Locus 7124

Sequence ID 2L_DroMel_CAF1
Location 19,977,984 – 19,978,140
Length 156
Max. P 0.969728
window11369 window11370 window11371

overview

Window 9

Location 19,977,984 – 19,978,100
Length 116
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.22
Mean single sequence MFE -28.40
Consensus MFE -20.80
Energy contribution -21.16
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.652880
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19977984 116 + 22407834
AACAAUGCCCUUGUCGAAAAUUGCAUUGUUUAGUUUCCAUCUGUCGUAUUAUGACAAAGACAUAGCUUAAUCUUUGCGGGAAGCCACAAAGGACAGUAGAGUGUAGAACAAUACAU
((((((((..((......))..)))))))).....((...(((((...(((((.......)))))......(((((.((....)).))))))))))..))(((((......))))) ( -26.10)
>DroSec_CAF1 160887 116 + 1
AACAAUGCCCUUGUCGAAAAUUGCAUUGCUUAGUUUCCAUCUGUCGUAUUAUGACAGAGACAUUGCUCAGUCUUUGCGGGAAGCCACAAAGGACAGUAGAGUGUAGAACAAUGCAU
.....................(((((((...........((((((((...)))))))).((((((((...((((((.((....)).))))))..))))..))))....))))))). ( -30.70)
>DroSim_CAF1 163423 116 + 1
AACAAUGCCCUUGUCGAAAAUUGCAUUGUUUAGUUUCCAUCUGUCGUAUUAUGACAGAGACAUUGCUCAAUCUUUGUGGGAAGCCACAAAGCACAGUAGAGUGUAGAACAACGCAU
((((((((..((......))..))))))))..(((....((((((((...))))))))))).(((((....((((((((....))))))))...))))).((((......)))).. ( -33.40)
>DroEre_CAF1 158977 109 + 1
AGCAAUGA-------GGCAAUUGCAUUGCUUAGUUUCCAUUUGUCGUAUUAUGACAGGGACAUUGCUCAAUCUUUGGGACAAGCCACAAGGGACAGUAGAGUAUAAAACAACACAU
((((((((-------((((((...)))))))....(((...((((((...)))))).))))))))))...((((((((.....)).))))))........................ ( -26.10)
>DroYak_CAF1 159922 107 + 1
AACAAUGA---------CAAUGUCAUUGCUUAGUUUCUAUAUGUCGUAUUAUGACAUGGACAUUACUCAAUCUUUGCGACAAGCCACAAAGGACAGUUGAGUGUAGAACAACAAAG
..((((((---------(...)))))))(((.(((((((((((((((...)))))))).....(((((((((((((.(......).)))))....))))))))))))..))).))) ( -25.70)
>consensus
AACAAUGCCCUUGUCGAAAAUUGCAUUGCUUAGUUUCCAUCUGUCGUAUUAUGACAGAGACAUUGCUCAAUCUUUGCGGGAAGCCACAAAGGACAGUAGAGUGUAGAACAACACAU
((((((((..............))))))))..((((...((((((((...)))))))).((.(((((...((((((.((....)).))))))..))))).))...))))....... (-20.80 = -21.16 +   0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 19,977,984 – 19,978,100
Length 116
Sequences 5
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.22
Mean single sequence MFE -30.22
Consensus MFE -23.22
Energy contribution -22.42
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.45
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.65
SVM RNA-class probability 0.969728
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19977984 116 - 22407834
AUGUAUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGAUUAAGCUAUGUCUUUGUCAUAAUACGACAGAUGGAAACUAAACAAUGCAAUUUUCGACAAGGGCAUUGUU
.(((((((((......(((((((((((((((((....)))))))).......((((.......))))....))))).)))).....)))))))))......(((((.....))))) ( -30.10)
>DroSec_CAF1 160887 116 - 1
AUGCAUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGACUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAGAUGGAAACUAAGCAAUGCAAUUUUCGACAAGGGCAUUGUU
..(((((((((.(((......))).((((((((....))))))))...))))))))).((((((.......)))))).(....)..((((((((..((......))..)))))))) ( -35.50)
>DroSim_CAF1 163423 116 - 1
