Locus 7398

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	20,574,974 – 20,575,076
Length	102
Max. P	0.999991

overview

Window 6

Location	20,574,974 – 20,575,076
Length	102
Sequences	5
Columns	104
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.55
Mean single sequence MFE	-31.82
Consensus MFE	-28.76
Energy contribution	-29.04
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.76
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	4.26
SVM RNA-class probability	0.999852
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20574974 102 + 22407834
UUCUUGUGUGUGCGUGUGUUAGUUUCAUAAUGUAACCGGAUGUGCCAACACAAUGCUCGCACAUCCGCUUGCCAGACAACAG--GACAACAGCUGUCACACACA
....(((((((((((.((((...........((((.(((((((((...(.....)...))))))))).))))..........--))))...)).).)))))))) ( -32.20)
>DroSec_CAF1 89729 99 + 1
---UUGUGUGUGCGUGUGUUAGUUUCAUAAUGUAACCGGAUGUGCCAACACAAUGCUCGCACAUCCGCUUGCCAGACAACAG--GACAACAGCUGUCACACACA
---.(((((((((((.((((...........((((.(((((((((...(.....)...))))))))).))))..........--))))...)).).)))))))) ( -32.20)
>DroSim_CAF1 90403 102 + 1
UUCUUGUGUGUGCGUGUGUUAGUUUCAUAAUGUAACCGGAUGUGCCAACACAAUGCUCGCACAUCCGCUUGCCAGACAACAG--GACAACAGCUGUCACACACA
....(((((((((((.((((...........((((.(((((((((...(.....)...))))))))).))))..........--))))...)).).)))))))) ( -32.20)
>DroYak_CAF1 84143 102 + 1
UUAUUGUGUGUGCGUGUGUUAGUUUCAUAAUGUAACCGGAUGUGCCAACACAAUGCUCGCACAUCCGCUUGCCAGACAACAG--GACAACAGCUGUCACACACA
....(((((((((((.((((...........((((.(((((((((...(.....)...))))))))).))))..........--))))...)).).)))))))) ( -32.20)
>DroAna_CAF1 81998 104 + 1
UCUGUGUAUAUGUGUGUGUUAGUUUCAUAAUGUAACCGGAUGUGCCAACACAAUGCUCGCACAUCCGCUUUCUAGACAACAGAGAACAACAGCUGUCACACACA
..........((((((((.(((((............(((((((((...(.....)...))))))))).(((((.......))))).....))))).)))))))) ( -30.30)
>consensus
UUCUUGUGUGUGCGUGUGUUAGUUUCAUAAUGUAACCGGAUGUGCCAACACAAUGCUCGCACAUCCGCUUGCCAGACAACAG__GACAACAGCUGUCACACACA
....(((((((((((.((((...........((((.(((((((((...(.....)...))))))))).))))............))))...)).).)))))))) (-28.76 = -29.04 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	20,574,974 – 20,575,076
Length	102
Sequences	5
Columns	104
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.55
Mean single sequence MFE	-38.42
Consensus MFE	-37.00
Energy contribution	-36.52
Covariance contribution	-0.48
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.67
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	5.65
SVM RNA-class probability	0.999991
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20574974 102 - 22407834
UGUGUGUGACAGCUGUUGUC--CUGUUGUCUGGCAAGCGGAUGUGCGAGCAUUGUGUUGGCACAUCCGGUUACAUUAUGAAACUAACACACGCACACACAAGAA
(((((((((((((.......--..))))))..((...(((((((((.(((.....))).)))))))))((((...........))))....))))))))).... ( -38.70)
>DroSec_CAF1 89729 99 - 1
UGUGUGUGACAGCUGUUGUC--CUGUUGUCUGGCAAGCGGAUGUGCGAGCAUUGUGUUGGCACAUCCGGUUACAUUAUGAAACUAACACACGCACACACAA---
(((((((((((((.......--..))))))..((...(((((((((.(((.....))).)))))))))((((...........))))....))))))))).--- ( -38.70)
>DroSim_CAF1 90403 102 - 1
UGUGUGUGACAGCUGUUGUC--CUGUUGUCUGGCAAGCGGAUGUGCGAGCAUUGUGUUGGCACAUCCGGUUACAUUAUGAAACUAACACACGCACACACAAGAA
(((((((((((((.......--..))))))..((...(((((((((.(((.....))).)))))))))((((...........))))....))))))))).... ( -38.70)
>DroYak_CAF1 84143 102 - 1
UGUGUGUGACAGCUGUUGUC--CUGUUGUCUGGCAAGCGGAUGUGCGAGCAUUGUGUUGGCACAUCCGGUUACAUUAUGAAACUAACACACGCACACACAAUAA
(((((((((((((.......--..))))))..((...(((((((((.(((.....))).)))))))))((((...........))))....))))))))).... ( -38.70)
>DroAna_CAF1 81998 104 - 1
UGUGUGUGACAGCUGUUGUUCUCUGUUGUCUAGAAAGCGGAUGUGCGAGCAUUGUGUUGGCACAUCCGGUUACAUUAUGAAACUAACACACACAUAUACACAGA
(((((((((((((...........))))))..(.((.(((((((((.(((.....))).))))))))).)).)..............))))))).......... ( -37.30)
>consensus
UGUGUGUGACAGCUGUUGUC__CUGUUGUCUGGCAAGCGGAUGUGCGAGCAUUGUGUUGGCACAUCCGGUUACAUUAUGAAACUAACACACGCACACACAAGAA
(((((((((((((...........))))))..(.((.(((((((((.(((.....))).))))))))).)).)..................)))))))...... (-37.00 = -36.52 +  -0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

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