Locus 1023

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	4,225,592 – 4,225,752
Length	160
Max. P	0.997791

overview

Window 5

Location	4,225,592 – 4,225,712
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.67
Mean single sequence MFE	-53.28
Consensus MFE	-50.42
Energy contribution	-50.90
Covariance contribution	0.48
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.19
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.36
SVM RNA-class probability	0.704941
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4225592 120 - 20766785
GCAGCUGCUGGGCGGCGGAGAUCAUGUUCGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGUAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUGUAGGGGUUCCACUCGGCGGCGUGGGCGCCCAUGUUGUUCC
.(((((.(((((((((((((.((......)))))).(((...))).......)))))))))..)))))..(((.(((((((.(((......))).))))))).))).............. ( -55.30)
>DroSec_CAF1 37463 120 - 1
GCAGCUGCUGGGCGGCGGAGAUCAUGUUCGGCUCCAAGGUGUUCCAGUUGUAGUUGCCCAGGAAGCUAAUGCCGAUGCUGUAGGGGUUCCACUCGGCGGCGUGGGCACCCAUGUUGUUCC
..((((.(((((((((((((.((......))))))..((....)).......)))))))))..))))..((((.(((((((.(((......))).))))))).))))............. ( -51.40)
>DroSim_CAF1 66853 120 - 1
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.(((((.(((((((((((((.((......)))))).(((...))).......)))))))))..)))))..(((.(((((((.(((......))).))))))).))).............. ( -55.30)
>DroEre_CAF1 38976 120 - 1
GCAGCUGCUGGGCGGCGGAGAUCAUGUUUGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGAAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUGUAGGCAUUCCAUUCGGCGGCGUGGGCGCCCAUGUUGUUCC
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>DroYak_CAF1 40104 120 - 1
GCAGCUGCUGUGCGGCGGAGAUCAUGUUCGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGUAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUGUAGGGGUUCCACUCGGCGGCGUGGGCGCCCAUGUUGUUCC
...(((((...)))))((((..((((.((((((((.(((((.............))))).)).)))))).(((.(((((((.(((......))).))))))).)))...))))...)))) ( -50.22)
>consensus
GCAGCUGCUGGGCGGCGGAGAUCAUGUUCGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGUAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUGUAGGGGUUCCACUCGGCGGCGUGGGCGCCCAUGUUGUUCC
.(((((.(((((((((((((.((......)))))).(((...))).......)))))))))..))))).((((.(((((((.(((......))).))))))).))))............. (-50.42 = -50.90 +   0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	4,225,632 – 4,225,752
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.67
Mean single sequence MFE	-55.22
Consensus MFE	-53.38
Energy contribution	-53.82
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.02
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	2.93
SVM RNA-class probability	0.997791
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4225632 120 - 20766785
UAGCCGGAGCUGAGCUGGCCACGGUUGACGGCGUCGUUGAGCAGCUGCUGGGCGGCGGAGAUCAUGUUCGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGUAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUG
((((((..(((.....)))..)))))).((((((((.....(((((.(((((((((((((.((......)))))).(((...))).......)))))))))..)))))....)))))))) ( -57.50)
>DroSec_CAF1 37503 120 - 1
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((((((..(((.....)))..)))))).((((((((......((((.(((((((((((((.((......))))))..((....)).......)))))))))..)))).....)))))))) ( -51.70)
>DroSim_CAF1 66893 120 - 1
UAGCCGGAGCUGAGCUGGCCACGGUUGACGGCGUCGUUGAGCAGCUGCUGGGCGGCGGAGAUCAUGUUCGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGUAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUG
((((((..(((.....)))..)))))).((((((((.....(((((.(((((((((((((.((......)))))).(((...))).......)))))))))..)))))....)))))))) ( -57.50)
>DroEre_CAF1 39016 120 - 1
UAGCCGGAGCUGAGUUGGCCACGGUUGACGGCGUCGUUGAGCAGCUGCUGGGCGGCGGAGAUCAUGUUUGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGAAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUG
((((((..(((.....)))..)))))).((((((((.....(((((.(((((((((((((.(((....))))))).(((...))).......)))))))))..)))))....)))))))) ( -59.00)
>DroYak_CAF1 40144 120 - 1
UAGCCGGAGCUGAGCUGGCCACGGUUGACGGCGUCGUUGAGCAGCUGCUGUGCGGCGGAGAUCAUGUUCGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGUAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUG
((((((..(((.....)))..)))))).((((((((.....(((((.(((.(((((((((.((......)))))).(((...))).......))))).)))..)))))....)))))))) ( -50.40)
>consensus
UAGCCGGAGCUGAGCUGGCCACGGUUGACGGCGUCGUUGAGCAGCUGCUGGGCGGCGGAGAUCAUGUUCGGCUCCAGGGUGUCCCAGUUGUAGUUGCCCAGGAAGCUGAUGCCGAUGCUG
((((((..(((.....)))..)))))).((((((((.....(((((.(((((((((((((.((......)))))).(((...))).......)))))))))..)))))....)))))))) (-53.38 = -53.82 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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