AUGCGUUGUUCUACACUCUACUGUGCUUUGUGGCUUCCCACAAAGAUUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAGAUGGAAACUAAACAAUGCAAUUUUCGACAAGGGCAUUGUU
..(((((((((..(((......)))((((((((....))))))))...))))))))).((((((.......)))))).(....)..((((((((..((......))..)))))))) ( -38.30)
>DroEre_CAF1 158977 109 - 1
AUGUGUUGUUUUAUACUCUACUGUCCCUUGUGGCUUGUCCCAAAGAUUGAGCAAUGUCCCUGUCAUAAUACGACAAAUGGAAACUAAGCAAUGCAAUUGCC-------UCAUUGCU
.((((((((((.....((((.((((..((((((((((..(........)..))).......)))))))...))))..))))....))))))))))......-------........ ( -19.61)
>DroYak_CAF1 159922 107 - 1
CUUUGUUGUUCUACACUCAACUGUCCUUUGUGGCUUGUCGCAAAGAUUGAGUAAUGUCCAUGUCAUAAUACGACAUAUAGAAACUAAGCAAUGACAUUG---------UCAUUGUU
........(((((.((((((.....((((((((....)))))))).)))))).......(((((.......))))).)))))....(((((((((...)---------)))))))) ( -27.60)
>consensus
AUGUGUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGAUUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAGAUGGAAACUAAGCAAUGCAAUUUUCGACAAGGGCAUUGUU
...((((((((...((......)).((((((((....))))))))...))))))))((((((((.......)))))..))).....((((((((..............)))))))) (-23.22 = -22.42 +  -0.80)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 19,978,024 – 19,978,140
Length 116
Sequences 5
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.95
Mean single sequence MFE -29.32
Consensus MFE -21.84
Energy contribution -22.64
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.635222
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19978024 116 - 22407834
CCUGUUCCUGUGGACUUUGUGCAAAAUUGUCAUUAGAUUAAUGUAUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGAUUAAGCUAUGUCUUUGUCAUAAUACGACAG
........((((((....(((((.....(((....)))...)))))...)))))).....(((((((((((((....)))))))).......((((.......))))....))))) ( -25.20)
>DroSec_CAF1 160927 115 - 1
CCUGUUCCUGUGGACAGUGUGGAAAAA-GUCAUUAGAUUAAUGCAUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGACUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAG
..(((((..(((((..((((((((...-..(((((...))))).....))))))))))))).(((.(((((((....)))))))))).)))))......(((((.......))))) ( -34.60)
>DroSim_CAF1 163463 116 - 1
CCUGUUUCCGUGGACAUUGUGGAAAAAUGUCAUUAGAUUAAUGCGUUGUUCUACACUCUACUGUGCUUUGUGGCUUCCCACAAAGAUUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAG
.((((...((((((((((.......))))))....(((....(((((((((..(((......)))((((((((....))))))))...)))))))))....)))....)))))))) ( -35.40)
>DroEre_CAF1 159010 116 - 1
CCUGAUUCUGUGGACAUUGUGGCAAAAUGUCAUUAGAUUAAUGUGUUGUUUUAUACUCUACUGUCCCUUGUGGCUUGUCCCAAAGAUUGAGCAAUGUCCCUGUCAUAAUACGACAA
..((((...(.((((((((((((((...(((((..(((....((((......))))......)))....)))))))))).((.....)).)))))))))).))))........... ( -23.90)
>DroYak_CAF1 159953 112 - 1
----GUCCUGUGGACAUUGUAAAAAAAUGUCAUUGGAUUACUUUGUUGUUCUACACUCAACUGUCCUUUGUGGCUUGUCGCAAAGAUUGAGUAAUGUCCAUGUCAUAAUACGACAU
----(((.((((((((((.......))))))..((((((((((.((((.........))))....((((((((....))))))))...)))))..)))))...))))....))).. ( -27.50)
>consensus
CCUGUUCCUGUGGACAUUGUGGAAAAAUGUCAUUAGAUUAAUGUGUUGUUCUACACUCUACUGUCCUUUGUGGCUUCCCGCAAAGAUUGAGCAAUGUCUCUGUCAUAAUACGACAG
...........(((((((((((((.((((.(((((...))))))))).)))))).(((....((.((((((((....)))))))))).))).)))))))(((((.......))))) (-21.84 = -22.64 +   0.80)

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