Locus 896

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	2,556,142 – 2,556,267
Length	125
Max. P	0.985233

overview

Window 6

Location	2,556,142 – 2,556,250
Length	108
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.43
Mean single sequence MFE	-40.35
Consensus MFE	-25.74
Energy contribution	-27.78
Covariance contribution	2.05
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-4.03
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.87
SVM RNA-class probability	0.980591
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2556142 108 + 22407834
GUGGCAGCUCCUCGGCUAUCGCCUUUGUGCCCUUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGCGGCGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUUCC
(((((.((.(...(((....)))...).)).....((((.......))))..)))))((.((((..((((((((((((--(....))))))))))))).)))--)))..... ( -42.30)
>DroSec_CAF1 135569 108 + 1
GUGGCAGCUCCUAGGCUCUCGCCUUUGUGCCCUUAUGCUAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGGGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUGCC
(((((.((.(..((((....))))..).)).....((((.......))))..)))))((((((((((.((((((((((--(....))))))))))).).)))--))..)))) ( -44.80)
>DroSim_CAF1 139596 108 + 1
GUGACAGCUCCUCGGCUCUCGCCUUUGUGCCCUUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUGCC
(((((.((.(...(((....)))...).)).....((((.......))))..)))))(((((((((((((((((((((--(....))))))))))))).)))--))..)))) ( -48.80)
>DroEre_CAF1 139785 100 + 1
GUGGCAGCUC--------UCGCCUUUGUGCCCUUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGACAAAGAGGCGUAUACGUAA--UGCGCAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUUCC
(((((.((.(--------........).)).....((((.......))))..))))).....((((((((((((((((--(....))))))))))))).)))--)....... ( -36.80)
>DroYak_CAF1 139530 112 + 1
GUGGCAGCUCCUCGGCACCCGCCUUUGUGCCCGUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAAUAUGCGCAUUACGUAUACGCACUCUCUCCUUUCC
(((((........(((((........)))))....((((.......))))..)))))((.(((((((((((((((((((......))))))))))))).))))))))..... ( -50.30)
>DroAna_CAF1 194327 88 + 1
GUGGCAUCUCUUGCGCUU---CCAUUCUGACGU--AGCCAUUAUCAGGCAAAGCCAGAGCAGACUUGCGAAUACGUA-------------GUACACGUACUC--CCC----A
...(((..(((.(((...---.)..((((.(..--.(((.......)))...).)))))))))..)))((.(((((.-------------....))))).))--...----. ( -19.10)
>consensus
GUGGCAGCUCCUCGGCUCUCGCCUUUGUGCCCUUAUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAA__UGCGUAUUACGUAUACGCACUC__UCCUUUCC
(((((.((.....(((....))).....)).....((((.......))))..)))))((..(((..((((((((((((........)))))))))))).)))...))..... (-25.74 = -27.78 +   2.05)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	2,556,142 – 2,556,250
Length	108
Sequences	6
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.43
Mean single sequence MFE	-44.37
Consensus MFE	-25.96
Energy contribution	-27.37
Covariance contribution	1.41
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-4.22
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	2.00
SVM RNA-class probability	0.985233
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2556142 108 - 22407834
GGAAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACGCCGCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUAAGGGCACAAAGGCGAUAGCCGAGGAGCUGCCAC
((...(((--(((((((((((((((((....)--))))))))))).)))))).(((((.(((((((.......)))).)))..)))...(((....)))..))..)).)).. ( -44.40)
>DroSec_CAF1 135569 108 - 1
GGCAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACCCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUAGCAUAAGGGCACAAAGGCGAGAGCCUAGGAGCUGCCAC
((((.(((--(((.(.(((((((((((....)--)))))))))).))))))).(((((.((((((.........))).)))..)))..((((....)))).))...)))).. ( -43.50)
>DroSim_CAF1 139596 108 - 1
GGCAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUAAGGGCACAAAGGCGAGAGCCGAGGAGCUGUCAC
((((..((--(((.(((((((((((((....)--)))))))))))))))))))))(((((..((((.......))))....(((.(...(((....)))...).)))))))) ( -54.40)
>DroEre_CAF1 139785 100 - 1
GGAAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUGCGCA--UUACGUAUACGCCUCUUUGUCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUAAGGGCACAAAGGCGA--------GAGCUGCCAC
((...(((--(((.(((((((((((((....)--))))))))))))))))))...(((.(((((((.......)))).)))..)))...(((..--------..))).)).. ( -42.60)
>DroYak_CAF1 139530 112 - 1
GGAAAGGAGAGAGUGCGUAUACGUAAUGCGCAUAUUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUACGGGCACAAAGGCGGGUGCCGAGGAGCUGCCAC
((...((((((((.((((((((((((((....)))))))))))))))))))).))((..(((((((.......))))....(((((........))))))))..))..)).. ( -50.70)
>DroAna_CAF1 194327 88 - 1
U----GGG--GAGUACGUGUAC-------------UACGUAUUCGCAAGUCUGCUCUGGCUUUGCCUGAUAAUGGCU--ACGUCAGAAUGG---AAGCGCAAGAGAUGCCAC
(----((.--(((((((((...-------------)))))))))((...(((..((((((...(((.......))).--..))))))..))---)...))........))). ( -30.60)
>consensus
