Locus 849

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	2,415,452 – 2,415,572
Length	120
Max. P	0.922590

overview

Window 6

Location	2,415,452 – 2,415,572
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.56
Mean single sequence MFE	-29.44
Consensus MFE	-20.00
Energy contribution	-20.32
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.51
SVM RNA-class probability	0.762287
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2415452 120 + 22407834
AUAUUUGUAGCUUAUAAAUAGAAUACAUAUUAUACGAUUAUCCUAUGUGCUUAUGUACAAGACAAGCCUUGGGGGAAAUCCACAGGCAGGUGCCACGUUAUAUACUUUAUCUUGCUGCAG
.....((((((......(((((....((((...(((.....(((.(((((....)))))......((((((((.....)))).))))))).....))).))))..)))))...)))))). ( -27.30)
>DroSec_CAF1 4299 117 + 1
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>DroSim_CAF1 3973 120 + 1
AUAUUUGUAGCGUACAAAUAGAAUACAUAUAAUGCGAUUAUCUUAUGUACUUAUGUACAUGACAAGCCUUCGGGGAAGUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAGCUUGCUGCAG
.....(((((((((.........)))((((((((.((((.((((((((((....))))))))....((....))))))))....(((....))).))))))))..........)))))). ( -31.30)
>DroEre_CAF1 4134 118 + 1
AUAUUCGCAGCGUACAAAACUAAUACAUAUAACGCGUCUAUCUUAUGUAUU--UGCACAUGUCAUUCCCUGGCUGAAUUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAUCUUGCUGCAA
......((((((((.........)))(((((((((((((....(((((...--...)))))......((((...........)))).))))))...)))))))..........))))).. ( -26.70)
>DroYak_CAF1 4750 118 + 1
AUAUUUGCAGCAUAUAAAUCGAAUACAUAUAACGGGGUUGUCUUAUGUACU--CGAACAUGUUAGGCCGUAGCUGAAUUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAUCUUGCUGCAA
....((((((((.(((((..(....)((((((((.((((....(((((...--...)))))...))))................(((....))).))))))))..)))))..)))))))) ( -30.30)
>consensus
AUAUUUGUAGCGUACAAAUAGAAUACAUAUAAUGCGAUUAUCUUAUGUACUUAUGUACAUGACAAGCCUUCGGGGAAGUCCACAGGCAGAUGCCACGUUAUAUACUUUAUCUUGCUGCAG
....((((((((..............((((((((.........(((((((....))))))).......................(((....))).)))))))).........)))))))) (-20.00 = -20.32 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	2,415,452 – 2,415,572
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.56
Mean single sequence MFE	-31.92
Consensus MFE	-19.60
Energy contribution	-20.76
Covariance contribution	1.16
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.70
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	1.15
SVM RNA-class probability	0.922590
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2415452 120 - 22407834
CUGCAGCAAGAUAAAGUAUAUAACGUGGCACCUGCCUGUGGAUUUCCCCCAAGGCUUGUCUUGUACAUAAGCACAUAGGAUAAUCGUAUAAUAUGUAUUCUAUUUAUAAGCUACAAAUAU
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>DroSec_CAF1 4299 117 - 1
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>DroSim_CAF1 3973 120 - 1
CUGCAGCAAGCUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGACUUCCCCGAAGGCUUGUCAUGUACAUAAGUACAUAAGAUAAUCGCAUUAUAUGUAUUCUAUUUGUACGCUACAAAUAU
.((.(((.................((((((...((((.(((......))).)))).))))))(((((..((((((((.(((......))).)))))))).....)))))))).))..... ( -31.00)
>DroEre_CAF1 4134 118 - 1
UUGCAGCAAGAUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGAAUUCAGCCAGGGAAUGACAUGUGCA--AAUACAUAAGAUAGACGCGUUAUAUGUAUUAGUUUUGUACGCUGCGAAUAU
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>DroYak_CAF1 4750 118 - 1
UUGCAGCAAGAUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGAAUUCAGCUACGGCCUAACAUGUUCG--AGUACAUAAGACAACCCCGUUAUAUGUAUUCGAUUUAUAUGCUGCAAAUAU
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>consensus
CUGCAGCAAGAUAAAGUAUAUAACGUGGCAUCUGCCUGUGGAAUUCCCCCAAGGCUUGUCAUGUACAUAAGUACAUAAGAUAAUCGCAUUAUAUGUAUUCUAUUUGUACGCUACAAAUAU
.((.(((...............((((((((...((((..((....))....)))).)))))))).....((((((((.(((......))).))))))))..........))).))..... (-19.60 = -20.76 +   1.16)

alignment

secondary structure

dotplot

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