| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,340,832 – 2,340,938 |
| Length | 106 |
| Max. P | 0.837587 |
| Location | 2,340,832 – 2,340,938 |
|---|---|
| Length | 106 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 109 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.64 |
| Mean single sequence MFE | -43.20 |
| Consensus MFE | -19.48 |
| Energy contribution | -19.85 |
| Covariance contribution | 0.37 |
| Combinations/Pair | 1.45 |
| Mean z-score | -2.25 |
| Structure conservation index | 0.45 |
| SVM decision value | 0.74 |
| SVM RNA-class probability | 0.837587 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 2340832 106 - 22407834 GACC---GAUGGCUUCGUUUGGGAAGCCGUGGGUGGUCCAUCGGGAGUGGUGUAAACAUUUAUGGCCGACGUCGGUGGCGGUAAAGUUUGUGCGGAUUGUGUGGAUGGA .(((---.((((((((......)))))))).))).(((((.((.((.(.(..(((((.(((((.(((.((....))))).))))))))))..).).)).)))))))... ( -44.30) >DroVir_CAF1 84442 106 - 1 UACC---GGCGGCUUCGUCUGCGCGGGCAACUCCGGCUGACCGGGCGUACUGUAGGCAUGUACCGCUGGCGUGGGCGGUGGCAUAGUCUGUGCCGACUGUGUAGAGGGU .(((---..(..(.(((((..(((.(((...(((((....))))).((((((....)).)))).))).)))..))))).)((((((((......)))))))).)..))) ( -45.30) >DroSim_CAF1 47423 106 - 1 GACC---GAUGGCUUCGUUUGGGAGGCCGUGGGUGGUCCAUCGGGAGUGGUGUAAACAUUUAUGGCCGACGUCGGUGGCGGUAAAGUUUGUGCGGAUUGUGUGGAUGGA .(((---.((((((((......)))))))).))).(((((.((.((.(.(..(((((.(((((.(((.((....))))).))))))))))..).).)).)))))))... ( -44.00) >DroEre_CAF1 52468 106 - 1 GACC---GAUGGCUUCGUUUGGGAAGCCGUGGGCGGUCCUUCGGGAGUGGUGUAAACAUUUAUGGCCGACGUCGGUGGUGGCAAAGUUUGUGCGGACUGGGUGGAUGGA ..((---.((((((((......)))))))).))(.(((((((((...(.(..(((((..((((.((((....)))).))))....)))))..).).))))).)))).). ( -42.10) >DroYak_CAF1 49319 109 - 1 GACCACGGAUGGCUUCGUUUGGGAGGCCGUGGGCGGUCCAUCGGGAGUGGUGUAAACAUUUAUGCCAGACGUCGGUGGCGGUAAAGUUUGUGCGGAUUGUGUGGAUGGA ..((((..((((((((......))))))))..(((((((..(....)..(..(((((.(((((((((........)))).))))))))))..))))))))))))..... ( -40.00) >DroMoj_CAF1 70582 106 - 1 UACC---UGGGACUUGGUCGGCGCCGCUACCUCCGGUUGUCCGGGCGUACUGUAGACAUAUACGGGCGGUGUGGGUGGUGGCAUCGUCUGUGCCGACUGUGUGGAUGGC ..((---....((.((((((((((((((((((((((....)))).(((.(((((......))))))))....))))))))))((.....)))))))))).))....)). ( -43.50) >consensus GACC___GAUGGCUUCGUUUGGGAGGCCGUGGGCGGUCCAUCGGGAGUGGUGUAAACAUUUAUGGCCGACGUCGGUGGCGGCAAAGUUUGUGCGGACUGUGUGGAUGGA ........((((((((......))))))))...(.(((((((((...(.(..(((((.(((.(.((((.......)))).).))))))))..).).))).)))))).). (-19.48 = -19.85 + 0.37)
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