Locus 1018

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	4,220,586 – 4,220,706
Length	120
Max. P	0.784305

overview

Window 5

Location	4,220,586 – 4,220,706
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.17
Mean single sequence MFE	-35.16
Consensus MFE	-30.58
Energy contribution	-29.82
Covariance contribution	-0.76
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.36
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.51
SVM RNA-class probability	0.762819
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4220586 120 + 20766785
GCAGAAUGAUGGCCAGAGUAUUACCCACAGUUAUGGUAAAGAUGGGUGCAUCGGCCCUCACGGGCAUCAGAUUAGCUAUUAUUUCUGGACUGCAGUUACCAAAAGCCAGAAAGGUAACUC
((((........((((((..(((((.........))))).(((((.((.(((.((((....))))....))))).)))))..)))))).))))(((((((............))))))). ( -34.30)
>DroSec_CAF1 32126 120 + 1
GCAGAAUGAUGGCCAGAGUAUUACCCACAGUUAUGGUAAAGAUGGGUGCAUCGGCCCUCACGGGCAUCAGAUUAGCUAUUAUUUCUGGACUGCAGUUACCAAAAGCCAGAAAGGUAACUC
((((........((((((..(((((.........))))).(((((.((.(((.((((....))))....))))).)))))..)))))).))))(((((((............))))))). ( -34.30)
>DroSim_CAF1 59438 120 + 1
GCAGAAUGAUGGCCAGAGUAUUACCCACAGUUAUGGUAAAGAUGGGUGCAUCGGCCCUCACGGGCAUCAGAUUAGCUAUUAUUUCUGGACUGCAGUUACCAAAUGCCAGAAAGGUAACUC
((((........((((((..(((((.........))))).(((((.((.(((.((((....))))....))))).)))))..)))))).))))(((((((............))))))). ( -34.30)
>DroEre_CAF1 33637 120 + 1
GCAGAAUAAUGGCCAAAAUAUUACCGACAGCUAUGGUAAAGAUGGGUGCAUCGGCCCUCACGGGCAUCAGAUUGGCUAUUAUUUCUGGACUACAGUUGCCAAAUGCCAGAAAGGUAACGC
.(((((((((((((((....((((((.......)))))).((((....)))).((((....))))......)))))))))).))))).......((((((............)))))).. ( -39.00)
>DroYak_CAF1 34838 120 + 1
GAAGCAUUAUGGCCAGAGUAUUGCCCACAGCUAUGGUAAAGAUGGGUGCAUCGGCCCUCACGGGCAUCAGAUUGGCUAUUAUUUCUGGACUACAGUUACCAAAUGCCAGGAAGGUAACAC
((((....((((((((.....(((((.((....)).....((.((((......))))))..))))).....))))))))..)))).........((((((............)))))).. ( -33.90)
>consensus
GCAGAAUGAUGGCCAGAGUAUUACCCACAGUUAUGGUAAAGAUGGGUGCAUCGGCCCUCACGGGCAUCAGAUUAGCUAUUAUUUCUGGACUGCAGUUACCAAAUGCCAGAAAGGUAACUC
.........(((((((((..(((((.........))))).(((((.((.(((.((((....))))....))))).)))))..)))))).)))..((((((............)))))).. (-30.58 = -29.82 +  -0.76)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	4,220,586 – 4,220,706
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.17
Mean single sequence MFE	-34.32
Consensus MFE	-28.94
Energy contribution	-29.14
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.57
SVM RNA-class probability	0.784305
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4220586 120 - 20766785
GAGUUACCUUUCUGGCUUUUGGUAACUGCAGUCCAGAAAUAAUAGCUAAUCUGAUGCCCGUGAGGGCCGAUGCACCCAUCUUUACCAUAACUGUGGGUAAUACUCUGGCCAUCAUUCUGC
.(((((((............)))))))((((.(((((.......((..(((....((((....)))).)))))((((((..(((...)))..)))))).....)))))........)))) ( -34.90)
>DroSec_CAF1 32126 120 - 1
GAGUUACCUUUCUGGCUUUUGGUAACUGCAGUCCAGAAAUAAUAGCUAAUCUGAUGCCCGUGAGGGCCGAUGCACCCAUCUUUACCAUAACUGUGGGUAAUACUCUGGCCAUCAUUCUGC
.(((((((............)))))))((((.(((((.......((..(((....((((....)))).)))))((((((..(((...)))..)))))).....)))))........)))) ( -34.90)
>DroSim_CAF1 59438 120 - 1
GAGUUACCUUUCUGGCAUUUGGUAACUGCAGUCCAGAAAUAAUAGCUAAUCUGAUGCCCGUGAGGGCCGAUGCACCCAUCUUUACCAUAACUGUGGGUAAUACUCUGGCCAUCAUUCUGC
.(((((((............)))))))((((.(((((.......((..(((....((((....)))).)))))((((((..(((...)))..)))))).....)))))........)))) ( -34.90)
>DroEre_CAF1 33637 120 - 1
GCGUUACCUUUCUGGCAUUUGGCAACUGUAGUCCAGAAAUAAUAGCCAAUCUGAUGCCCGUGAGGGCCGAUGCACCCAUCUUUACCAUAGCUGUCGGUAAUAUUUUGGCCAUUAUUCUGC
((........(((((.(((.(....)...))))))))((((((.(((((.(((((((((....)))).((((....))))............))))).......))))).))))))..)) ( -33.70)
>DroYak_CAF1 34838 120 - 1
GUGUUACCUUCCUGGCAUUUGGUAACUGUAGUCCAGAAAUAAUAGCCAAUCUGAUGCCCGUGAGGGCCGAUGCACCCAUCUUUACCAUAGCUGUGGGCAAUACUCUGGCCAUAAUGCUUC
.............((((((((((....((((((((....).(((((.........((((....)))).((((....)))).........)))))))))..)))....)))).)))))).. ( -33.20)
>consensus
GAGUUACCUUUCUGGCAUUUGGUAACUGCAGUCCAGAAAUAAUAGCUAAUCUGAUGCCCGUGAGGGCCGAUGCACCCAUCUUUACCAUAACUGUGGGUAAUACUCUGGCCAUCAUUCUGC
..((((((............))))))....(.(((((.......((..(((....((((....)))).)))))((((((..(((...)))..)))))).....))))).).......... (-28.94 = -29.14 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:54:19 2006