Locus 7543

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,925,380 – 20,925,499
Length 119
Max. P 0.923467
window12128

overview

Window 8

Location 20,925,380 – 20,925,499
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.57
Mean single sequence MFE -31.75
Consensus MFE -26.44
Energy contribution -26.92
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.15
SVM RNA-class probability 0.923467
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20925380 119 - 22407834
GGGGCUAUUCCUGAUCGGGCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGUUCCCAUUCCGCGCA-AGUGGCGU
((((((......(((.(((((.....)))))..(((((((((((((((((.............)))).)))))))))...))))))).......))))))....((((...-.))))... ( -34.54)
>DroSec_CAF1 10504 119 - 1
GGGGCUAUUUCUGAUCGGGCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGUUCCCAUUCUGCGCA-AGUGGCGU
((((((......(((.(((((.....)))))..(((((((((((((((((.............)))).)))))))))...))))))).......))))))....(..(...-.)..)... ( -31.74)
>DroSim_CAF1 9888 119 - 1
GGGGCUAUUUCUGAUCGGGCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGUUCCCAUUCCGCGCA-AGUGGCGU
((((((......(((.(((((.....)))))..(((((((((((((((((.............)))).)))))))))...))))))).......))))))....((((...-.))))... ( -34.54)
>DroEre_CAF1 9304 120 - 1
GGGGCCAUUUCUGAUCGGCCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCGUGCUAUCUAAUACGAGUUCCCCCGCCGCGCAAAGUGGCGU
((((....(((.....(((........)))...(((((((((((((((((.............)))).))))))))...))))).........)))..))))((((((.....)))))). ( -32.72)
>DroYak_CAF1 10427 120 - 1
GGGUUUAUUUGUGAUCGGUCUCUCAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGCUCCCAUUCCGCGCAAAGUGGCGU
((((((((....(((.((.((.....)).))..(((((((((((((((((.............)))).)))))))))...)))))))....)))))))).....((((.....))))... ( -25.22)
>consensus
GGGGCUAUUUCUGAUCGGGCUCUAAAAGCCCAAAGCAUAUCAUUUGUUGCUCAUUUAAAUACCGUAAUUAAGUGAUAUCAUGCUAUCUAAUAUGAGUUCCCAUUCCGCGCA_AGUGGCGU
((((((......(((.(((((.....)))))..(((((((((((((((((.............)))).))))))))...)))))))).......))))))......((((......)))) (-26.44 = -26.92 +   0.48)

alignment

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secondary structure

Postscript

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