Locus 1031

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,240,507 – 4,240,599
Length 92
Max. P 0.811275
window1831 window1832

overview

Window 1

Location 4,240,507 – 4,240,599
Length 92
Sequences 6
Columns 97
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.61
Mean single sequence MFE -19.48
Consensus MFE -13.97
Energy contribution -15.22
Covariance contribution 1.25
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.637532
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4240507 92 + 20766785
AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUGUAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU-----UAAAUGGAGUAGACGCACACUCUAGUGCCCUCGCACAAUAUGUA
......(((((((((((.....(((..(((((.....)))))((((((-----(.....))))))).)))....))))))............))))) ( -19.90)
>DroSec_CAF1 2055 92 + 1
AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUUGAAUGACGAGUUACGUCAUCUACU-----UAAUUGGAGUAGACGCACGCUCUAGUGCCCUUGCACAAUAUCUA
..(((((((..((..((((.....((.(((((.....)))))))))))-----....))..))))))).........((((....))))........ ( -19.60)
>DroSim_CAF1 3560 92 + 1
AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUUGAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU-----UAAUUGGAGUAGACGCACGCUCUAGUGCCCUCGCACAAUAUCUA
..(((((((..((..((((.....((.(((((.....)))))))))))-----....))..))))))).........((((....))))........ ( -19.70)
>DroEre_CAF1 2070 90 + 1
AUCGUUUACAUCACAAGUAUCAUGUAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU-----UAUUUAGAGUAGACGCACGACCUAGUGCCCUCGCACAAU--GUA
..(((((((.((..(((((....(((((((((.....)))))).))).-----))))).))))))))).........((((....))))...--... ( -21.00)
>DroYak_CAF1 2051 90 + 1
AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUGUAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU-----UAUUUGGAGUAGACGCACGACCUAGUGCCCUCGCACAAU--GUA
..(((((((.((...((((....(((((((((.....)))))).))).-----))))..))))))))).........((((....))))...--... ( -21.90)
>DroAna_CAF1 2049 90 + 1
AUCGUUUACAUCAUUAUUAGAUUGUAAUAAUG------GCCAACCACUAUCAAUUCUUAGAGUAAGAGCACACUCUAGUGCCCUCGCACC-UACGUA
......(((.(((((((((.....))))))))------).......(((........))).(..((.((((......)))).))..)...-...))) ( -14.80)
>consensus
AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUGUAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU_____UAAUUGGAGUAGACGCACGCUCUAGUGCCCUCGCACAAUAUGUA
..(((((((.((...........(((((((((.....)))))).)))............))))))))).........((((....))))........ (-13.97 = -15.22 +   1.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 4,240,507 – 4,240,599
Length 92
Sequences 6
Columns 97
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.61
Mean single sequence MFE -26.33
Consensus MFE -18.39
Energy contribution -18.78
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.65
SVM RNA-class probability 0.811275
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4240507 92 - 20766785
UACAUAUUGUGCGAGGGCACUAGAGUGUGCGUCUACUCCAUUUA-----AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUACAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU
(((((...((((....))))....)))))((((((((.......-----)))))))).(((...(((((((((........)))))))))..))).. ( -26.40)
>DroSec_CAF1 2055 92 - 1
UAGAUAUUGUGCAAGGGCACUAGAGCGUGCGUCUACUCCAAUUA-----AGUAGAUGACGUAACUCGUCAUUCAAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU
.....(((((.......((((((.((((.((((((((.......-----)))))))))))).....(((((...))))).))))))......))))) ( -25.42)
>DroSim_CAF1 3560 92 - 1
UAGAUAUUGUGCGAGGGCACUAGAGCGUGCGUCUACUCCAAUUA-----AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUCAAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU
.....(((((.......((((((.((((.((((((((.......-----)))))))))))).....(((((...))))).))))))......))))) ( -25.42)
>DroEre_CAF1 2070 90 - 1
UAC--AUUGUGCGAGGGCACUAGGUCGUGCGUCUACUCUAAAUA-----AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUACAUGAUACUUGUGAUGUAAACGAU
(((--(((((((....))))...((((((.(((((((.......-----)))))))((((.....))))....))))))......))))))...... ( -26.20)
>DroYak_CAF1 2051 90 - 1
UAC--AUUGUGCGAGGGCACUAGGUCGUGCGUCUACUCCAAAUA-----AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUACAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU
...--(((((.......((((((((((((.(((((((.......-----)))))))((((.....))))....)))))).))))))......))))) ( -28.12)
>DroAna_CAF1 2049 90 - 1
UACGUA-GGUGCGAGGGCACUAGAGUGUGCUCUUACUCUAAGAAUUGAUAGUGGUUGGC------CAUUAUUACAAUCUAAUAAUGAUGUAAACGAU
(((((.-((.(..(((((((......)))))))..).)).(((..(((((((((....)------))))))))...))).......)))))...... ( -26.40)
>consensus
UACAUAUUGUGCGAGGGCACUAGAGCGUGCGUCUACUCCAAUUA_____AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUACAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU
........((((....)))).....(((.((((((((............)))))))))))....(((((((((........)))))))))....... (-18.39 = -18.78 +   0.39)

alignment

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secondary structure

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