGCUGCUUUAGCUCUGUGCAGUGCAGCAGUCUACUUAUUUGGAAAUCAGAUUGCGUGAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGUUUUACCAUUGACCUGUUGCAGC
.(((((..(((((((((.....))))))).))..)))))((((((((((.....(((((((((((((....(....).......))))).)))))))).........)).)))))))).. ( -37.94)
>DroPer_CAF1 7729 120 - 1
UCUGUGGUGACCAAAGCCAAUUGUUUGAGGUCGCUGCAAUGUAGCAGACGACUGAUUUGAAAGUCCGACUGUGUCAAAAGGUUCUUUAUCUUCCAGGAUUCGGCAUCCACCUGCUGCAGA
..((..((((((.((((.....))))..))))))..)).((((((((..((((........)))).(.(((.(((..(((((.....)))))....))).))))......)))))))).. ( -38.70)
>consensus
UCUGUAGUGACCAAGGCCAGCUGUUUUAGCUCGCUGCAGUGCAGCAGUCUACUGAUUUGGAAAUCAGAUUGAGAGAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGAUUUAGCAUCGACCUGUUGCAGC
.((((((((((.(((((.....))))).).)))))))))((((((((.........(((((((((((.................))))).))))))(((.....)))...)))))))).. (-26.45 = -26.48 +   0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:03:38 2006