Locus 1223

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,832,143 – 4,832,248
Length 105
Max. P 0.545120
window2127

overview

Window 7

Location 4,832,143 – 4,832,248
Length 105
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.16
Mean single sequence MFE -38.34
Consensus MFE -26.52
Energy contribution -26.96
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.545120
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4832143 105 + 20766785
AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUAGGGUGGUUGCACCGCCAAGUCGAUUGCUAUUGCGAUUGCGAUUGCAGGUG---------------UUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG
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>DroSec_CAF1 2717 105 + 1
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>DroSim_CAF1 3169 120 + 1
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>DroEre_CAF1 8089 96 + 1
AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUUGGGUGGUUGCACCGCCGAGUCGAUUGCUAUUGCUA------------------------UUGCUAUUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG
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>DroYak_CAF1 3856 114 + 1
AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUAGGGUGGUUGCACCGCCGAGUCGAUUGCUGUUGCUAUUGCUAUUGCUAUGG------CUAUUGCUAUUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG
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>consensus
AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUAGGGUGGUUGCACCGCCAAGUCGAUUGCUAUUGCUAUUGCGAUUGCAAGUG_________UUGC_AUUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG
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alignment

Postscript

secondary structure

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