Locus 1021

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,223,269 – 4,223,429
Length 160
Max. P 0.984191
window1811 window1812 window1813

overview

Window 1

Location 4,223,269 – 4,223,389
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.42
Mean single sequence MFE -39.58
Consensus MFE -33.44
Energy contribution -34.08
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 1.97
SVM RNA-class probability 0.984191
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4223269 120 + 20766785
ACUAGUGCGAAGAUCACGAAUGGAGUUAGUACGAUCUGUAAACAGUUGAGCAUCUUGCUCCAACCGUGCUUGACCAGCUGGUAGUCCACCAAUGGAACCACCAAAUGGAGCAUUAGCGUG
.(((((((.(((..((((..((((((..((.(((.(((....)))))).)).....))))))..)))))))..(((..((((..((((....))))...))))..))).))))))).... ( -39.40)
>DroSec_CAF1 35122 120 + 1
ACUAGUGCGAAGAUCACGAAUGGAGUCAGGACGAUCUGUAAGCAGUUGAGCAUCUUGCUCCAACCGUGCUUGACCAGCUGGUAGUCCACCAAUGGAACCACCAAAUGGAGCAUCAGAGUG
.((.((((.(((..((((..(((((.((((((((.(((....))))))....))))))))))..)))))))..(((..((((..((((....))))...))))..))).)))).)).... ( -39.30)
>DroSim_CAF1 62832 120 + 1
ACUAGUGCGAAGAUCACGAAUGGAGUCAGGACGAUCUGCAAGCAGUUGAGCAUCUUGCUCCAACCGUGCUUGACCAGCUGGUAGUCCACCAAUGGAACCACCAAAUGGAGCAUUAGAGUG
.(((((((.(((..((((..(((((.((((((((.(((....))))))....))))))))))..)))))))..(((..((((..((((....))))...))))..))).))))))).... ( -43.10)
>DroEre_CAF1 36653 120 + 1
ACUAGAGCGACGAUCACGAAAGGAGUCAGUACAAUUUGUAGGCAGUUGAGCAUCUUGCUCCAGCCGUGCUUGACCUUCUGGUAGUCCACCAAUGGAACCACCAACUGGAGCAUUAGGUUG
....((((((.(((..(....)..))).((.(((((.(....)))))).))...))))))((((((((((...((...((((..((((....))))...))))...)))))))..))))) ( -35.40)
>DroYak_CAF1 37770 120 + 1
AUUAGUGCGACGAUCACGAAAGGAGUCAGUACGAUUUGUAAGCAGUUGAGCAUCUUGCUCCAGCCGUGCUUGACCAUCUGGUAAUCCACCAAUGGAAGCACCAACUGGAGCAUAAGGUUG
....((((...(((..(....)..))).)))).........((......))((((((((((((..((((((..((((.((((.....))))))))))))))...))))))))..)))).. ( -40.70)
>consensus
ACUAGUGCGAAGAUCACGAAUGGAGUCAGUACGAUCUGUAAGCAGUUGAGCAUCUUGCUCCAACCGUGCUUGACCAGCUGGUAGUCCACCAAUGGAACCACCAAAUGGAGCAUUAGAGUG
.(((((((...((.((((..((((((.((..(((.(((....)))))).....)).))))))..)))).))..(((..((((..((((....))))...))))..))).))))))).... (-33.44 = -34.08 +   0.64)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 4,223,269 – 4,223,389
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.42
Mean single sequence MFE -39.38
Consensus MFE -32.14
Energy contribution -33.50
Covariance contribution 1.36
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.58
SVM RNA-class probability 0.965223
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4223269 120 - 20766785
CACGCUAAUGCUCCAUUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGCUGGUCAAGCACGGUUGGAGCAAGAUGCUCAACUGUUUACAGAUCGUACUAACUCCAUUCGUGAUCUUCGCACUAGU
...((((.(((.(((.((((((((.(((....))))))))))).))).....((((..(((((..((.(((....(((....)))...)))))..)))))..))))......))).)))) ( -41.00)
>DroSec_CAF1 35122 120 - 1
CACUCUGAUGCUCCAUUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGCUGGUCAAGCACGGUUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCUUACAGAUCGUCCUGACUCCAUUCGUGAUCUUCGCACUAGU
....(((.(((.(((.((((((((.(((....))))))))))).))).....((((..(((((((.((((.((...........)).)))).)).)))))..))))......))).))). ( -41.20)
>DroSim_CAF1 62832 120 - 1
CACUCUAAUGCUCCAUUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGCUGGUCAAGCACGGUUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCUUGCAGAUCGUCCUGACUCCAUUCGUGAUCUUCGCACUAGU
