Locus 1020

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,222,994 – 4,223,114
Length 120
Max. P 0.591486
window1810

overview

Window 0

Location 4,222,994 – 4,223,114
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.16
Mean single sequence MFE -36.78
Consensus MFE -29.58
Energy contribution -31.30
Covariance contribution 1.72
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.591486
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4222994 120 - 20766785
CCCCUAGCUAUGCUGGUGCACAAAUACGCGGAAUGGUAUUACGUUCCUCAAUUCCGGAUGGCAAUAUGGUCACUACUGGUAACGAUGCCCCUGGCAAUAGUUGUAUUCUUGCACUCUCGC
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>DroSec_CAF1 34795 120 - 1
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>DroSim_CAF1 62518 120 - 1
CCCCUAGCUAUGCUGGUGCACAAAUACGCUGAAUGGUAUUACGUUCCUCAGUUCCGGAUGGCUAUAUGGUCACUACUGGUAACGAUGCCCCUGGCAAUAGUUGUAUUCGUGCACUCGCGC
...........((.(((((((.(((((((((((((......)))))....(((((((.(((((....)))))...)))).)))..((((...))))..)).)))))).))))))).)).. ( -37.80)
>DroEre_CAF1 36246 119 - 1
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>DroYak_CAF1 37454 119 - 1
U-CCUAGCUGCGAUGGCGCACAAAUACGCGGAAUGGUAUUACAUUCCACAGUUCCGAAAGGCAAUAUGGUCAUUACUGGUAACGAUACCCCUGGCAAUUGUAGUAUUCGUGCACUCUCGC
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>consensus
CCCCUAGCUAUGCUGGUGCACAAAUACGCGGAAUGGUAUUACGUUCCUCAGUUCCGGAUGGCAAUAUGGUCACUACUGGUAACGAUGCCCCUGGCAAUAGUUGUAUUCGUGCACUCUCGC
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