Locus 7650

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	21,275,650 – 21,275,792
Length	142
Max. P	0.588858

overview

Window 2

Location	21,275,650 – 21,275,752
Length	102
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.81
Mean single sequence MFE	-39.93
Consensus MFE	-19.18
Energy contribution	-18.80
Covariance contribution	-0.38
Combinations/Pair	1.53
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	0.11
SVM RNA-class probability	0.588858
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 21275650 102 + 22407834
UGAGCAGUUGAGCCAGGGUGCUGUUUAGCAUGGGAUCGCUGGUUGCCUGCUGCAUUUGCUGAGUGACCAGCAGGUUGCUGCAACUAUGUGC---------GCCUAAUGAAG
((((((((...((....)))))))))).((((((..((((((((((..((...((((((((......)))))))).)).))))))).))).---------.))).)))... ( -35.80)
>DroVir_CAF1 8618 111 + 1
UUAGCAGCUGGGCGAGCGUGCUGUUGAGCAUGGGAUCGCUGGUUGCCUGUUGCAUUUGUUGGGUGACAAGCAGGUUGCUGCUGCUGUUGCCGUGUCCAUUGUUGACGGGCG
.(((((((..(((((.((((((....))))))...)))))(((.(((((((.((((.....))))...))))))).))))))))))..(((.((((.......))))))). ( -46.90)
>DroPse_CAF1 1249 102 + 1
UCAGGAGCUGUGCCAGAGUGCUGUUGAGCAUGGGAUCGCUGGUGGCUUGUUGCAUUUGCUGUGUAACGAGCAGAUUGCUGCAACUGUGGGC---------GCUGGCAGGCG
......(((.((((((.((.(.(((((((((.((....)).)).(((((((((((.....))))))))))).....))).))))...).))---------.))))))))). ( -41.20)
>DroWil_CAF1 3839 93 + 1
UCAGUAACUGUGCCAGGGUGCUAUUGAGCAUCGGAUCGCUAGUGGCCUGUUGCAUUUGCUGCGUGACCAACAGGUUGCUCACACUGUUG------------------GAAG
.((((((.(((..((((.(((((.(((........))).))))).))))..))).)))))).....(((((((((.....)).))))))------------------)... ( -33.80)
>DroAna_CAF1 3042 102 + 1
UCAACAACUGGGCCAGAGUGCUGUUGAGCAUGGGAUCGCUGGUGGCUGGCUGCAUUGGCUCUGCCACCAGCAAGUUACUGCAACUGUGGGC---------GCUCAGGGACG
.......(((((((...(((((....)))))......(((((((((.((((.....))))..)))))))))......(..(....)..)).---------))))))..... ( -40.70)
>DroPer_CAF1 1946 102 + 1
UCAGGAGCUGUGCCAGAGUGCUGUUGAGCAUGGGAUCGCUGGUGGCUUGUUGCAUUUGCUGUGUAACGAGCAGAUUGCUGCAACUGUGGGC---------GCUGGCAGGCG
......(((.((((((.((.(.(((((((((.((....)).)).(((((((((((.....))))))))))).....))).))))...).))---------.))))))))). ( -41.20)
>consensus
UCAGCAGCUGUGCCAGAGUGCUGUUGAGCAUGGGAUCGCUGGUGGCCUGUUGCAUUUGCUGUGUGACCAGCAGGUUGCUGCAACUGUGGGC_________GCUGACAGACG
((((((((...........)))))))).(((((....((.(((((((((((....((((...))))..)))))))))))))..)))))....................... (-19.18 = -18.80 +  -0.38)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	21,275,690 – 21,275,792
Length	102
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.87
Mean single sequence MFE	-35.61
Consensus MFE	-24.95
Energy contribution	-24.95
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.581425
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 21275690 102 - 22407834
CAACACACUUCAGUGGUGUCUGCUGCUGGAGCGGGAAGUUCUUCAUUAGGCGCACAUAGUUGCAGCAACCUGCUGGUCACUCAGCAAAUGCAGCAGGCAACC
.....(((....))).((((((((((.(((((.....))))).......(((((......))).))....((((((....))))))...))))))))))... ( -34.50)
>DroPse_CAF1 1289 96 - 1
CAG------UCGGUGGUGGCUGCUGCCGGAGCAGGUAGCUCGCCUGCCAGCGCCCACAGUUGCAGCAAUCUGCUCGUUACACAGCAAAUGCAACAAGCCACC
...------..(((((((((.((((.....((((((.....)))))))))))))....((((((......((((.(.....)))))..))))))..)))))) ( -37.60)
>DroSim_CAF1 1788 102 - 1
CAACACACUUCAGUGGUGUCUGCUGCUGGAGCUGGAAGUUCUUCAUUAAGCGCACAUAGUUGCAGCAACCUGCUGGUCACUCAGCAAAUGCAGCAGGCAACC
.....(((....))).((((((((((.((.(((.(((....)))....)))(((......))).....))((((((....))))))...))))))))))... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 1570 102 - 1
CAACACACUUCUGUGGUGUCUGCAGCCGGAGCGGGAAGUUCUUCAUUAAGCGCACAUAGCUGCAGCAACCUGCUGGUCACCCAGCAAAUGCAGCAGGCAACC
...((((....)))).(((((((.((.(((((.....)))))......(((.......))))).(((...((((((....))))))..))).)))))))... ( -34.30)
>DroYak_CAF1 1796 102 - 1
CAACACACUUCCGUGGUGGCUGCUGCCGGAGCGGGAAGUUCUUCAUUAAGCGCACAUAGUUGCAGCAGCCUGCUGGUCUCUCAGCAAAUGCAGCAGGCAACC
......((((((((..((((....))))..)).))))))..........(((((......))).)).((((((((...............)))))))).... ( -34.46)
>DroPer_CAF1 1986 96 - 1
CAG------UCGGUGGUGGCUGCUGCCGGAGCAGGUAGCUCGCCUGCCAGCGCCCACAGUUGCAGCAAUCUGCUCGUUACACAGCAAAUGCAACAAGCCACC
...------..(((((((((.((((.....((((((.....)))))))))))))....((((((......((((.(.....)))))..))))))..)))))) ( -37.60)
>consensus
CAACACACUUCAGUGGUGGCUGCUGCCGGAGCGGGAAGUUCUUCAUUAAGCGCACAUAGUUGCAGCAACCUGCUGGUCACUCAGCAAAUGCAGCAGGCAACC
...............((((.((((...(((((.....)))))......)))).)))).((((((......((((((....))))))..))))))........ (-24.95 = -24.95 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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