Locus 127

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,388,122 – 1,388,349
Length	227
Max. P	0.939303

overview

Window 6

Location	1,388,122 – 1,388,232
Length	110
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.49
Mean single sequence MFE	-31.40
Consensus MFE	-21.80
Energy contribution	-22.84
Covariance contribution	1.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.09
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.741684
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1388122 110 + 20766785
UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGAGUGUGGCAGCUU--CAGUCGCAG------UGGCCGCAGCUGC--AGAUGUUAUAAAAUAAACAA
......(((((((((((.((((((((((....)))).....((((.((((.....)))).))))....--..))))))(------..((....))..)--........))))))))))). ( -33.30)
>DroSec_CAF1 15122 103 + 1
UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGACUGUGGCAGCUU--CAGUCGCAG---------------CUGCAGAGAUGUUAUAAAAUAAACAA
......((((((((((((((((........)))))((((((((...))))))))..(((..((.((..--.....)).)---------------)..)))........))))))))))). ( -26.10)
>DroSim_CAF1 19872 103 + 1
UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGAGUGUGGCAGAUU--CAGUCGCAG---------------CUGCAGAGAUGUUAUAAAAUAAACAA
......(((((((((((.((((((((((....)))).....((((.((((.....)))).))))....--..)))))).---------------..(((....)))..))))))))))). ( -28.10)
>DroEre_CAF1 13211 118 + 1
UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGCUUCAGUCGCAUUCGCAGUCGCAGUCGCAGUCGCCGCAGCUGC--AGAUGUUAUAAAAUAAACAA
......(((((((((((.(((((((((......((((((((((...))))))))))....)))((....)).))))))((((((((.......)))))--.)))....))))))))))). ( -36.90)
>DroYak_CAF1 11038 116 + 1
UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGCUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGAGUGUGGCAGAUU--CAGUCGCAGUUACAUUCGCCGCAGCUGC--AGAUGUUAUAAAAUAAACAA
......(((((((((((.((((((((.((((((.(((((((((...))))))))).)))).))....)--).))))))...((((..((.......))--..))))..))))))))))). ( -32.60)
>consensus
UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGAGUGUGGCAGAUU__CAGUCGCAG______U_GCCGCAGCUGC__AGAUGUUAUAAAAUAAACAA
......(((((((((((.((((((((((....)))).....((((.((((.....)))).))))........))))))................((....))......))))))))))). (-21.80 = -22.84 +   1.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,388,232 – 1,388,349
Length	117
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	91.86
Mean single sequence MFE	-43.00
Consensus MFE	-32.59
Energy contribution	-32.43
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.54
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.30
SVM RNA-class probability	0.939303
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1388232 117 - 20766785
GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACCUGCAUUAG---CCCGAACGGCCGUUGCGGUGGGGCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUCCUGCCCGCCUAUAAU
((((((((((.((((((..(((((((..((....)---)((....))..)))))))..)))(((((((...........)))))))))).))))).))(((.....))).)))....... ( -39.90)
>DroSec_CAF1 15225 120 - 1
GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACCUGCUUUAGCAACCCCAACGGUCGUUGCGGUGGGGCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUGCUGGCCGUCUAUAAU
((((((((((.((((((..(((((((.(((....)))(((.....))).)))))))..)))(((((((...........)))))))))).)))))((((....)))).)))))....... ( -44.30)
>DroSim_CAF1 19975 120 - 1
GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACCUGCAUUAGCAGCCCGAACGGUCGUUGCGGUGGGGCAAUGACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUGCUGGCCGUCUAUAAU
((((((((((.((((((..(((((((((((....)))).((....))..)))))))..)))(((((((...........)))))))))).)))))((((....)))).)))))....... ( -46.50)
>DroEre_CAF1 13329 116 - 1
GCGGCAGCCACUGUUCUUGCCGCAAGCUGCAUUAG---CCCG-ACGGCCGUUGCGGUGGGCCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCGUUUGCUGGCGCAAUUACUCCCCGACUAUAAU
(((.((((((((((....(((((..((((...)))---)..)-.))))....)))))).(((((((((...........)))))))))....)))).))).................... ( -43.00)
>DroYak_CAF1 11154 117 - 1
GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACAUGCAUUAG---CCCGAACGGUCGUUGCGGUGGGGCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUCCUCCCCGCCUAUUAU
...(((((.(((((((..((.((.....))....)---)..))))))).)))))((((((((((((((...........)))))))....((((....)))).....)))))))...... ( -41.30)
>consensus
GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACCUGCAUUAG___CCCGAACGGUCGUUGCGGUGGGGCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUCCUGCCCGCCUAUAAU
(((..(((((.(((.((..(((((((..((................)).)))))))..)).(((((((...........)))))))))).)))))..))).................... (-32.59 = -32.43 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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