Locus 863

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 2,457,992 – 2,458,112
Length 120
Max. P 0.534539
window1402

overview

Window 2

Location 2,457,992 – 2,458,112
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.44
Mean single sequence MFE -58.43
Consensus MFE -42.34
Energy contribution -42.48
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.94
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.534539
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2457992 120 - 22407834
AGCGGCUGCUUGUGCUGCCACCGCUCGUGCGCCUCGUCCGCGCUGCGGCGCAGGCGUACAUGGUGGUGUGGGGCCGGCUUCAGGGAGCGGACCGUCCGCACCUCCACCAGCAGUCCGUAG
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>DroVir_CAF1 53767 120 - 1
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>DroGri_CAF1 53671 120 - 1
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>DroWil_CAF1 53834 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 57064 120 - 1
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>DroAna_CAF1 45876 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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