Locus 76

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 264,956 – 265,056
Length 100
Max. P 0.578796
window116

overview

Window 6

Location 264,956 – 265,056
Length 100
Sequences 6
Columns 100
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.60
Mean single sequence MFE -38.38
Consensus MFE -29.34
Energy contribution -28.98
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.64
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.578796
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 264956 100 + 22407834
AUGUGCAGAGAGUACAUUGCUCGGUGUACUGCAGAUAAGUCGCUGGUCUCAGAUGACGUGGCUCGGCUGAGAUCAACGAUCCUUUAGCCAAACUCACCCU
.......(((((((((((....))))))))((.((...((((.(((((((((.(((......))).))))))))).))))...)).))....)))..... ( -31.80)
>DroPse_CAF1 84195 100 + 1
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>DroSim_CAF1 69935 100 + 1
AAGUGCAGAGGGUACACUGCUCGGUGUAUUGCAGAUAAGUCGCUGGUCUCAGAUGACGUGGCUCGGCUGAGAUCAGCGAUCCUUUAGCCAAGCUGACCCU
..(.((((((((((((((....))))))).........((((((((((((((.(((......))).))))))))))))))))))).)))........... ( -39.30)
>DroEre_CAF1 62877 100 + 1
AUGUGCAGAGCGUACACUGCUCAGUGUACUGCAGAUAAGUCGCUGGUCUCAGAUGACGCGGCUCGGCUGAGAUCAGCGAUCCUUUAGCCAAGCUGACCCU
((.((((....(((((((....))))))))))).))..((((((((((((((.(((......))).))))))))))))))...(((((...))))).... ( -40.40)
>DroYak_CAF1 60698 100 + 1
AAGUGCAGAGGGUACACUGCUCGGUGUACUGCAGAUACGUCGCUGGUCUCAGGUGACGCGGCUCGGCUGAGAUCAGCGAUCCUUUGGCCAAGCUGACCCU
.....(((((((((((((....))))))).........((((((((((((((.(((......))).)))))))))))))))))))).............. ( -43.90)
>DroPer_CAF1 84856 100 + 1
AGGUGCAGAGUGUGCACUGUUCCGUGUACUGCAGAUACGUGGCUGGACGCUGGGGUCGUAGCUCUCCAGAGAUCAGUGAGCCCUUGGCCACACUCACGCG
..(((..((((((((((((.(((((.(((..(......)..).)).)))((((((........)))))).)).))))).(((...)))))))))).))). ( -36.20)
>consensus
AAGUGCAGAGGGUACACUGCUCGGUGUACUGCAGAUAAGUCGCUGGUCUCAGAUGACGCGGCUCGGCUGAGAUCAGCGAUCCUUUAGCCAAACUCACCCU
...((((....(((((((....)))))))))))......(((((((((((((.((........)).)))))))))))))..................... (-29.34 = -28.98 +  -0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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