Locus 1153

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,599,222 – 4,599,342
Length 120
Max. P 0.792656
window2025

overview

Window 5

Location 4,599,222 – 4,599,342
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.89
Mean single sequence MFE -36.98
Consensus MFE -21.55
Energy contribution -22.67
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.31
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.792656
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4599222 120 + 20766785
CAGGAUUCGCGGAUUUAUUUGCGAUACAUGCUGAGCAAAUGGAAACCGCCGAAUCAAAGUCUAUCAUCAGGAUGAUGUCCUUCUGGUCUAUAGCCACCAGCUCACUGUAGGCUACAGAUG
((((((((((((.(((((((((............)))))))))..))).)))))).(((..((((((....))))))..))))))((((.(((((..(((....)))..))))).)))). ( -41.50)
>DroSec_CAF1 4741 120 + 1
CAGGAUUCGCGGAUUUAUUUGCGACACAUGCUGAGCAAAUGGAAACCGCCGAUUCCACGUCCAUUAGCAGGAUGAUGUCCUUAUGGUCUGUAGCCACCAGCUCACUGUAGGCUACAGAUG
..(((.((((((.(((((((((............)))))))))..))).))).))).(((((.......)))))...........((((((((((..(((....)))..)))))))))). ( -45.60)
>DroSim_CAF1 4793 120 + 1
CAGGAUUCGCGGAUUUAUUUGCGACACAUGCUGAGCAAAUGGAAACCGCCGAUUCCACGUCUAUUAGCAGGAUGAUGUCCUUCUGGUCUGUAGCCACCAGCUCACUGUAGGCUACAGAUG
..(((.((((((.(((((((((............)))))))))..))).))).)))........(((.(((((...))))).)))((((((((((..(((....)))..)))))))))). ( -45.40)
>DroEre_CAF1 4791 120 + 1
CCGGGUUCGCGGAUUUAUUUGCGAUACAUGCUGAGCAAAUGGAAAUCGCCGAAUCUACGUCUAUUAACAGGAUGAUGUCCUCCUGGUCUAUAGUCACUAGCUCACUGUAGGUUACAGAUA
..((((((((((.(((((((((............)))))))))..))).)))))))..((((.....(((((.(....).))))).((((((((.........))))))))....)))). ( -32.50)
>DroYak_CAF1 5461 120 + 1
CAGGAUUCGUGGAUUUAUUUGCUACACCUUCUGAGCACAAGGAAACCGCCGAAUCCACGUCUAUUAUCAGGAUGAUGUCCUCCUGGUCUAUAGUCACCAGCUCACUGUAGGUUACAGAUA
..((((((((((.(((...((((.((.....))))))....))).))).)))))))..((((...(((((((.(....).))))))).....((.(((.((.....)).))).)))))). ( -34.80)
>DroAna_CAF1 5681 120 + 1
AAGAGCUGUUCGUGUUAUUUUCUAAACAUUCCUGGCAGAUCUUUAGCGCAGACUCCACGUCUACAAGCAUUAUAAUAUCCUCCUGAUCUAUGCACUCCAGCUCACUAUAAGACAUCGAAA
..((((((...((((((...(((...((....))..)))....))))))((((.....))))....((((......(((.....)))..))))....))))))................. ( -22.10)
>consensus
CAGGAUUCGCGGAUUUAUUUGCGACACAUGCUGAGCAAAUGGAAACCGCCGAAUCCACGUCUAUUAGCAGGAUGAUGUCCUCCUGGUCUAUAGCCACCAGCUCACUGUAGGCUACAGAUA
..(((.((((((.(((((((((............)))))))))..))).))).)))...........(((((.(....).)))))((((.(((((..(((....)))..))))).)))). (-21.55 = -22.67 +   1.12)

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