Locus 1165

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,628,829 – 4,628,922
Length 93
Max. P 0.725301
window2043

overview

Window 3

Location 4,628,829 – 4,628,922
Length 93
Sequences 5
Columns 97
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.76
Mean single sequence MFE -29.56
Consensus MFE -15.33
Energy contribution -17.58
Covariance contribution 2.25
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.15
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.725301
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4628829 93 + 20766785
GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUCGUGUGGACGCUUGGUGC-UAAGUCCCGCUAUUUGG---ACA
((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))(((....)))...))))-...((((........))---)). ( -30.50)
>DroSec_CAF1 5356 93 + 1
GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUCGUGCGGACGCUUGGUGC-UAAGUCCCGCUAUUUGG---ACA
((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))))))(..((..(((((.-.......)))))..)).---.). ( -31.70)
>DroSim_CAF1 5363 93 + 1
GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUCGUGCGGACGCUUGGUGC-UAAGUCCCGCUAUUUGG---ACA
((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))))))(..((..(((((.-.......)))))..)).---.). ( -31.70)
>DroWil_CAF1 7356 82 + 1
-UACAUUUACGCCACAUAA--AUAUAUAUAUAUA-------UGUGUGUGUGUGU-AG--CG--UAUUUGGCUUGGAUGUCCCGCUUUUUGGCAAACA
-.(((((((.((((.(((.--.(((((((((((.-------...))))))))))-).--..--))).)))).)))))))...(((....)))..... ( -24.80)
>DroYak_CAF1 5404 93 + 1
GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUUGUGCGAACGCUUGGUGU-GAAGUCCCGCUAUUUGG---ACA
((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))))))...(((.....))-)..((((........))---)). ( -29.10)
>consensus
GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUCGUGCGGACGCUUGGUGC_UAAGUCCCGCUAUUUGG___ACA
((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))))))...((..(((((.........)))))..))....... (-15.33 = -17.58 +   2.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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