Locus 746

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 2,136,051 – 2,136,211
Length 160
Max. P 0.845551
window1230 window1231

overview

Window 0

Location 2,136,051 – 2,136,171
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.78
Mean single sequence MFE -42.08
Consensus MFE -33.82
Energy contribution -33.74
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.779232
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2136051 120 + 22407834
CAGCCAACUUCACCCCGAGGACAAUCAUGAUCGGAGGCAAGGCUGCUCCGGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAGCUCAUCUGCGCCGUGGGCAACGUUGUGAACAACGAUCCCA
..(((.((......((((.(.....)....)))).(((..(((((((...((((((...)))))).))))).)).....((......))))))).)))..(((((....)))))...... ( -41.50)
>DroVir_CAF1 6601 120 + 1
CCGCCAAUUUCACGCCGCGCACCAUCAUGAUCGGUGGCAAGGCUGCUCCGGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAACUGAUCUGUGCCGUUGGCAAUGUGGUCAACAAUGAUCCCA
..((((((..((((((((.((((.........))))))..))).(((...((((((...)))))).)))((((((......)))))))))..))))))..((.(((((....))))).)) ( -43.40)
>DroPse_CAF1 16793 120 + 1
CAGCCAAUUUCACACCGAGGACCAUCAUGAUCGGUGGCAAGGCCGCACCCGGCUACUAUGUGGCCAAACAGAUCAUCAAGCUGAUCUGUUCCGUUGGUAAUGUGGUCAACAAUGAUCCCA
.........(((((((((.(.....)....))))))....(((((((.((((((((...)))))).(((((((((......))))))))).....))...))))))).....)))..... ( -40.00)
>DroGri_CAF1 8615 120 + 1
CAGCCAAUUUCACGCCACGCACAAUCAUGAUCGGUGGCAAGGCUGCGCCCGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAAUUGAUCUGUGCCGUUGGCAAUGUGGUCAACAAUGAUCCCA
..((((((.....(((((...............)))))..(((.......((((((...))))))..((((((((......)))))))))))))))))..((.(((((....))))).)) ( -43.86)
>DroWil_CAF1 255196 120 + 1
CCGCCAAUUUCACCCCACGUACAAUUAUGAUCGGUGGCAAGGCGGCGCCUGGUUACUAUGUGGCCAAACAGAUCAUUAAACUGAUCUGUGCCGUUGGCAAUGUGGUCAACAACGAUCCAA
..(((....(((((...((((....))))...)))))...((((((...(((((((...))))))).((((((((......)))))))))))))))))..((.((((......)))))). ( -41.20)
>DroMoj_CAF1 10037 120 + 1
CAGCCAACUUCACACCCCGUACCAUCAUGAUCGGUGGCAAGGCCGCUCCUGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAGCUGAUCUGUGCCGUUGGCAAUGUCGUCAACAACGAUCCCA
..((((((.............(((((......)))))...(((......(((((((...))))))).((((((((......)))))))))))))))))...(((((.....))))).... ( -42.50)
>consensus
CAGCCAAUUUCACACCGCGCACAAUCAUGAUCGGUGGCAAGGCUGCUCCCGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAACUGAUCUGUGCCGUUGGCAAUGUGGUCAACAACGAUCCCA
............................(((((..(((..((((((.............))))))..((((((((......)))))))))))((((((......))))))..)))))... (-33.82 = -33.74 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 2,136,091 – 2,136,211
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.50
Mean single sequence MFE -42.17
Consensus MFE -34.96
Energy contribution -35.85
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.34
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.77
SVM RNA-class probability 0.845551
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 2136091 120 + 22407834
GGCUGCUCCGGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAGCUCAUCUGCGCCGUGGGCAACGUUGUGAACAACGAUCCCAUUGUGGGCGAUAAGCUCAAGGUUAUCUUCCUGGAGAACUA
(((((((...((((((...)))))).))))).))....((((.((((.(((.(((((...(((((....)))))..))))).))).).))).))))...((((.(((....))).)))). ( -43.90)
>DroPse_CAF1 16833 120 + 1
GGCCGCACCCGGCUACUAUGUGGCCAAACAGAUCAUCAAGCUGAUCUGUUCCGUUGGUAAUGUGGUCAACAAUGAUCCCAUUGUUGGAGACAAGCUGAAGGUCAUCUUCCUGGAGAACUA
((((..(((.((((((...)))))).(((((((((......))))))))).....)))..(((..(((((((((....)))))))))..))).......)))).((((....)))).... ( -42.20)
>DroGri_CAF1 8655 120 + 1
GGCUGCGCCCGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAAUUGAUCUGUGCCGUUGGCAAUGUGGUCAACAAUGAUCCCAUUGUUGGUGACAAACUGAAGGUCAUCUUCCUGGAGAACUA
((((..(((.((((((...))))))..((((((((......))))))))......)))..(((..(((((((((....)))))))))..))).......)))).((((....)))).... ( -43.30)
>DroWil_CAF1 255236 120 + 1
GGCGGCGCCUGGUUACUAUGUGGCCAAACAGAUCAUUAAACUGAUCUGUGCCGUUGGCAAUGUGGUCAACAACGAUCCAAUUGUUGGUGACAAGCUUAAGGUUAUCUUCUUGGAGAACUA
((((((...(((((((...))))))).((((((((......))))))))))))))(((......((((.(((((((...))))))).))))..)))...((((.(((....))).)))). ( -39.70)
>DroAna_CAF1 5472 120 + 1
GGCCGCUCCCGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAGCUCAUCUGCGCCGUCGGCAAUGUGGUCAACAAUGAUCCCAUCGUUGGCGACAAACUGAAGGUCAUCUUCCUGGAGAACUA
((((((....((((((...))))))..((((((..........)))))))).((((.(((((((((((....)))..))).))))).))))........)))).((((....)))).... ( -41.70)
>DroPer_CAF1 22461 120 + 1
GGCCGCACCCGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAGCUGAUCUGUUCCGUUGGUAAUGUGGUCAACAAUGAUCCCAUUGUUGGAGACAAGCUGAAGGUCAUCUUCCUGGAGAACUA
((((.....((((((((((((.(((((((((((((......))))))))....))))).)))))))((((((((....))))))))......)))))..)))).((((....)))).... ( -42.20)
>consensus
GGCCGCACCCGGCUACUAUGUGGCCAAGCAGAUCAUCAAGCUGAUCUGUGCCGUUGGCAAUGUGGUCAACAAUGAUCCCAUUGUUGGAGACAAGCUGAAGGUCAUCUUCCUGGAGAACUA
((((..(((.((((((...))))))..((((((((......))))))))......)))..(((.((((((((((....)))))))))).))).......)))).((((....)))).... (-34.96 = -35.85 +   0.89)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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