Locus 7016

Sequence ID	2L_DroMel_CAF1
Location	19,565,793 – 19,565,927
Length	134
Max. P	0.973645

overview

Window 0

Location	19,565,793 – 19,565,894
Length	101
Sequences	6
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.33
Mean single sequence MFE	-27.73
Consensus MFE	-24.28
Energy contribution	-24.31
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.33
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	1.37
SVM RNA-class probability	0.947470
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19565793 101 - 22407834
UCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUC---CGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAAUCAUAAUAAUAC---
..(((((((((((((((.((((.....---(((.....))))))).))))))))).))))))(((.....(((........)))...)))..............--- ( -29.10)
>DroPse_CAF1 19561 100 - 1
UCACAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUU----UGCUUUGCCC-GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUCGGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAUCAAUCAUAAUAUA--
...((((((((((((((.((((....----..........-)))).))))))))).))))).(((.....(((........)))...)))...............-- ( -26.24)
>DroEre_CAF1 6902 101 - 1
UCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUAUC---AGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAAUCAUGGUAAUAC---
(((((((((((((((((.((((.....---.((.....)).)))).))))))))).)))))).)).......(((...((((((..........)))))).)))--- ( -28.30)
>DroYak_CAF1 6239 99 - 1
UCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUC---CGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAAUCAUGGUUUU-----
..(((((((((((((((.((((.....---(((.....))))))).))))))))).)))))).(((((.......(((((...)))))........))))).----- ( -29.46)
>DroMoj_CAF1 28058 101 - 1
UCUCAAAGAGGCUGUGAAAUGCAUUUUGAAAGCUUUGCGA-GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAACGUACAUCAAUCAAUCAAAUC-----
..((((((.((((((((.((((..................-)))).))))))))..))))))(((.....((((......))))...)))............----- ( -27.07)
>DroPer_CAF1 19480 102 - 1
UCACAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUU----UGCUUUGCCC-GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUCGGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAUCAAUCAUAAUAUACG
...((((((((((((((.((((....----..........-)))).))))))))).))))).(((.....(((........)))...)))................. ( -26.24)
>consensus
UCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUC___AGCUUUGCGC_GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAUCGUACAUCAAACAAUCAUAAUA____
...((((((((((((((.((((...................)))).))))))))).))))).(((.....(((........)))...)))................. (-24.28 = -24.31 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	19,565,818 – 19,565,927
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.44
Mean single sequence MFE	-38.33
Consensus MFE	-28.23
Energy contribution	-29.23
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-4.49
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	1.61
SVM RNA-class probability	0.967366
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19565818 109 + 22407834
ACAUUACGCUAAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCCGCGCAAAGCG---GA-AAUGCAUUUCACAACCACUUUGAGAGCCCAGCAUGAAUGCG-CCAA-UAUAGU----UU-UAUUG
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>DroVir_CAF1 8361 108 + 1
ACAUUACGCUAAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGC-GCGCAAAGCUUUCA--AAUGCAUUUCACAACCACUUUGAGAGCGCAGCAUGAAUGUG-CCAA-U--CUU----AU-GGUAA
(((((..(((..((((.((((((.(((.(((((.((((-((.....)).....--...)))).))))).)))))))))))))..)))...)))))(-(((.-.--...----.)-))).. ( -38.80)
>DroGri_CAF1 6979 114 + 1
ACAUUACGCUAAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGC-GCGCAAAGCUUUCAAAAAUGCAUUUCACAACCACUUUGAGAGCGCAGCAUGAAUGUG-CCAA-U--CUUAGAUAU-GCUUG
(((((..(((..((((.((((((.(((.(((((.((((-((.....))..........)))).))))).)))))))))))))..)))...))))).-....-.--.........-..... ( -35.40)
>DroWil_CAF1 28106 109 + 1
ACAUUACGCAGAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGCUGGAUAAAGCA---AAUAAUGCAUUUCACAACCACUUUGUGAGCUCAGCAUGAAUGUG-UCGU-G--UGU----UUUUCUUU
....(((((.(((((((.(((((.(((.(((((.((((...........---......)))).))))).))))))))))))))).((((....)))-).))-)--)).----........ ( -38.13)
>DroMoj_CAF1 28081 111 + 1
ACAUUACGCUAAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGC-UCGCAAAGCUUUCAA-AAUGCAUUUCACAGCCUCUUUGAGAGCUCAGCAUGAAUGUGGCCAAUU--CUU----AU-GAUAG
(((((..(((.(((((.((((((..((((((((.((((-...............-...)))).)))))))).))))))))))).)))...)))))........--...----..-..... ( -41.17)
>DroAna_CAF1 6618 106 + 1
ACAUAACGCUAAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGC-GGGCAAAAUG---GA-AAUGCAUUUCACAACCACUUUGUGAGCCCAGCAGGAAUGUG-CCAA-UAU--U----UU-UGUUG
............(((((.(((((.(((.(((((.((((-(..(......---).-..))))).))))).))))))))))))).((((((((((((.-...)-)))--)----))-))))) ( -38.80)
>consensus
ACAUUACGCUAAGCUCAUCAAAGCUGGCUGUGAUAUGC_GCGCAAAGCU___AA_AAUGCAUUUCACAACCACUUUGAGAGCCCAGCAUGAAUGUG_CCAA_U__CUU____AU_GAUUG
(((((..(((..((((.((((((.(((.(((((.((((....................)))).))))).)))))))))))))..)))...)))))......................... (-28.23 = -29.23 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	19,565,818 – 19,565,927
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.44
Mean single sequence MFE	-44.69
Consensus MFE	-40.42
Energy contribution	-41.23
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-5.97
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.71
SVM RNA-class probability	0.973645
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2L_DroMel_CAF1 19565818 109 - 22407834
CAAUA-AA----ACUAUA-UUGG-CGCAUUCAUGCUGGGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUU-UC---CGCUUUGCGCGGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGU
(((((-..----....))-))).-.(((((.((((((((((((((((((((((((((.((((...-..---(((.....))))))).))))))))).)))))).)))))))))))))))) ( -50.20)
>DroVir_CAF1 8361 108 - 1
UUACC-AU----AAG--A-UUGG-CACAUUCAUGCUGCGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUU--UGAAAGCUUUGCGC-GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGU
...((-(.----...--.-.)))-.(((((.((((((.(((((((((((((((((((.((((...--.....((.....))-)))).))))))))).)))))).)))).))))))))))) ( -43.50)
>DroGri_CAF1 6979 114 - 1
CAAGC-AUAUCUAAG--A-UUGG-CACAUUCAUGCUGCGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUUUUGAAAGCUUUGCGC-GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGU
...((-..(((...)--)-)..)-)(((((.((((((.(((((((((((((((((((.((((.((....)).((.....))-)))).))))))))).)))))).)))).))))))))))) ( -43.00)
>DroWil_CAF1 28106 109 - 1
AAAGAAAA----ACA--C-ACGA-CACAUUCAUGCUGAGCUCACAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUUAUU---UGCUUUAUCCAGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUCUGCGUAAUGU
........----...--.-....-.(((((.((((.(((((((((((((((((((((.((((......---...........)))).))))))))).))))).))))))).))))))))) ( -43.33)
>DroMoj_CAF1 28081 111 - 1
CUAUC-AU----AAG--AAUUGGCCACAUUCAUGCUGAGCUCUCAAAGAGGCUGUGAAAUGCAUU-UUGAAAGCUUUGCGA-GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGU
.....-..----...--........(((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((...-...............-)))).))))))))..)))))).)))))))))))))))) ( -45.67)
>DroAna_CAF1 6618 106 - 1
CAACA-AA----A--AUA-UUGG-CACAUUCCUGCUGGGCUCACAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUU-UC---CAUUUUGCCC-GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUUAUGU
.....-..----.--...-....-.((((..(.((((((((((((((((((((((((.((((...-..---..........-)))).))))))))).))))).)))))))))))..)))) ( -42.46)
>consensus
CAACA_AA____AAG__A_UUGG_CACAUUCAUGCUGAGCUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGCAUU_UU___AGCUUUGCGC_GCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGU
.........................(((((.((((((((((((((((((((((((((.((((....................)))).))))))))).)))))).)))))))))))))))) (-40.42 = -41.23 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

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