GGAAAGGA__GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA__UUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAUAAGGGCACAAAGGCGAGAGCCGAGGAGCUGCCAC
.....((...(((.((((((((((((........))))))))))))..)))..))(((.(((((((.......))))..))).)))...((((....(....)...)))).. (-25.96 = -27.37 +   1.41)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	2,556,176 – 2,556,267
Length	91
Sequences	6
Columns	95
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.17
Mean single sequence MFE	-30.22
Consensus MFE	-17.76
Energy contribution	-18.75
Covariance contribution	0.99
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-4.29
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	1.58
SVM RNA-class probability	0.965487
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2556176 91 + 22407834
AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGCGGCGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUUCCAAUUCCCCAGCUCACCU
.((((.......)))).......((.((((..((((((((((((--(....))))))))))))).)))--)))...................... ( -29.80)
>DroSec_CAF1 135603 91 + 1
AUGCUAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGGGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUGCCAAUUCCCCAGCUCACCU
.((((.......)))).......((((((((((.((((((((((--(....))))))))))).).)))--))..))))................. ( -31.10)
>DroSim_CAF1 139630 91 + 1
AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAA--UGCGUAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUGCCAAUUCCCCAGCUCACCU
.((((.......)))).......(((((((((((((((((((((--(....))))))))))))).)))--))..))))................. ( -37.40)
>DroEre_CAF1 139811 91 + 1
AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGACAAAGAGGCGUAUACGUAA--UGCGCAUUACGUAUACGCACUC--UCCUUUCCAAUUCCCCGGCUCACCU
..(((.......(((...))).......((((((((((((((((--(....))))))))))))).)))--)...............)))...... ( -28.90)
>DroYak_CAF1 139564 95 + 1
AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAAUAUGCGCAUUACGUAUACGCACUCUCUCCUUUCCAAUUCCCCGGCUCACCU
..(((.......(((...)))..((.(((((((((((((((((((......))))))))))))).)))))))).............)))...... ( -36.20)
>DroAna_CAF1 194357 71 + 1
-AGCCAUUAUCAGGCAAAGCCAGAGCAGACUUGCGAAUACGUA-------------GUACACGUACUC--CCC----AGAGUCCUUCGCUC----
-.(((.......))).......((((.(((((..((.(((((.-------------....))))).))--...----.)))))....))))---- ( -17.90)
>consensus
AUGCCAUUAUCAGGCAAAGUCACGGCAGAGAGGCGUAUACGUAA__UGCGUAUUACGUAUACGCACUC__UCCUUUCCAAUUCCCCAGCUCACCU
.((((.......))))..((....)).(((..((((((((((((........)))))))))))).)))........................... (-17.76 = -18.75 +   0.99)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	2,556,176 – 2,556,267
Length	91
Sequences	6
Columns	95
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.17
Mean single sequence MFE	-33.90
Consensus MFE	-21.75
Energy contribution	-22.02
Covariance contribution	0.27
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-3.36
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	1.13
SVM RNA-class probability	0.920498
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2556176 91 - 22407834
AGGUGAGCUGGGGAAUUGGAAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACGCCGCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU
((((.(.(..(....)..)...(((--(((((((((((((((((....)--))))))))))).)))))).)).).))))((((.......)))). ( -33.10)
>DroSec_CAF1 135603 91 - 1
AGGUGAGCUGGGGAAUUGGCAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACCCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUAGCAU
(((..(....((..((.((((..((--(((.(.(((((((((((....)--)))))))))).))))))))))))..)))..)))........... ( -31.10)
>DroSim_CAF1 139630 91 - 1
AGGUGAGCUGGGGAAUUGGCAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA--UUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU
.(((..((..(....)..))..(((--(((.(((((((((((((....)--))))))))))))))))))))).......((((.......)))). ( -40.40)
>DroEre_CAF1 139811 91 - 1
AGGUGAGCCGGGGAAUUGGAAAGGA--GAGUGCGUAUACGUAAUGCGCA--UUACGUAUACGCCUCUUUGUCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU
.((....))(((..((.((...(((--(((.(((((((((((((....)--)))))))))))))))))).))))..)))((((.......)))). ( -34.30)
>DroYak_CAF1 139564 95 - 1
AGGUGAGCCGGGGAAUUGGAAAGGAGAGAGUGCGUAUACGUAAUGCGCAUAUUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU
......(((((((....(....((((((((.((((((((((((((....)))))))))))))))))))).))....)....))).....)))).. ( -39.60)
>DroAna_CAF1 194357 71 - 1
----GAGCGAAGGACUCU----GGG--GAGUACGUGUAC-------------UACGUAUUCGCAAGUCUGCUCUGGCUUUGCCUGAUAAUGGCU-
----((((...(((((..----.(.--(((((((((...-------------))))))))).).))))))))).......(((.......))).- ( -24.90)
>consensus
AGGUGAGCUGGGGAAUUGGAAAGGA__GAGUGCGUAUACGUAAUACGCA__UUACGUAUACGCCUCUCUGCCGUGACUUUGCCUGAUAAUGGCAU
......(((((((.........((...(((.((((((((((((........))))))))))))..)))..)).........))).....)))).. (-21.75 = -22.02 +   0.27)

alignment

secondary structure

dotplot

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