Locus 1367

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	5,276,668 – 5,276,819
Length	151
Max. P	0.929510

overview

Window 7

Location	5,276,668 – 5,276,785
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.06
Mean single sequence MFE	-47.37
Consensus MFE	-22.50
Energy contribution	-23.03
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.512226
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5276668 117 - 20766785
UAUUGGCGGCCAUUGCCCGGGCAGGCACUGUCUUAAGUGGUGGCCGCCAGAUGG---GCCUAAUUUUAGGUUUUUCACUAUCGCUAAUCUCAGCACUGAUUUGGUUGAGUAGCUCCAGCA
...((((((((((..(..((((((...))))))...)..))))))))))((..(---(((((....))))))..))......((((..((((((.(......)))))))))))....... ( -49.50)
>DroPse_CAF1 480 117 - 1
UAUUGGCUGCCAAGGCCCGGGUGGCCACGGAUUUCAGCGGAGGCCGCCAGGUGG---GUUUGAUUCUCGGACGCUCGCGUUCGCUGAUCUCUUCGCUGAUAUGGUUGAGCAGCUCCAGCA
....(((((((((((((.....)))).((....((((((((((((((...))))---....((((..((((((....))))))..))))))))))))))..)).))).))))))...... ( -47.30)
>DroGri_CAF1 529 120 - 1
UAUUGGCAGCCAUGGCGCGUCCAGCAACAGAUUUUGUAGGUGGUCGCCAGCAGGGUGGCUUCACUCGUGGUCGCUCACAGCUGCUGAUCUCAUCGCUGAUCUGAUUGAGCAGCUCCAGUA
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>DroEre_CAF1 474 117 - 1
UGUUGGCGGCCAUUGCCCGGGCAGGCACGGUCCUGAGUGGUGGCCGCCAGGCGG---CCUUUAUUUUGGAUUUUUCACCGUCGCUAAUCUCAGCACUGAUUUGGUUGAGCAGCUCCAGCA
...((((((((((..((.((((.......)))).).)..))))))))))(((((---((........))........)))))(((...((((((.(......))))))).)))....... ( -47.00)
>DroYak_CAF1 434 117 - 1
UAUUGGCGGCCAUUGCCCGGGCAGGUACGGUUCUGAGUGGUGGCCGCCAGGUGG---UCUUAAUUUUUGAUUUUUCACCAUCGCUGAUCUCAGCACUGAUUUGGUUGAGCAGCUCCAGCA
...((((((((((..((.((((.......)))).).)..))))))))))(((((---(...((........))...))))))((((..((((((.(......)))))))))))....... ( -46.40)
>DroPer_CAF1 480 117 - 1
UAUUGGCUGCCAAGGCCCGGGCGGCCACGGAUUUCAGCGGAGGCCGCCAGGUGG---GUUUGAUUCUCGGACGCUCGCGUUCGCUGAUCUCUUCGCUGAUCUGGUUGAGCAGCUCCAGCA
....(((((((((((((.....)))).((((..((((((((((((((...))))---....((((..((((((....))))))..)))))))))))))))))).))).))))))...... ( -50.70)
>consensus
UAUUGGCGGCCAUGGCCCGGGCAGCCACGGAUUUCAGUGGUGGCCGCCAGGUGG___GCUUAAUUCUCGGUCGCUCACCAUCGCUGAUCUCAGCACUGAUUUGGUUGAGCAGCUCCAGCA
...((((.(((((.(((((........)))......)).))))).))))(.(((..............(((........)))((((..((((..(((.....))))))))))).))).). (-22.50 = -23.03 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	5,276,708 – 5,276,819
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.24
Mean single sequence MFE	-36.42
Consensus MFE	-24.02
Energy contribution	-23.97
Covariance contribution	-0.05
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-1.47
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.632833
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5276708 111 + 20766785
UAGUGAAAAACCUAAAAUUAGGCCCAUCUGGCGGCCACCACUUAAGACAGUGCCUGCCCGGGCAAUGGCCGCCAAUAACACCAGGUCUCUCACAGCUCCCGAGCUGAAGAU
..(((.....((((....))))......(((((((((..(((......)))((((....))))..)))))))))....)))......(((..(((((....))))).))). ( -36.70)
>DroPse_CAF1 520 111 + 1
ACGCGAGCGUCCGAGAAUCAAACCCACCUGGCGGCCUCCGCUGAAAUCCGUGGCCACCCGGGCCUUGGCAGCCAAUAAGGUCAGAUCUUACACGGCGCCCGAGCUGAAGAU
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>DroSim_CAF1 1096 111 + 1
UAGUGAAAAACCUAAAAUUAGGCCCACCUGGCGGCCACCACUCAAGACAGUGCCUGCCCGGGCAAUGGCCGCCAAUAACACCAGGUCUCUCACAGCUCCCGAGCUGAAGAU
