Locus 7473

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	20,765,485 – 20,765,604
Length	119
Max. P	0.825406

overview

Window 5

Location	20,765,485 – 20,765,604
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.22
Mean single sequence MFE	-24.47
Consensus MFE	-22.12
Energy contribution	-22.90
Covariance contribution	0.78
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.36
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	0.70
SVM RNA-class probability	0.825406
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20765485 119 + 22407834
ACGUCAAAUCGAAUCAAAUGAUUUUAUGAUGUAAUUUGAGCUAAUAUUUACGAUAUAAGAGCAGCUAAAACAGCAGCAAAAUGCCAAAUAAAUGUUAUUGUUAUAUUGUCGCUCG-GUGG
((((((....(((((....)))))..))))))...((((((((((((..((((((........(((.....))).((.....))...........)))))).))))))..)))))-)... ( -22.40)
>DroVir_CAF1 24323 120 + 1
ACGUCAAAUCGAAUCAAAUGAUUUUAUGAUGUAAUUUGAGCUAAUAUUUACGAUAUAACAGCAUCUAAAACAGCAGCAAAAUGCCAAAUAAAUGUUAUUGUUAUAUUGUCGCUUGGGUGG
((((((....(((((....)))))..)))))).(((..(((........(((((((((((((((.((.....(((......)))....)).))))...))))))))))).)))..))).. ( -25.50)
>DroGri_CAF1 19792 120 + 1
ACGUCAAAUCGAAUCAAAUGAUUUUAUGAUGUAAUUUGAGCUAAUAUUUACGAUAUAACAGCAUCUAAAACAGCAGCAAAAUGCCAAAUAAAUGUUAUUGUUAUAUUGUCGCUUGGGUGG
((((((....(((((....)))))..)))))).(((..(((........(((((((((((((((.((.....(((......)))....)).))))...))))))))))).)))..))).. ( -25.50)
>DroEre_CAF1 16677 119 + 1
ACGUCAAAUCGAAUCAAAUGAUUUUAUGAUGUAAUUUGAGCUAAUAUUUACGAUAUAAGAGCAGCUAAAACAGCAGCAAAAUGCCAAAUAAAUGUUAUUGUUAUAUUGUCGCUCG-GUGG
((((((....(((((....)))))..))))))...((((((((((((..((((((........(((.....))).((.....))...........)))))).))))))..)))))-)... ( -22.40)
>DroWil_CAF1 25920 120 + 1
ACGUCAAAUCGAAUCAAAUGAUUUUAUGAUGUAAUUUGAGCUAAUAUUUACGAUAUAACAGCAUCUAAAACAGCAGCAAAAUGCCAAAUAAAUGUUAUUGUUAUAUUGUCGCUUGGGUGG
((((((....(((((....)))))..)))))).(((..(((........(((((((((((((((.((.....(((......)))....)).))))...))))))))))).)))..))).. ( -25.50)
>DroMoj_CAF1 20576 120 + 1
ACGUCAAAUCGAAUCAAAUGAUUUUAUGAUGUAAUUUGAGCUAAUAUUUACGAUAUAACAGCAUCUAAAACAGCAGCAAAAUGCCAAAUAAAUGUUAUUGUUAUAUUGUCGCUUGGGUGG
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>consensus
ACGUCAAAUCGAAUCAAAUGAUUUUAUGAUGUAAUUUGAGCUAAUAUUUACGAUAUAACAGCAUCUAAAACAGCAGCAAAAUGCCAAAUAAAUGUUAUUGUUAUAUUGUCGCUUGGGUGG
((((((....(((((....)))))..)))))).((((((((........(((((((((((((((.((.....(((......)))....)).))))...))))))))))).)))))))).. (-22.12 = -22.90 +   0.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	20,765,485 – 20,765,604
Length	119
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.22
Mean single sequence MFE	-20.23
Consensus MFE	-19.00
Energy contribution	-19.67
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-0.95
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.29
SVM RNA-class probability	0.668800
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20765485 119 - 22407834
CCAC-CGAGCGACAAUAUAACAAUAACAUUUAUUUGGCAUUUUGCUGCUGUUUUAGCUGCUCUUAUAUCGUAAAUAUUAGCUCAAAUUACAUCAUAAAAUCAUUUGAUUCGAUUUGACGU
....-.(((((........................(((.....)))((((...))))))))).................(((((((((..((((..........))))..))))))).)) ( -16.90)
>DroVir_CAF1 24323 120 - 1
CCACCCAAGCGACAAUAUAACAAUAACAUUUAUUUGGCAUUUUGCUGCUGUUUUAGAUGCUGUUAUAUCGUAAAUAUUAGCUCAAAUUACAUCAUAAAAUCAUUUGAUUCGAUUUGACGU
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>DroGri_CAF1 19792 120 - 1
CCACCCAAGCGACAAUAUAACAAUAACAUUUAUUUGGCAUUUUGCUGCUGUUUUAGAUGCUGUUAUAUCGUAAAUAUUAGCUCAAAUUACAUCAUAAAAUCAUUUGAUUCGAUUUGACGU
........(((((.((((((((....((((((..(((((......)))))...)))))).)))))))).))..........(((((((..((((..........))))..)))))))))) ( -21.90)
>DroEre_CAF1 16677 119 - 1
CCAC-CGAGCGACAAUAUAACAAUAACAUUUAUUUGGCAUUUUGCUGCUGUUUUAGCUGCUCUUAUAUCGUAAAUAUUAGCUCAAAUUACAUCAUAAAAUCAUUUGAUUCGAUUUGACGU
....-.(((((........................(((.....)))((((...))))))))).................(((((((((..((((..........))))..))))))).)) ( -16.90)
>DroWil_CAF1 25920 120 - 1
CCACCCAAGCGACAAUAUAACAAUAACAUUUAUUUGGCAUUUUGCUGCUGUUUUAGAUGCUGUUAUAUCGUAAAUAUUAGCUCAAAUUACAUCAUAAAAUCAUUUGAUUCGAUUUGACGU
........(((((.((((((((....((((((..(((((......)))))...)))))).)))))))).))..........(((((((..((((..........))))..)))))))))) ( -21.90)
>DroMoj_CAF1 20576 120 - 1
CCACCCAAGCGACAAUAUAACAAUAACAUUUAUUUGGCAUUUUGCUGCUGUUUUAGAUGCUGUUAUAUCGUAAAUAUUAGCUCAAAUUACAUCAUAAAAUCAUUUGAUUCGAUUUGACGU
........(((((.((((((((....((((((..(((((......)))))...)))))).)))))))).))..........(((((((..((((..........))))..)))))))))) ( -21.90)
>consensus
CCACCCAAGCGACAAUAUAACAAUAACAUUUAUUUGGCAUUUUGCUGCUGUUUUAGAUGCUGUUAUAUCGUAAAUAUUAGCUCAAAUUACAUCAUAAAAUCAUUUGAUUCGAUUUGACGU
........(((((.((((((((....((((((..(((((......)))))...)))))).)))))))).))..........(((((((..((((..........))))..)))))))))) (-19.00 = -19.67 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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