....(((.(((.(((.((((((((.(((....))))))))))).))).....((((..(((((((.((((.....(((....)))..)))).)).)))))..))))......))).))). ( -42.60)
>DroEre_CAF1 36653 120 - 1
CAACCUAAUGCUCCAGUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGAAGGUCAAGCACGGCUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCCUACAAAUUGUACUGACUCCUUUCGUGAUCGUCGCUCUAGU
........((((((..((((((((.(((....)))))))))))..))...))))..((((((((..((((.(((......(((.....)))..((......)).))).)))))))))))) ( -35.10)
>DroYak_CAF1 37770 120 - 1
CAACCUUAUGCUCCAGUUGGUGCUUCCAUUGGUGGAUUACCAGAUGGUCAAGCACGGCUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCUUACAAAUCGUACUGACUCCUUUCGUGAUCGUCGCACUAAU
........(((((((((((.((((((((((((((...))))).))))..)))))))))))))))).((((.(((......(((.....)))..((......)).))).))))........ ( -37.00)
>consensus
CACCCUAAUGCUCCAUUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGCUGGUCAAGCACGGUUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCUUACAGAUCGUACUGACUCCAUUCGUGAUCUUCGCACUAGU
....(((.(((.(((.((((((((.(((....))))))))))).))).....(((((.(((((..((..((......)).(((.....)))))..))))).)))))......))).))). (-32.14 = -33.50 +   1.36)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 4,223,309 – 4,223,429
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.67
Mean single sequence MFE -39.54
Consensus MFE -32.32
Energy contribution -33.36
Covariance contribution 1.04
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.33
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.533560
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4223309 120 - 20766785
GUACCUGUGCACGCAUUUUGCAAAUCCUCAAGGCCCCGGUCACGCUAAUGCUCCAUUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGCUGGUCAAGCACGGUUGGAGCAAGAUGCUCAACUGUU
(((....)))..(((((((((................((((.((((((((..((((...))))...)))))))))))).(((((((........))))))).)))))))))......... ( -42.00)
>DroSec_CAF1 35162 120 - 1
GUACCUGUGCACGCGUUUUGCAAAUCCUCAAGGCCCCGGUCACUCUGAUGCUCCAUUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGCUGGUCAAGCACGGUUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCU
(((....)))..(((((((((...(((....(((....)))...(((.(((((((.((((((((.(((....))))))))))).)))...)))))))..))))))))))))......... ( -41.60)
>DroSim_CAF1 62872 120 - 1
GUACCUGUGCACGCGUUUUGCAAAUCCUCAAGGCCCCGGUCACUCUAAUGCUCCAUUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGCUGGUCAAGCACGGUUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCU
(((....)))..(((((((((..........(((....)))..((((((((((((.((((((((.(((....))))))))))).)))...))))...))))))))))))))......... ( -40.30)
>DroEre_CAF1 36693 120 - 1
GUACAUGCACCCGAAUCCUACACAUCCUCAAGGCCCCGGUCAACCUAAUGCUCCAGUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGAAGGUCAAGCACGGCUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCC
......(((......................((((..((....))...((((((..((((((((.(((....)))))))))))..))...)))).)))).((((.....))))...))). ( -33.70)
>DroYak_CAF1 37810 120 - 1
GUACAUGUGCACGCAUUUUACAUAUCCUCAAAGCCCCGGUCAACCUUAUGCUCCAGUUGGUGCUUCCAUUGGUGGAUUACCAGAUGGUCAAGCACGGCUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCU
(((....)))..(((((((..................((....))....((((((((((.((((((((((((((...))))).))))..))))))))))))))))))))))......... ( -40.10)
>consensus
GUACCUGUGCACGCAUUUUGCAAAUCCUCAAGGCCCCGGUCACCCUAAUGCUCCAUUUGGUGGUUCCAUUGGUGGACUACCAGCUGGUCAAGCACGGUUGGAGCAAGAUGCUCAACUGCU
(((....)))..(((((((((...(((....(((....))).......(((((((.((((((((.(((....))))))))))).)))...)))).....))))))))))))......... (-32.32 = -33.36 +   1.04)

alignment

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