Locus 1094

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,401,649 – 4,401,767
Length 118
Max. P 0.529045
window1939

overview

Window 9

Location 4,401,649 – 4,401,767
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.60
Mean single sequence MFE -39.80
Consensus MFE -29.38
Energy contribution -29.63
Covariance contribution 0.26
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.03
Structure conservation index 0.74
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.529045
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4401649 118 - 20766785
AAUCACUGCGUCAAUGGAGCCACCGAUGAGGCUAUCCAGUCGGUCAUCGGCCAGCUGCGAUGGCUGCGCGAGCUCUCUUUAGAGCACUGCAGUGGGGUAAGACUGAAAGUCGCGAUAA
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>DroPse_CAF1 11105 114 - 1
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>DroSec_CAF1 11608 118 - 1
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>DroEre_CAF1 11623 118 - 1
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>DroYak_CAF1 11538 118 - 1
AAUAACUGCGUCAAUGGAGCCACCGAUGAGGCUAUCCAGUCGGUCAUCGGCCAGCUGCGUUGGCUGCGCGAGCUCUCACUAGAGCACUGCAGUGGAGUAAGACAGAAAAUUGCGAUAU
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>DroAna_CAF1 14737 112 - 1
AACCACUGCGUCAAUGGGGUCACCGAUGAGGCUGUUCAGUCAAUUAUUGGACAAUUACGCUGGCUGCGGGAUCUGUCCUUGGAACACUGCAGUGGGGUGAGUUUUAAGGCC------A
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>consensus
AACCACUGCGUCAAUGGAGCCACCGAUGAGGCUAUCCAGUCGGUCAUCGGCCAGCUGCGUUGGCUGCGCGAGCUCUCUCUAGAGCACUGCAGUGGGGUAAGACUGAAAGUUGCGAUAA
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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