Locus 120

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 1,382,233 – 1,382,353
Length 120
Max. P 0.947438
window256

overview

Window 6

Location 1,382,233 – 1,382,353
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.78
Mean single sequence MFE -36.00
Consensus MFE -30.52
Energy contribution -30.76
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 1.37
SVM RNA-class probability 0.947438
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1382233 120 - 20766785
AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUUUUUUGGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGCGAAGUUUAUUUGCUUUCGGGACGCCCUGACGAAUGUGCAU
...........(((..(((((.....((((((.(((((.(((((..((((....))))..))))).)))))(((((.((.(((((......))))))).))))).)))))))))))))). ( -35.30)
>DroSec_CAF1 9542 118 - 1
AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUU--UUCGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGCGAAGUUUAUUUGCUGUCGGGACGCGCUGACGAAUGUGCAU
...........(((..(((((.....((((((((((((.(((((...--.((....))..))))).)))))(((((.((...(((......)))..)).)))))))))))))))))))). ( -39.20)
>DroSim_CAF1 14230 118 - 1
AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUU--UUCGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGCGAAGUUUAUUUGCUGUCGGGACUCGCUGACGAAUGUGCAU
...........((((((.......((((.((((((((((((((....--...))))))))).((((.((((((...)))))).))))...))))).))))..(((....))).)))))). ( -37.10)
>DroEre_CAF1 7334 117 - 1
AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUU---UUCGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGCGUGAAGUUUAUUUGCUGUCGGGACGCUCUGACGAAUGUGCAU
...........(((..(((((.....((((((.(((((.(((((..---.((....))..))))).)))))(((((.((...(((......)))..)).))))).)))))))))))))). ( -36.80)
>DroYak_CAF1 5695 118 - 1
AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGUCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUU--UUCGGGAGCUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGUGAAGUUUAUUUUCUGCCGAGACGCUCUGACGAAUGUGCAU
...........((((((...((((..((((.(((((((.(((((...--..(....)...))))).))))))).(((.((((((.....)))).)))))))))..))))....)))))). ( -31.60)
>consensus
AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUU__UUCGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGCGAAGUUUAUUUGCUGUCGGGACGCGCUGACGAAUGUGCAU
...........((((((...((((((((.((((((((((((((.........))))))))).((((.((((((...)))))).))))...))))).)))).....))))....)))))). (-30.52 = -30.76 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:27:54 2006