Locus 779

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 2,220,085 – 2,220,184
Length 99
Max. P 0.500000
window1274

overview

Window 4

Location 2,220,085 – 2,220,184
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.20
Mean single sequence MFE -42.95
Consensus MFE -32.22
Energy contribution -31.50
Covariance contribution -0.72
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.75
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2220085 99 - 22407834
GGGCUUGGUCUGCCAGCCGGGCACGUCGGGCGUGGUGGUCGGGGUCUCCCCAUUGCUCAUGUUCACCAUUGUGCCCAUGUGCAUUAGGCAGAGCGAGCA
..(((((.((((((......((((((.(((((..(((((.((((...))))...((....))..)))))..)))))))))))....)))))).))))). ( -53.70)
>DroPse_CAF1 1834 99 - 1
UGGCUUCGUUUGCCAGCCCUGCACCUCGGGCGUGGUGCUGAGCGUCUCGCCAUUGCUCAUGUUAAUCAUCGUUCCCAUGUGCAUCAGACAGAGCGAGCA
..(((.((((((((((((((((.(....)))).)).)))).))((((.(....(((.((((..(((....)))..)))).))).))))).)))))))). ( -34.40)
>DroEre_CAF1 962 99 - 1
GGGCUUGGUCUGCCAGCCGGGUACGUCGGGCGUGGUGCUCGGGGUCUCCCCAUUGUUCAUGUUCACCAUGGUGCCCAUGUGCAUCAGGCAGAGGGAGCA
..((((..((((((.(((.((....)).))).((((((..((((...))))......((((..(((....)))..)))).))))))))))))..)))). ( -45.40)
>DroYak_CAF1 932 99 - 1
GGGCUUGGUCUGCCAGCCGGGUACGUCAGGCGUGGUGCUCGGCGUCUCCCCAUUGCUCAUGUUCACCAUCGUGCCCAUGUGCAUCAGGCAGAGCGAGCA
..(((((.((((((.(((((((((..........)))))))))..........(((.((((..(((....)))..)))).)))...)))))).))))). ( -47.90)
>DroAna_CAF1 311 99 - 1
GGGUUUCGUCUGCCAGCCGGACACCUCUGGUGUGUUGUUCGGAGCUUCACCAUUGCUCAUGUUCACCAUGGUGCCCAUGUGCAUCAGGCAGAGGGAGCA
..(((((.((((((..(((((((.(.(....).).)))))))...........(((.((((..(((....)))..)))).)))...)))))).))))). ( -41.90)
>DroPer_CAF1 1808 99 - 1
UGGCUUCGUUUGCCAGCCCUGCACCUCGGGCGUGGUGCUGAGCGUCUCGCCAUUGCUCAUGUUAAUCAUCGUUCCCAUGUGCAUCAGACAGAGCGAGCA
..(((.((((((((((((((((.(....)))).)).)))).))((((.(....(((.((((..(((....)))..)))).))).))))).)))))))). ( -34.40)
>consensus
GGGCUUCGUCUGCCAGCCGGGCACCUCGGGCGUGGUGCUCGGCGUCUCCCCAUUGCUCAUGUUCACCAUCGUGCCCAUGUGCAUCAGGCAGAGCGAGCA
..((((..((((((..((((((((..........))))))))...........(((.((((..(((....)))..)))).)))...))))))..)))). (-32.22 = -31.50 +  -0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:45:23 2006