| Sequence ID | 2L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 19,499,969 – 19,500,089 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.739248 |
| Location | 19,499,969 – 19,500,089 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.39 |
| Mean single sequence MFE | -42.58 |
| Consensus MFE | -20.63 |
| Energy contribution | -21.38 |
| Covariance contribution | 0.75 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -2.55 |
| Structure conservation index | 0.48 |
| SVM decision value | 0.44 |
| SVM RNA-class probability | 0.739248 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2L_DroMel_CAF1 19499969 120 - 22407834 AACAACUAUGCGGUGCUACAGGUGACGCACCAUCUGCAGACUCUGCUGUGCGUCAUCUCCCAGCAGAUGACCACCAUCAAUAACCUGCAGCUCCAGCUGGCCCUUUACAGGGAGAGUCCU ........(((((((((..(((((((((((.....((((...)))).)))))))))))...))))((((.....))))......)))))......(((..((((....))))..)))... ( -41.70) >DroVir_CAF1 17599 120 - 1 CAUAACUAUGCGGUGCUGCAGGUCUCGCAUCAUUUGCACACGCUCCUCUGCAUUAUCUCGCAGCAGAUGACCUGCAUACAGAGUCUGCAACUGCAGCUUGCCCUGUAUCGCGAAUCACCG ........((((((((((((((((..(((.....)))........((((((........)))).))..))))))))....(((.((((....))))))).....))))))))........ ( -41.10) >DroPse_CAF1 18219 120 - 1 AGCAACUACGCCGUGCUGCAGGUGUCGCAUCAUCUGCACACCCUGCUCUGCAUCAUCUCGCAGCAGAUGACCAGCAUCCAGAGCCUCCAGCUGCAGCUGGCCCUGUACCGGGAGAGUCCC ....((...((((.(((((((((((.(((.....))))))))..((((((..((((((......))))))........)))))).......))))))))))...))...(((.....))) ( -40.90) >DroGri_CAF1 17146 120 - 1 CAGCAUUAUGCCGUGCUGCAGGUGUCCCAUCAUCUGCACACGCUGCUCUGCAUCAUUUCGCAGCAGAUGACCUGCAUCCAGAGUCUGCAGCUGCAGUUGGCCCUGUACAGGGAGUCGCCA ((((((......))))))..((((.((((....(((((...((((((((((...........))))).((((((....))).))).)))))))))).)))((((....)))).).)))). ( -44.80) >DroMoj_CAF1 18535 120 - 1 CACAACUACGCGGUGCUCCAGGUGUCGCAUCAUUUGCACACGCUGCUCUGCAUCAUCUCGCAGCAAAUGACUUGCAUACAGAGCCUGCAGCUGCAACUGGCGCUGUAUCGCGAGUCGCCA .........(((((((..(((((((.(((.....))))))).)))....)))))..............(((((((((((((.((((((....)))...))).)))))).))))))))).. ( -45.90) >DroAna_CAF1 14985 120 - 1 AAUAACUAUGCAGUGCUGCAGGUGUCGCACCAUCUGCAGACAUUGCUUUGCAUCAUAUCGCAGCAGAUGACCAGCAUUCACAGUCUUCAGUUGCAGCUAGCUCUCUACAGGGAGAGUCCU .........(((((((((((((((......))))))))).)))))).............(((((.((.(((...........))).)).))))).....(((((((....)))))))... ( -41.10) >consensus AACAACUAUGCGGUGCUGCAGGUGUCGCAUCAUCUGCACACGCUGCUCUGCAUCAUCUCGCAGCAGAUGACCAGCAUCCAGAGCCUGCAGCUGCAGCUGGCCCUGUACAGGGAGACUCCA .....(((.((.(((((((((((...((.((((((((...........(((........)))))))))))...)).......))))))))).)).)))))(((......)))........ (-20.63 = -21.38 + 0.75)
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