Locus 7321

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 20,470,077 – 20,470,276
Length 199
Max. P 0.921756
window11733 window11734 window11735 window11736

overview

Window 3

Location 20,470,077 – 20,470,197
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.08
Mean single sequence MFE -31.08
Consensus MFE -24.82
Energy contribution -25.86
Covariance contribution 1.04
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 1.14
SVM RNA-class probability 0.921756
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20470077 120 + 22407834
UUGCCAUUUUGUGCUGUUUAUUUUACGAGCGAGCAAAUUAAGUGCAUUGAUUUCUAUCGCACAGCAUCAUGAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUGUUGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCU
..(((((....(((.........((((((((((((.......)))...(((((..((((((.((((((....))))))))))))....))))).))))))))).))).....)))))... ( -32.70)
>DroSec_CAF1 23075 120 + 1
UUGCCAUUUUGUGCUGUUUAUUUUACGAGCGAGCAAAUUAAGUGCAUUGAUUUCUAUCGCACAGCAUCAUGAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCU
..(((((....(((.........(((((((.((.(((((((.....)))))))))((((((.((((((....))))))))))))((((....))))))))))).))).....)))))... ( -32.10)
>DroSim_CAF1 25023 120 + 1
UUGCCAUUUUGUGCUGUUUAUUUUACGAGCGAGCAAAUUAAGUGCAUUGAUUUCUAUCGCACAGCAUCAAUAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUUCU
..(((((....(((.........(((((((.((.(((((((.....)))))))))((((((.((((((....))))))))))))((((....))))))))))).))).....)))))... ( -32.10)
>DroEre_CAF1 25344 118 + 1
UGGCCAUU-UUUGCUGUUUAUUUUACGACCAAGCAAAUUAAUGGCAUUGAUUUCAAUCGC-CAGCAUCAAGUGAUGUUUGCGUUCAUAAAAUUCCGGCUCGUGUGCGUUUUUAUGGUCCA
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>DroYak_CAF1 22539 119 + 1
UGGCAAUUUUUUGCUGUUUGU-UUACGACCAAGCAAAUUAAGUGCAUUGAUUUCAAUCGCCCAGCAUCAAGAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUCUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCA
..(((....((((((..(((.-...)))...)))))).....)))((((....)))).((..((((((....)))))).))((((((((((.....((......))..)))))))))).. ( -27.90)
>consensus
UUGCCAUUUUGUGCUGUUUAUUUUACGAGCGAGCAAAUUAAGUGCAUUGAUUUCUAUCGCACAGCAUCAAGAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCU
..(((((....(((.........(((((((..(.(((((((.....)))))))).((((((.((((((....))))))))))))............))))))).))).....)))))... (-24.82 = -25.86 +   1.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 20,470,077 – 20,470,197
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.08
Mean single sequence MFE -26.90
Consensus MFE -18.30
Energy contribution -19.70
Covariance contribution 1.40
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.68
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.510590
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20470077 120 - 22407834
AGGACCAUAAAAACGCAUACGAGCAACAAUUUUAUGAUCGCAAACAUCUCAUGAUGCUGUGCGAUAGAAAUCAAUGCACUUAAUUUGCUCGCUCGUAAAAUAAACAGCACAAAAUGGCAA
..............((.(((((((....(((((...((((((..((((....))))...)))))).)))))....(((.......)))..))))))).......((........)))).. ( -27.30)
>DroSec_CAF1 23075 120 - 1
AGGACCAUAAAAACGCAUACGAGCCACAAUUUUAUGAUCGCAAACAUCUCAUGAUGCUGUGCGAUAGAAAUCAAUGCACUUAAUUUGCUCGCUCGUAAAAUAAACAGCACAAAAUGGCAA
..............((.(((((((....(((((...((((((..((((....))))...)))))).)))))....(((.......)))..))))))).......((........)))).. ( -26.40)
>DroSim_CAF1 25023 120 - 1
AGAACCAUAAAAACGCAUACGAGCCACAAUUUUAUGAUCGCAAACAUCUAUUGAUGCUGUGCGAUAGAAAUCAAUGCACUUAAUUUGCUCGCUCGUAAAAUAAACAGCACAAAAUGGCAA
..............((.(((((((....(((((...((((((..((((....))))...)))))).)))))....(((.......)))..))))))).......((........)))).. ( -26.40)
>DroEre_CAF1 25344 118 - 1
UGGACCAUAAAAACGCACACGAGCCGGAAUUUUAUGAACGCAAACAUCACUUGAUGCUG-GCGAUUGAAAUCAAUGCCAUUAAUUUGCUUGGUCGUAAAAUAAACAGCAAA-AAUGGCCA
.((.((((.....((....)).((.(..(((((((((..(((((((((....)))).((-((.((((....))))))))....)))))....)))))))))...).))...-.)))))). ( -30.80)
>DroYak_CAF1 22539 119 - 1
UGGACCAUAAAAACGCAUACGAGCCAGAAUUUUAUGAUCGCAAACAUCUCUUGAUGCUGGGCGAUUGAAAUCAAUGCACUUAAUUUGCUUGGUCGUAA-ACAAACAGCAAAAAAUUGCCA
.................(((((.((((........((((((..(((((....)))).)..)))))).........(((.......)))))))))))).-.......((((....)))).. ( -23.60)
>consensus
AGGACCAUAAAAACGCAUACGAGCCACAAUUUUAUGAUCGCAAACAUCUCUUGAUGCUGUGCGAUAGAAAUCAAUGCACUUAAUUUGCUCGCUCGUAAAAUAAACAGCACAAAAUGGCAA
.................(((((((....(((((...((((((..((((....))))...)))))).)))))....(((.......)))..))))))).........((........)).. (-18.30 = -19.70 +   1.40)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 5

