Locus 122

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 1,384,487 – 1,384,606
Length 119
Max. P 0.578117
window260

overview

Window 0

Location 1,384,487 – 1,384,606
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.36
Mean single sequence MFE -36.80
Consensus MFE -28.86
Energy contribution -29.54
Covariance contribution 0.68
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.48
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.578117
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1384487 119 - 20766785
GAGACGAAAAGUUGAUUUGGCAUUGGUGCGUAUGAGCAAUGCGUCCGUGUGCUUGUCAAUUAGGGCUGG-UUGUGCAACGAACAACGCAGCUUACCAGCUGGUAAGCAAUCGAUUUCCAG
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>DroSec_CAF1 11717 118 - 1
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>DroSim_CAF1 16404 119 - 1
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(((((((..(((((((..((((((((.((((((.....))))))))).))))).))))))).(((((((-(...((..((.....))..))..))))))))........))).))))... ( -42.00)
>DroEre_CAF1 9511 116 - 1
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>DroYak_CAF1 7758 117 - 1
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>consensus
GAGACGAAAAGUUGAUUUGGCAUCGGUGCGUAUGAGCAAUGCGUCCGUGUGCUUGUCAAUUAGGGCUGG_UUGUGCAACGAACAACGCAGCUUACCAGCUUGUAAGCAAUCGAUUUCGAG
(((((((..(((((((..((((((((.((((((.....))))))))).))))).))))))).(.((......)).).............((((((......))))))..))).))))... (-28.86 = -29.54 +   0.68)

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