| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 20,073,523 – 20,073,623 |
| Length | 100 |
| Max. P | 0.666799 |
| Location | 20,073,523 – 20,073,623 |
|---|---|
| Length | 100 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 109 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.72 |
| Mean single sequence MFE | -32.02 |
| Consensus MFE | -23.88 |
| Energy contribution | -24.47 |
| Covariance contribution | 0.59 |
| Combinations/Pair | 1.28 |
| Mean z-score | -1.36 |
| Structure conservation index | 0.75 |
| SVM decision value | 0.28 |
| SVM RNA-class probability | 0.666799 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 20073523 100 - 22407834 GUGGGUAC-UUUCCGCAGGGGUCAACGUGUCAUUUGCAUGUUGCAGUGCAGU-UCUACGUA-------CUGAUUGCUUUCCGGGUAAUUACUGAUUGCAAGGGGACCCC (((((...-..))))).(((((((((((((.....)))))))(((((.((((-.......)-------))))))))..(((..((((((...))))))..))))))))) ( -37.90) >DroSec_CAF1 17437 99 - 1 GUGGGUAC-UUUCCGCAGGGGUCAACGUGUCAUUUGCGU-UCCCAGUGCAGU-UCUACGUA-------CUGAUUGCUUUCCGGGUAAUUACUGAUUGCAAGGGGACCCC (((((...-..))))).((((((((((((.....)))))-)((((((((...-.....)))-------))..((((..((.(........).))..))))))))))))) ( -36.00) >DroSim_CAF1 17046 99 - 1 GUGGGUAC-UUUCCGCAGGGGUCAACGUGUCAUUUGCGU-UGCCAGUGCAGU-UCUACGUA-------CUGAUUGCUUUCCGGGUAAUUACUGAUUGCAAGGGGACCCC (((((...-..))))).((((((((((((.....)))))-).((..((((((-(.......-------.((((((((.....))))))))..)))))))..)))))))) ( -35.30) >DroEre_CAF1 16259 99 - 1 GUCGGUAC-UUUCCGCAGGGGUCAACGUGUCAUUUGCAU-UCCCAGUGCAGU-UUUACGUA-------CUGGUUGCUUUCCGGGUAAUUACUGAUUGUGAGGGGACCUC (.(((...-...)))).((((((..(...((((..(((.-..(((((((...-.....)))-------)))).)))....(((.......)))...)))))..)))))) ( -28.30) >DroYak_CAF1 15946 99 - 1 GUAGGUAA-UUUCCGCAGGGGUCGACGUGUCAUUUGCAU-UCCCAGUGCAGU-UCGACGUA-------CUGAUUGCUUUCCGGGUAAUUACUGAUUGUGAUUGGACCUC ..((((..-..((((.((.(((((...((((..((((((-.....)))))).-..))))..-------.))))).))...))))(((((((.....))))))).)))). ( -25.60) >DroAna_CAF1 16244 93 - 1 -UGGGUGCAUUUCCGAAGAGGUCGAAGUG---------------GGUGCAGUCUCUAUAUACAUAGCUCUGAUUACUUUCCAAGUAAUCAGCGAUUGUGGGGAAACCUC -.((.((((((..(...(....)...)..---------------)))))).))........((((((.(((((((((.....))))))))).).)))))((....)).. ( -29.00) >consensus GUGGGUAC_UUUCCGCAGGGGUCAACGUGUCAUUUGCAU_UCCCAGUGCAGU_UCUACGUA_______CUGAUUGCUUUCCGGGUAAUUACUGAUUGCAAGGGGACCCC (((((......))))).((((((.(((((....(((((........)))))....))))).........((((((((.....)))))))).............)))))) (-23.88 = -24.47 + 0.59)
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