| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 4,607,488 – 4,607,590 |
| Length | 102 |
| Max. P | 0.955626 |
| Location | 4,607,488 – 4,607,590 |
|---|---|
| Length | 102 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 80.90 |
| Mean single sequence MFE | -29.72 |
| Consensus MFE | -25.17 |
| Energy contribution | -24.83 |
| Covariance contribution | -0.33 |
| Combinations/Pair | 1.04 |
| Mean z-score | -2.57 |
| Structure conservation index | 0.85 |
| SVM decision value | 1.46 |
| SVM RNA-class probability | 0.955626 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4607488 102 + 20766785 AA--UA-UU---U----UCAUGCGAGCAUGAGUCGCUGGUGUAAAGAAAC-UACUACUUUAGCUAGUGCUU-UUUACUUGCUCGCAGAAAAA-CGUGCUUUGCCCAAGCAUAACC ..--..-((---(----((.((((((((.(((.(((((((.(((((....-.....)))))))))))))))-......))))))))))))).-.((((((.....)))))).... ( -33.40) >DroVir_CAF1 15215 110 + 1 AAUGU--AUUUAA-CUAGUUUGCGAACACGAGUCGCUGGUGUAAAGAUAAU-UCCACUUUAGCUAGUGCUU-UUUAUCUGUUCGCAGAGCAAAUGCGCUUCGCCCAAGCAUAACC ...((--((((..-....((((((((((.(((.(((((((.(((((.....-....)))))))))))))))-......))))))))))..))))))((((.....))))...... ( -27.90) >DroEre_CAF1 7540 102 + 1 A------AUAUAU----UCAUGCGAGCACGAGUCGCUGGUGUAAAGAAAC-UACUACUUUAGCUAGUGCUU-UUUACUUGCUCGCAGAAAAA-UGUGCUUUGCCCAAGCAUAACC .------.....(----((.((((((((.(((.(((((((.(((((....-.....)))))))))))))))-......)))))))))))...-(((((((.....)))))))... ( -31.30) >DroYak_CAF1 7921 108 + 1 UAUAUAUAUAUAU----UCAUGCGAGCACGAGUCGCUGGUGUAAAGAAAC-UACUACUUUAGCUAGUGCUU-UUUACUUGCUCGCAGAAAAA-UGUGCUUUGCCCAAGCAUAACC ............(----((.((((((((.(((.(((((((.(((((....-.....)))))))))))))))-......)))))))))))...-(((((((.....)))))))... ( -31.30) >DroMoj_CAF1 12441 111 + 1 UAUGU--AGUUUU-CUAUCAUGCGAACUUGAGUCGCUGGUGUAAAGACAAUCUCCACUUUAGCUAGUGCUU-UUUUUCUGUUCGCAGAGCAAAUGCGCUUCGCCCAAGCAUAACC (((((--.(((((-.(((((.((((.(....))))))))))..))))).............((.(((((.(-((.(((((....))))).))).)))))..))....)))))... ( -27.20) >DroAna_CAF1 6771 109 + 1 AA--AA-UUAUAACCUCUUGUGCGAACACGAGUCGCUGGUGUAAAGAAAC-U-CAACUUUAGCUAGUGCUUUUUUACUUGUUCGCAGAGAAA-UGCGCUUUGCCCAAGCAUAACC ..--..-..........(((((((((((.(((.(((((((.(((((....-.-...))))))))))))))).......)))))((((((...-....))))))....)))))).. ( -27.20) >consensus AA__U__AUAUAU____UCAUGCGAACACGAGUCGCUGGUGUAAAGAAAC_UACUACUUUAGCUAGUGCUU_UUUACUUGCUCGCAGAAAAA_UGCGCUUUGCCCAAGCAUAACC ....................((((((((.(((.(((((((.(((((..........))))))))))))))).......))))))))..........((((.....))))...... (-25.17 = -24.83 + -0.33)
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