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>DroEre_CAF1 514 111 + 1
CGGUGAAAAAUCCAAAAUAAAGGCCGCCUGGCGGCCACCACUCAGGACCGUGCCUGCCCGGGCAAUGGCCGCCAACAACGUCCGGUCUUUCACAGCUCCCGAGCUGAAGAU
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>DroYak_CAF1 474 111 + 1
UGGUGAAAAAUCAAAAAUUAAGACCACCUGGCGGCCACCACUCAGAACCGUACCUGCCCGGGCAAUGGCCGCCAAUAAUGUCAGGUCUCUCACAGCCCCCGAGCUGAAGAU
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>DroPer_CAF1 520 111 + 1
ACGCGAGCGUCCGAGAAUCAAACCCACCUGGCGGCCUCCGCUGAAAUCCGUGGCCGCCCGGGCCUUGGCAGCCAAUAAGGUCAGAUCUUACACGGCGCCCGAGCUGAAGAU
...((.(((((.((((.((..(((..((.(((((((..((........)).))))))).))((....)).........)))..))))))....))))).)).......... ( -37.00)
>consensus
UAGUGAAAAACCGAAAAUUAAGCCCACCUGGCGGCCACCACUCAAAACCGUGCCUGCCCGGGCAAUGGCCGCCAAUAACGUCAGGUCUCUCACAGCUCCCGAGCUGAAGAU
............................((((((((...((........))((((....))))...))))))))..........((((....((((......)))).)))) (-24.02 = -23.97 +  -0.05)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	5,276,708 – 5,276,819
Length	111
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.24
Mean single sequence MFE	-48.92
Consensus MFE	-31.13
Energy contribution	-32.00
Covariance contribution	0.87
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.20
SVM RNA-class probability	0.929510
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5276708 111 - 20766785
AUCUUCAGCUCGGGAGCUGUGAGAGACCUGGUGUUAUUGGCGGCCAUUGCCCGGGCAGGCACUGUCUUAAGUGGUGGCCGCCAGAUGGGCCUAAUUUUAGGUUUUUCACUA
......((((....))))((((((((((((((.(..(((((((((((..(..((((((...))))))...)..)))))))))))..).))).......))))))))))).. ( -52.01)
>DroPse_CAF1 520 111 - 1
AUCUUCAGCUCGGGCGCCGUGUAAGAUCUGACCUUAUUGGCUGCCAAGGCCCGGGUGGCCACGGAUUUCAGCGGAGGCCGCCAGGUGGGUUUGAUUCUCGGACGCUCGCGU
.......((.(((((((((.(...((((.(((((..(((((.(((..((((.....)))).((........))..))).)))))..))))).))))).))).)))))).)) ( -46.20)
>DroSim_CAF1 1096 111 - 1
AUCUUCAGCUCGGGAGCUGUGAGAGACCUGGUGUUAUUGGCGGCCAUUGCCCGGGCAGGCACUGUCUUGAGUGGUGGCCGCCAGGUGGGCCUAAUUUUAGGUUUUUCACUA
......((((....))))(((((((((((((.((((.((((((((((..((.((((((...)))))).).)..))))))))))((....)))))).))))))))))))).. ( -55.40)
>DroEre_CAF1 514 111 - 1
AUCUUCAGCUCGGGAGCUGUGAAAGACCGGACGUUGUUGGCGGCCAUUGCCCGGGCAGGCACGGUCCUGAGUGGUGGCCGCCAGGCGGCCUUUAUUUUGGAUUUUUCACCG
......((((....))))(((((((((((((.(((((((((((((((..((.((((.......)))).).)..)))))))))).)))))......))))).)))))))).. ( -48.60)
>DroYak_CAF1 474 111 - 1
AUCUUCAGCUCGGGGGCUGUGAGAGACCUGACAUUAUUGGCGGCCAUUGCCCGGGCAGGUACGGUUCUGAGUGGUGGCCGCCAGGUGGUCUUAAUUUUUGAUUUUUCACCA
.((..(((((....))))).))((((((........(((((((((((..((.((((.......)))).).)..)))))))))))..))))))......(((....)))... ( -43.50)
>DroPer_CAF1 520 111 - 1
AUCUUCAGCUCGGGCGCCGUGUAAGAUCUGACCUUAUUGGCUGCCAAGGCCCGGGCGGCCACGGAUUUCAGCGGAGGCCGCCAGGUGGGUUUGAUUCUCGGACGCUCGCGU
.......((.(((((((((.(..((((((.((((....((((.....))))..(((((((.((........))..)))))))))))))))))....).))).)))))).)) ( -47.80)
>consensus
AUCUUCAGCUCGGGAGCUGUGAAAGACCUGACGUUAUUGGCGGCCAUUGCCCGGGCAGGCACGGUCUUGAGUGGUGGCCGCCAGGUGGGCUUAAUUUUAGGUUUUUCACCA
.......(((....))).(((((((((((((.((((((((((((((((((..((((.......))))...))))))))))))).))))).)))......)))))))))).. (-31.13 = -32.00 +   0.87)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:03:14 2006