Location 20,470,117 – 20,470,236
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.55
Mean single sequence MFE -28.86
Consensus MFE -24.48
Energy contribution -24.96
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.765456
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20470117 119 + 22407834
AGUGCAUUGAUUUCUAUCGCACAGCAUCAUGAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUGUUGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCUUUCUUAGGGGACAAAACGUAUC-UAAAUAUGUAUUUGUAU
.(.(((..(((((..((((((.((((((....))))))))))))....)))))..))).)(.(((((((((....((((((.....))))))))))))))))-................. ( -32.10)
>DroSec_CAF1 23115 119 + 1
AGUGCAUUGAUUUCUAUCGCACAGCAUCAUGAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCUUUCUUAGGGGACAAAACGUAUC-UAAAUAUGUAUUUGUAU
.((((...(((....))))))).(((.((((((((((.((((((((((....))))).))))).))).)))))))((((((.....))))))...((((((.-...))))))...))).. ( -30.40)
>DroSim_CAF1 25063 119 + 1
AGUGCAUUGAUUUCUAUCGCACAGCAUCAAUAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUUCUUUCUUUGGGGACAAAACGUAUC-UAAAUAUGUAUUUGUAU
.((((((((.(..((((((((.((((((....)))))))))))((((((((.((((.......)))).)))))))).........)))..)))).((((((.-...))))))...))))) ( -27.70)
>DroEre_CAF1 25383 118 + 1
AUGGCAUUGAUUUCAAUCGC-CAGCAUCAAGUGAUGUUUGCGUUCAUAAAAUUCCGGCUCGUGUGCGUUUUUAUGGUCCAUUCUCAGGGGACAAAAUGUAUC-UAAAUAUGUAUUUGUAU
.((((((((....)))).))-))(((((....))))).(((((((((((((...((((....)).)).)))))))((((.........))))..))))))..-................. ( -24.80)
>DroYak_CAF1 22578 120 + 1
AGUGCAUUGAUUUCAAUCGCCCAGCAUCAAGAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUCUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCAUUCUUAGGGGACAGAAUGUAUCCUAAAUAUGUAUUUGUAU
.(.((...(((((..(((((..((((((....)))))).)))))....)))))...)).)..((((((.((((.(((.((((((..(....))))))).))).)))).))))))...... ( -29.30)
>consensus
AGUGCAUUGAUUUCUAUCGCACAGCAUCAAGAGAUGUUUGCGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCUUUCUUAGGGGACAAAACGUAUC_UAAAUAUGUAUUUGUAU
.(.((...(((((..((((((.((((((....))))))))))))....)))))...)).)..(((((((((....((((((.....)))))))))))))))................... (-24.48 = -24.96 +   0.48)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 20,470,157 – 20,470,276
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.47
Mean single sequence MFE -30.16
Consensus MFE -25.80
Energy contribution -26.08
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.737805
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 20470157 119 + 22407834
CGAUCAUAAAAUUGUUGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCUUUCUUAGGGGACAAAACGUAUC-UAAAUAUGUAUUUGUAUCUGCAUCUGCAUAAGUGGCAUGUUCUCUGCAUGUCCCGCA
.((((((((((....(((......))).)))))))))).........((((((..((((((.-...))))))...((((...(((((..(....)..).))))....))))))))))... ( -32.30)
>DroSec_CAF1 23155 119 + 1
CGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCUUUCUUAGGGGACAAAACGUAUC-UAAAUAUGUAUUUGUAUCUGCAUCUGCAUAAGUGGCAUGUUCUCUGCAUGUCCCGCA
((((((((....))))).))).(((((((((....((((((.....))))))))))))))).-....((((((..(((....)))..)))))).(((((((((.....)))))..)))). ( -32.80)
>DroSim_CAF1 25103 119 + 1
CGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUUCUUUCUUUGGGGACAAAACGUAUC-UAAAUAUGUAUUUGUAUCUGCAUCUGCAUAAGUGGCAUGUUCUCUGCAUGUCCCGCA
((((((((....))))).))).(((((((((....((((((.....))))))))))))))).-....((((((..(((....)))..)))))).(((((((((.....)))))..)))). ( -30.10)
>DroEre_CAF1 25422 119 + 1
CGUUCAUAAAAUUCCGGCUCGUGUGCGUUUUUAUGGUCCAUUCUCAGGGGACAAAAUGUAUC-UAAAUAUGUAUUUGUAUCUGCAUCUGCAUAAGUGGCAUGUUCUCUGCAUGUACCGCA
....(((((((...((((....)).)).)))))))((((.........))))..........-....((((((..(((....)))..)))))).(((((((((.....)))))..)))). ( -25.50)
>DroYak_CAF1 22618 120 + 1
CGAUCAUAAAAUUCUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCAUUCUUAGGGGACAGAAUGUAUCCUAAAUAUGUAUUUGUAUCUGCAUCUGCAUAAGUGGCAUGUUCUCUUGAUGUCCCGCA
.((((((((((.....((......))..)))))))))).........((((((((((((...(((..((((((..(((....)))..))))))..))).))))))......))))))... ( -30.10)
>consensus
CGAUCAUAAAAUUGUGGCUCGUAUGCGUUUUUAUGGUCCUUUCUUAGGGGACAAAACGUAUC_UAAAUAUGUAUUUGUAUCUGCAUCUGCAUAAGUGGCAUGUUCUCUGCAUGUCCCGCA
................((....(((((((((....((((((.....)))))))))))))))......((((((..(((....)))..)))))).(.(((((((.....))))))).))). (-25.80 = -26.08 +   0.28)

alignment

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